土地经营制度改革
农村土地承包管理 1991年，全市贯彻《山东省农村集体经济承包合同管理制度》，农村承包合同管理工作开始纳入法制化、规范化轨道。1999年，根据中央十五届三中全会确定的将土地承包期再延长30年的政策和省委、省政府安排部署，全市开展延长农村土地承包期30年，即二轮延包工作。开展二轮承包行政村6393个，农户165万户，发包面积726.1万亩，有6297个村、158.07万农户签订农村土地承包合同、获得土地承包经营权证书，分别占应签发村、户数的95.6%和95.8%。2002年，全国人大常委会颁布《中华人民共和国农村土地承包法》，以法律形式巩固了家庭承包经营制度。2003年，济宁市结合贯彻《农村土地承包法》和《山东省实施办法》，开展二轮承包后继完善工作，对土地承包期不到30年的，一律延长至30年。机动地面积严格控制在集体总耕地面积5%以内，原未留机动地的一律不得再留。彻底清理取消“两田制”，实现“均田制”。2006年，全市积极开展农村承包纠纷调解仲裁工作，任城区农村土地承包纠纷仲裁庭被农业部确定为全国试点单位。农村土地承包关系不断得到完善。2007年，按照中央和省部署，全市开展农村土地突出问题专项治理活动。共清理超标多留机动地16个村、面积897亩，查纠违法调整承包地31起，涉及农户1909户，补签土地承包合同352个村、7.53万份。2008年，市政府办公室制定印发《关于切实做好农村土地承包经营权证换发补发工作的通知》，对换发补发农村土地承包经营权证进行安排部署，汶上县、鱼台县、兖州市、泗水县、邹城市等换发补发农村土地承包经营权证工作全面铺开。同时积极开展农村土地承包纠纷调解仲裁工作，逐步建立起乡（镇）村有调解、县（市、区）有仲裁机构的农村土地承包纠纷调处体系。2009年，全市深入开展农村土地突出问题专项治理活动，依法纠正承包期不足30年、随意调整农户承包地、超标多留机动地等侵害农民土地承包权益的行为。市政府起草《关于全市稳定和完善农村基本经营制度工作情况的报告》，接受市十五届人代会第十四次会议的审议。
2010年，全市积极开展《农村土地承包法》《山东省实施〈农村土地承包法〉办法》《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》等法规政策的宣传和普及。按照《农村土地承包法》《山东省实施〈农村土地承包法〉办法》要求，农村土地承包经营权证换发补发工作稳妥进行，有5个县（市、区）为59.2万户换发补发土地承包经营权证。同时，按照《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》要求，加强仲裁机构建设，积极开展仲裁调解工作。当年成立县级农村土地承包经营纠纷仲裁委员会的县（市、区）7个，聘任仲裁员43人。受理纠纷16件，其中，裁决纠纷1件，调解纠纷15件。至2010年底，全市成立8个县级农村土地承包经营纠纷仲裁委员会，当年共发生土地承包纠纷93起，处理89起，结案率95.7%。农村土地承包经营纠纷仲裁工作的开展，为农村稳定发挥了积极作用。
农村土地流转 2006年，全市按照依法、自愿、有偿的原则，规范引导农村土地承包经营权流转。2009年，全市积极推动农村土地承包经营权流转服务体系建设，促进农村土地规范有序流转。当年全市26个乡镇建立了农村土地流转服务中心，全市农村土地流转面积26.3万亩，占承包面积的3.58%。2010年，市政府印发《关于促进农村土地承包经营权流转工作的意见》，市农委制定《济宁市农村土地承包经营权流转规范管理和服务实施意见》。当年，全市有6个县（市、区）、107个乡镇建立农村土地流转服务中心，占应建乡镇（143个）的75%。4193个村设立土地流转服务站，占总村数的65%。全市共流转土地面积53.39万亩。其中，转包21.44万亩，转让2.5万亩，互换5.4万亩，出租18.67万亩，股份合作2.92万亩，其他2.46万亩。流转入农户面积28.19万亩，占52.8%；流转入专业合作社面积8.53万亩，占16%；流转入企业面积8.6万亩，占16.1%；其他8.07万亩，占15.1%。流转出承包耕地的农户14.12万户，签订耕地流转合同6.8万份，签订流转合同的耕地流转面积32.15万亩，占流转面积的60.2%。至2010年底，全市流转土地面积108.8万亩，建立县级流转服务组织6个、乡镇流转服务中心125个，为土地流转各方提供规范完善的“一站式”服务。
