1991年，市土地管理局、市矿产资源管理局为市政府正县级行政单位。市土地管理局设人秘科、地籍管理科、监察信访科、建设用地科、法规宣教科；市矿产资源管理局设办公室、矿管科、技术科、会计统计科、法制科，下辖市矿产资源开发技术服务站。
1996年7月，市矿产资源管理局更名为市地质矿产局，为政府序列局，设办公室、综合管理科、矿管科、地环科、财务征收科、督察室，下辖市矿产资源开发技术服务站。
1997年1月，济宁市土地管理局设办公室（加挂计财科牌子）、人事科（加挂法规宣教科牌子）、地籍管理科、土地利用规划科、建设用地管理科、土地市场管理科、土地监察科。
2000年2月，成立济宁市地质矿产局培训中心；2000年6月，成立济宁市地租征收处、济宁市统一征地办公室（加挂济宁市土地储备中心牌子）。
2001年6月，市地质矿产局和市土地管理局合并，组建市国土资源局。原市建设委员会的测绘管理职能、原市计划委员会制定国土规划和与土地利用总体规划有关的职能、市煤炭冶金工业公司等单位行使的矿产资源行政管理职能划归市国土资源局。市国土资源局为主管全市土地、矿产等自然资源的规划、管理、保护与合理利用及测绘行业管理的市政府组成部门。2001年12月，济宁市国土资源局机关行政编制36人，设办公室、政策法规科、规划科（挂科技与外事科牌子）、耕地保护科、地籍管理科、土地利用管理科（挂集体土地管理科牌子）、矿产资源储量与开发管理科、地质环境与地质勘查科、煤炭资源管理处、测绘管理科、执法监察科、人事科13个科室。
2001年11月，市土地管理局档案馆更名为市国土资源局档案馆；2002年8月，市土地管理局干部培训中心和市地质矿产局培训中心合并组建市国土资源局干部培训中心，由正科级升格为副县级；2003年4月，撤销市统一征地办公室，成立市土地储备中心、市国土资源局曲阜新区分局；7月，市土地管理局开发区分局更名为市国土资源局开发区分局。
2004年10月，市、县国土资源领导班子及相应职级干部交上一级国土资源主管部门管理。市中区、任城区国土资源主管部门的机构、编制上收到市政府管理，为市国土资源局的派出机构。各县（市）按区域设置国土资源管理所，为县（市）国土资源主管部门的派出机构。
2005年12月，市国土资源局信息管理中心成立，市土地监察大队更名为市国土资源执法监察支队；2006年8月，执法监察支队由正科级升格为副县级；2007年10月，撤销市国土资源局曲阜新区分局；2008年5月，成立市国土资源局北湖度假区分局；12月，撤销市地租征收处成立市土地资产管理中心，市土地开发复垦中心更名为市土地整理中心（加挂市采煤塌陷地治理办公室牌子），同时，成立市地质环境监测站。
2010年4月，济宁市国土资源局机关行政编制39人。其主要职责是主管全市土地资源、矿产资源等自然资源的规划、管理、保护与合理利用，以及测绘行业管理。设办公室、人事科（挂科技与外事科牌子）、政策法规科（挂行政许可科牌子）、规划科、财务科、耕地保护与征地管理科、地籍管理科、土地利用管理科（挂集体土地管理科牌子）、测绘管理科、矿产资源开发管理处、地质环境科、矿产资源储量管理科（挂地质勘查科牌子）、监察信访科13个科室。下辖市土地勘测规划站、市土地储备中心、市土地整理中心、市国土资源执法监察支队、市土地资产管理中心、市国土资源局干部培训中心、市国土资源局开发区分局、市国土资源局北湖分局、市国土资源局档案馆、市土地资源勘测大队、市矿产资源开发技术服务站、市国土资源信息中心、市地产交易所、市地质环境监测站14个事业单位。