农村集体财务管理制度改革
1996年，为强化农村财务管理工作，积极稳妥推行农村集体财务“双代管”（村集体账、资金由乡镇统一代管）。2000年，开始探索制定适合本地情况的财务管理制度，在全市范围内普遍推行农村民主理财和财务公开制度。2002年，积极探索推行农村财务代理制，实行会计电算化。由村账“双代管”改为代理制，同时实行农村财务管理电算化，曲阜市有6个乡镇建立农村财务代理中心。兖州市兴隆庄镇实行微机触摸屏财务公开，村民查账可以通过微机直接查到任何一张单据。至2002年，全市95%的村定期公开账目，90%的村达到财务管理规范化要求。2006年，全市认真贯彻落实中央《关于健全完善村务公开和民主管理的意见》和《山东省村务公开条例》，按照《山东省集体经济财务公开制度》要求，不断完善财务公开的程序和内容。当年全市有85%的村建立民主理财小组，90%的村实现财务公开规范化。全市农村集体经济审计单位3422个，共审计资金总额10.2亿元，其中查处违纪单位99个，违纪金额218.2万元。
2010年，全市开展“三资”（资金、资产、资源）管理。在管理模式上，一是建立健全村级会计账簿。各项财务制度规范、完善，村会计持证上岗率95%以上。二是全面推行村级会计委托代理。当年全市实行村级会计委托代理的乡镇114个，占乡镇总数的75.5%，代理村4690个，占总村数的72.8%。代理村资金10.7亿元。全市90%的村建立民主理财小组，95%的村实行财务公开。开展农村集体资产、资源及工程建设招投标的26个乡镇、229个村，涉及招投标项目213个，金额7.59亿元。2010年，全市加强“三资”管理。市委、市政府印发《关于创新农村集体资金资产资源管理模式的实施意见》。按照省统一部署，全市全面开展农村集体经济组织清产核资工作。当年全市共有6541个村完成清产核资工作，占全部村数的99.7%。统一建立村集体“三资”管理台账。按照市统一设计、县级印制、乡村组织填报的要求，在清产核资的基础上，全市统一建立农村集体资产台账、农村资源台账和农村经济合同台账。全面实行村集体“三资”委托代理制度。在乡镇全面建立农村集体“三资”委托代理服务中心，建立健全各项管理制度，将村集体资金、资产、资源及公章全部纳入其统一管理，并利用市纪委农廉网系统对村集体“三资”实行全方位、全过程动态管理和服务。加大农村审计力度，对村级转移支付资金和征占补偿资金的分配管理和使用等进行重点审计，对群众反映强烈的问题进行专项审计，共审计单位3035个，审计资金8.7亿元。
集体产权制度改革
2004年，随着市场经济体制的建立和城市化进程的加快，市中区根据其村居集体经济较为发达，经营性资产较多的实际情况，积极探索并开展集体产权制度改革工作。至2006年底，市中区有51个村（居）进行产权制度改革，量化资产总额8.74亿元、净资产6.95亿元、量化总股本6.43亿股（其中集体股2.79亿股，个人股3.64亿股）、股东31868人。
1987年，为解决农村资金融通问题，根据中央、省政府关于允许在农村试办资金互助性质金融组织的指示精神，全市开始举办农村合作基金会。至1998年底，全市发展149处农村合作基金会，总资产10.34亿元，其中放款8.43亿万元；总负债10.15亿元，其中股金9.28亿万元；所有者权益1891万元。1999年7月，全市开展清理整顿农村合作基金会工作。按照中央和省、市的部署，清理整顿工作稳妥、有序进行。至当年底，顺利完成清产核资、产权界定和分类处置工作。清产核资后，145处农村合作基金会清盘关闭，总资产9.57亿元，其中放款7.88亿元，总负债9.41亿元，其中股金8.56亿元、个人股金78400万元，所有者权益1611万元。至2006年底，全市农村合作基金会清理整顿工作基本完成。
农民负担监督管理
农民负担监管 1991年，国务院颁布《农民承担费用和劳务管理条例》；以乡镇为单位，人均集体提留和统筹费控制在上年人均收入的5%以内，进一步明确农民合理负担的项目和使用范围。中央和省也相继出台减轻农民负担的一系列文件。全市先后制定和转发相关减轻农民负担的文件。农民负担监管力度得到进一步加强。1997年，全市贯彻落实中共中央、国务院《关于切实做好减轻农民负担工作的决定》。实行减负工作党政一把手负责制、部门分级责任制、基层干部包保制，农民负担执行“一定三年不变”政策，检查农民负担监督卡制度，禁止乱收费、乱集资、乱罚款、乱摊派，实行农民负担“一票否决”制度。全市农民负担明显减轻。2001年，市委、市政府办公室先后印发《关于切实做好2001年减轻农民负担工作的通知》《关于认真贯彻落实中办发〔2001〕18号文件精神，切实做好减轻农民负担工作的通知》《关于开展全市减轻农民负担工作专项检查的通知》等7个专门文件和传真电报，对进一步做好减负工作，搞好减负工作检查等作了明确具体的安排。当年村提留乡统筹仍按1998年数额计提，不超过1996年人均纯收入5%的限额和1997年的预算额。据统计，当年全市农民负担计提总额为7.41亿元，人均118.7元；农业税8400万元，农业特产税5360万元；“三提五统”6.03亿元，人均98.45元，占1996年农民人均纯收入的4.6%；农村“两工”安排6944万个，劳均22个。“三提五统”和“两工”均控制在政策规定的限额比例范围之内，比上年略有减少，其中，“三提五统”人均减少1.27元，“两工”劳均减少2.5个。落实对贫困村、特困户的减免和农村老年人优待政策。当年全市共落实贫困户减免2.9万户，减免金额694万元，户均减免238.7元；对22.9万名70岁以上农村老年人，减免“三提五统”2200万元。
2002年，全市开展农村税费改革。改革的内容是“四取消、两调整、一改革”，即取消乡镇统筹费，取消农村教育筹资等面向农民的行政事业性收费和政府性基金和集资，取消屠宰税，取消劳动积累工和义务工。改革村提留征收使用办法，取消原来的村提留，村组干部报酬、五保户供养、村办公经费、民兵训练费，以新的农业税附加和农业特产税附加方式收取，两税附加支出不足的部分由财政给予转移支付补贴。通过农村税费改革，合理确定农民的税赋水平，从根本上治理对农民的各种乱收费、乱集资和乱摊派现象，规范国家、集体和农民之间的分配关系，减轻农民负担，促进农村稳定。当年全市农民家庭经营直接负担农业两税及附加总额5.38亿元，较上年减少1.61亿元，下降22.98%，农民人均负担86.08元，人均减少25.68元，计划安排农村“两工”2937万个，较上年减少2126万个，劳均9个，较上年减少16个。当年夏季实际征收农业两税及附加额4.08亿元，人均65.16元，占应征收额的75.7%。在当年夏季征收过程中，认真落实农村优待减免政策，减免金额3679万元，其中减免70岁以上老年人35.9万人。
2006年，济宁市全面取消农业税等专门面向农民收取的各种税费，农民负担重的状况发生根本性变化，农民负担得到明显减轻。减轻农民负担工作由重点“治重、治乱”，转入巩固农村税费改革成果、有效防止反弹的新阶段。经过努力，逐步取消农业税、特产税、“三提五统”、农村“两工”、乡村公益事业金等直接面向农民收取的其他税费，与1996年相比，全市每年可减轻农民负担9.5亿元，农民人均减负约150元，真正让农民共享农村改革的成果、得到实惠。2010年，全市继续强化农民负担监督管理，防止农民负担反弹。制定农民负担监督管理工作目标责任制、党政“一把手”负责制、专项治理部门分工责任制、基层干部包保制度，“一票否决”制得到全面落实。坚持防止农民负担反弹的“五项制度（涉农价格和收费公示制、农村中小学义务教育收费“免费制”、农村公费订阅报刊费用“限额制”、涉农案件的“责任追究制”、农民负担的“监督卡制”）”取得明显成效。
“一事一议”管理 实行税费改革后，取消乡统筹，对“两工政策”和村提留的办法做了调整，村内兴办集体公益事业由村民通过“一事一议”的方式筹资解决。2003年，全市加强农业“两税”附加和“一事一议”筹资筹劳管理，防止截留、平调和挪用。重点对“两税”附加、“一事一议”筹资筹劳资金管理使用情况进行监督检查和专项审计。加强农村“两工”的监督管理，严格控制“两工”使用数量，不得强迫农民以资代劳。严格“一事一议”审批程序，严格控制“一事一议”的范围、项目和筹资筹劳的数量。严格“一事一议”筹资筹劳的议事程序。2004年，全市村级“一事一议”筹资筹劳2032万元，人均3.1元，筹劳109万个工日，劳均0.35个。村级“一事一议”主要用于“村村通工程”的筹资筹劳。2010年，汶上县作为全市村级公益事业建设“一事一议”财政奖补试点县，共申报实施“一事一议”公益项目87个，涉及10个乡镇、87个村，受益人口12.25万人。项目计划总投资1636.57万元，其中，村民筹资筹劳994.36万元，项目实施主体自筹资金46.74万元，人均12.56元，筹劳折资947.62万元，筹劳人数6.1万人，每工日值16.6元，人均筹劳9.36个。省奖补资金198.87万元，市奖补资金99.44万元，社会捐助181.86万元。当年底，汶上县65个“一事一议”财政奖补试点工程建设项目完工。2010年，全市共有95个乡镇，1665个村开展村级公益事业“一事一议”财政奖补项目，兴建项目1461个，受益农业人口200多万人，争取省级补贴资金1.3亿元。全市共有129个乡镇、1807个村开展村级公益事业“一事一议”财政奖补项目，兴建项目3143个，受益农业人口169.8多万人，争取财政奖补资金1.1亿元。
农民专业合作组织（农民专业合作社）
2002年，随着农村改革与发展的不断深入，全市农民专业合作经济组织有了较快发展。市农业局印发《农民专业合作社示范章程（试行）》，引导、规范全市农民专业合作经济组织的发展。2004年，全市共有农民专业合作组织874个，合作组织成员41万人。在农民专业合作组织中，已登记注册的412个，未登记注册的462个。在登记注册的412个合作组织中，工商部门166个，农业部门99个，民政部门147个。按照行业划分，874个农民专业合作组织中，种植业497个，畜牧业137个，渔业18个，农机32个，其他190个。2006年，十届全国人大常委会第二十四次会议专门审议通过《中华人民共和国农民专业合作社法》。明确农民专业合作社的市场主体地位，为农民专业合作社参与市场竞争提供法律基础，为农民专业合作社规范运行提供法律保障。至年底，全市各类农民专业合作经济组织发展到1445个，按行业划分：种植业693个、畜牧业282个、渔业74个、农机49个、其他347个，其中登记注册的921个，县（市、区）级农产品行业协会38个。年内，合作销售农产品30.2万吨，合作购买农资4.84亿元，培训农民14.33万人次，拥有总资产4.89亿元，年总收入7.19亿元，年盈利分配2.17亿元，农民成员纯收入1.64亿元。
2008年，中共十七大进一步明确指出，探索集体经济有效实现形式，发展农民专业合作组织，支持农业产业化经营和龙头企业发展。当年全市共有农民专业合作经济组织1273个，按行业划分：种植业414个，林业50个，畜牧业203个，渔业19个，服务业114个，其他473个。按照《中华人民共和国农民专业合作社法》的规定，全市在工商业部门登记注册农民专业合作社262个。农民专业合作经济组织成员42万人，带动农户33万户。
至2010年底，全市在工商部门登记注册农民专业合作社3233个，比2009年增加764个。按行业划分：种植业1385个、林业279个、畜牧业778个、渔业187个。吸纳专业合作社成员20.48万人，其中农民成员18.87万人；年内统一组织销售农产品总值34.53亿元，统一组织购买农业生产总值9.2亿元，培训成员20.56万人次。全市有2个部级和9个省级农民专业合作社示范（先进）社。
第一节 农村经济体制改革
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土地经营制度改革
农村土地承包管理 1991年，全市贯彻《山东省农村集体经济承包合同管理制度》，农村承包合同管理工作开始纳入法制化、规范化轨道。1999年，根据中央十五届三中全会确定的将土地承包期再延长30年的政策和省委、省政府安排部署，全市开展延长农村土地承包期30年，即二轮延包工作。开展二轮承包行政村6393个，农户165万户，发包面积726.1万亩，有6297个村、158.07万农户签订农村土地承包合同、获得土地承包经营权证书，分别占应签发村、户数的95.6%和95.8%。2002年，全国人大常委会颁布《中华人民共和国农村土地承包法》，以法律形式巩固了家庭承包经营制度。2003年，济宁市结合贯彻《农村土地承包法》和《山东省实施办法》，开展二轮承包后继完善工作，对土地承包期不到30年的，一律延长至30年。机动地面积严格控制在集体总耕地面积5%以内，原未留机动地的一律不得再留。彻底清理取消“两田制”，实现“均田制”。2006年，全市积极开展农村承包纠纷调解仲裁工作，任城区农村土地承包纠纷仲裁庭被农业部确定为全国试点单位。农村土地承包关系不断得到完善。2007年，按照中央和省部署，全市开展农村土地突出问题专项治理活动。共清理超标多留机动地16个村、面积897亩，查纠违法调整承包地31起，涉及农户1909户，补签土地承包合同352个村、7.53万份。2008年，市政府办公室制定印发《关于切实做好农村土地承包经营权证换发补发工作的通知》，对换发补发农村土地承包经营权证进行安排部署，汶上县、鱼台县、兖州市、泗水县、邹城市等换发补发农村土地承包经营权证工作全面铺开。同时积极开展农村土地承包纠纷调解仲裁工作，逐步建立起乡（镇）村有调解、县（市、区）有仲裁机构的农村土地承包纠纷调处体系。2009年，全市深入开展农村土地突出问题专项治理活动，依法纠正承包期不足30年、随意调整农户承包地、超标多留机动地等侵害农民土地承包权益的行为。市政府起草《关于全市稳定和完善农村基本经营制度工作情况的报告》，接受市十五届人代会第十四次会议的审议。
2010年，全市积极开展《农村土地承包法》《山东省实施〈农村土地承包法〉办法》《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》等法规政策的宣传和普及。按照《农村土地承包法》《山东省实施〈农村土地承包法〉办法》要求，农村土地承包经营权证换发补发工作稳妥进行，有5个县（市、区）为59.2万户换发补发土地承包经营权证。同时，按照《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》要求，加强仲裁机构建设，积极开展仲裁调解工作。当年成立县级农村土地承包经营纠纷仲裁委员会的县（市、区）7个，聘任仲裁员43人。受理纠纷16件，其中，裁决纠纷1件，调解纠纷15件。至2010年底，全市成立8个县级农村土地承包经营纠纷仲裁委员会，当年共发生土地承包纠纷93起，处理89起，结案率95.7%。农村土地承包经营纠纷仲裁工作的开展，为农村稳定发挥了积极作用。
农村土地流转 2006年，全市按照依法、自愿、有偿的原则，规范引导农村土地承包经营权流转。2009年，全市积极推动农村土地承包经营权流转服务体系建设，促进农村土地规范有序流转。当年全市26个乡镇建立了农村土地流转服务中心，全市农村土地流转面积26.3万亩，占承包面积的3.58%。2010年，市政府印发《关于促进农村土地承包经营权流转工作的意见》，市农委制定《济宁市农村土地承包经营权流转规范管理和服务实施意见》。当年，全市有6个县（市、区）、107个乡镇建立农村土地流转服务中心，占应建乡镇（143个）的75%。4193个村设立土地流转服务站，占总村数的65%。全市共流转土地面积53.39万亩。其中，转包21.44万亩，转让2.5万亩，互换5.4万亩，出租18.67万亩，股份合作2.92万亩，其他2.46万亩。流转入农户面积28.19万亩，占52.8%；流转入专业合作社面积8.53万亩，占16%；流转入企业面积8.6万亩，占16.1%；其他8.07万亩，占15.1%。流转出承包耕地的农户14.12万户，签订耕地流转合同6.8万份，签订流转合同的耕地流转面积32.15万亩，占流转面积的60.2%。至2010年底，全市流转土地面积108.8万亩，建立县级流转服务组织6个、乡镇流转服务中心125个，为土地流转各方提供规范完善的“一站式”服务。
农村集体财务管理制度改革
1996年，为强化农村财务管理工作，积极稳妥推行农村集体财务“双代管”（村集体账、资金由乡镇统一代管）。2000年，开始探索制定适合本地情况的财务管理制度，在全市范围内普遍推行农村民主理财和财务公开制度。2002年，积极探索推行农村财务代理制，实行会计电算化。由村账“双代管”改为代理制，同时实行农村财务管理电算化，曲阜市有6个乡镇建立农村财务代理中心。兖州市兴隆庄镇实行微机触摸屏财务公开，村民查账可以通过微机直接查到任何一张单据。至2002年，全市95%的村定期公开账目，90%的村达到财务管理规范化要求。2006年，全市认真贯彻落实中央《关于健全完善村务公开和民主管理的意见》和《山东省村务公开条例》，按照《山东省集体经济财务公开制度》要求，不断完善财务公开的程序和内容。当年全市有85%的村建立民主理财小组，90%的村实现财务公开规范化。全市农村集体经济审计单位3422个，共审计资金总额10.2亿元，其中查处违纪单位99个，违纪金额218.2万元。
2010年，全市开展“三资”（资金、资产、资源）管理。在管理模式上，一是建立健全村级会计账簿。各项财务制度规范、完善，村会计持证上岗率95%以上。二是全面推行村级会计委托代理。当年全市实行村级会计委托代理的乡镇114个，占乡镇总数的75.5%，代理村4690个，占总村数的72.8%。代理村资金10.7亿元。全市90%的村建立民主理财小组，95%的村实行财务公开。开展农村集体资产、资源及工程建设招投标的26个乡镇、229个村，涉及招投标项目213个，金额7.59亿元。2010年，全市加强“三资”管理。市委、市政府印发《关于创新农村集体资金资产资源管理模式的实施意见》。按照省统一部署，全市全面开展农村集体经济组织清产核资工作。当年全市共有6541个村完成清产核资工作，占全部村数的99.7%。统一建立村集体“三资”管理台账。按照市统一设计、县级印制、乡村组织填报的要求，在清产核资的基础上，全市统一建立农村集体资产台账、农村资源台账和农村经济合同台账。全面实行村集体“三资”委托代理制度。在乡镇全面建立农村集体“三资”委托代理服务中心，建立健全各项管理制度，将村集体资金、资产、资源及公章全部纳入其统一管理，并利用市纪委农廉网系统对村集体“三资”实行全方位、全过程动态管理和服务。加大农村审计力度，对村级转移支付资金和征占补偿资金的分配管理和使用等进行重点审计，对群众反映强烈的问题进行专项审计，共审计单位3035个，审计资金8.7亿元。
集体产权制度改革
2004年，随着市场经济体制的建立和城市化进程的加快，市中区根据其村居集体经济较为发达，经营性资产较多的实际情况，积极探索并开展集体产权制度改革工作。至2006年底，市中区有51个村（居）进行产权制度改革，量化资产总额8.74亿元、净资产6.95亿元、量化总股本6.43亿股（其中集体股2.79亿股，个人股3.64亿股）、股东31868人。
1987年，为解决农村资金融通问题，根据中央、省政府关于允许在农村试办资金互助性质金融组织的指示精神，全市开始举办农村合作基金会。至1998年底，全市发展149处农村合作基金会，总资产10.34亿元，其中放款8.43亿万元；总负债10.15亿元，其中股金9.28亿万元；所有者权益1891万元。1999年7月，全市开展清理整顿农村合作基金会工作。按照中央和省、市的部署，清理整顿工作稳妥、有序进行。至当年底，顺利完成清产核资、产权界定和分类处置工作。清产核资后，145处农村合作基金会清盘关闭，总资产9.57亿元，其中放款7.88亿元，总负债9.41亿元，其中股金8.56亿元、个人股金78400万元，所有者权益1611万元。至2006年底，全市农村合作基金会清理整顿工作基本完成。
农民负担监督管理
农民负担监管 1991年，国务院颁布《农民承担费用和劳务管理条例》；以乡镇为单位，人均集体提留和统筹费控制在上年人均收入的5%以内，进一步明确农民合理负担的项目和使用范围。中央和省也相继出台减轻农民负担的一系列文件。全市先后制定和转发相关减轻农民负担的文件。农民负担监管力度得到进一步加强。1997年，全市贯彻落实中共中央、国务院《关于切实做好减轻农民负担工作的决定》。实行减负工作党政一把手负责制、部门分级责任制、基层干部包保制，农民负担执行“一定三年不变”政策，检查农民负担监督卡制度，禁止乱收费、乱集资、乱罚款、乱摊派，实行农民负担“一票否决”制度。全市农民负担明显减轻。2001年，市委、市政府办公室先后印发《关于切实做好2001年减轻农民负担工作的通知》《关于认真贯彻落实中办发〔2001〕18号文件精神，切实做好减轻农民负担工作的通知》《关于开展全市减轻农民负担工作专项检查的通知》等7个专门文件和传真电报，对进一步做好减负工作，搞好减负工作检查等作了明确具体的安排。当年村提留乡统筹仍按1998年数额计提，不超过1996年人均纯收入5%的限额和1997年的预算额。据统计，当年全市农民负担计提总额为7.41亿元，人均118.7元；农业税8400万元，农业特产税5360万元；“三提五统”6.03亿元，人均98.45元，占1996年农民人均纯收入的4.6%；农村“两工”安排6944万个，劳均22个。“三提五统”和“两工”均控制在政策规定的限额比例范围之内，比上年略有减少，其中，“三提五统”人均减少1.27元，“两工”劳均减少2.5个。落实对贫困村、特困户的减免和农村老年人优待政策。当年全市共落实贫困户减免2.9万户，减免金额694万元，户均减免238.7元；对22.9万名70岁以上农村老年人，减免“三提五统”2200万元。
2002年，全市开展农村税费改革。改革的内容是“四取消、两调整、一改革”，即取消乡镇统筹费，取消农村教育筹资等面向农民的行政事业性收费和政府性基金和集资，取消屠宰税，取消劳动积累工和义务工。改革村提留征收使用办法，取消原来的村提留，村组干部报酬、五保户供养、村办公经费、民兵训练费，以新的农业税附加和农业特产税附加方式收取，两税附加支出不足的部分由财政给予转移支付补贴。通过农村税费改革，合理确定农民的税赋水平，从根本上治理对农民的各种乱收费、乱集资和乱摊派现象，规范国家、集体和农民之间的分配关系，减轻农民负担，促进农村稳定。当年全市农民家庭经营直接负担农业两税及附加总额5.38亿元，较上年减少1.61亿元，下降22.98%，农民人均负担86.08元，人均减少25.68元，计划安排农村“两工”2937万个，较上年减少2126万个，劳均9个，较上年减少16个。当年夏季实际征收农业两税及附加额4.08亿元，人均65.16元，占应征收额的75.7%。在当年夏季征收过程中，认真落实农村优待减免政策，减免金额3679万元，其中减免70岁以上老年人35.9万人。
2006年，济宁市全面取消农业税等专门面向农民收取的各种税费，农民负担重的状况发生根本性变化，农民负担得到明显减轻。减轻农民负担工作由重点“治重、治乱”，转入巩固农村税费改革成果、有效防止反弹的新阶段。经过努力，逐步取消农业税、特产税、“三提五统”、农村“两工”、乡村公益事业金等直接面向农民收取的其他税费，与1996年相比，全市每年可减轻农民负担9.5亿元，农民人均减负约150元，真正让农民共享农村改革的成果、得到实惠。2010年，全市继续强化农民负担监督管理，防止农民负担反弹。制定农民负担监督管理工作目标责任制、党政“一把手”负责制、专项治理部门分工责任制、基层干部包保制度，“一票否决”制得到全面落实。坚持防止农民负担反弹的“五项制度（涉农价格和收费公示制、农村中小学义务教育收费“免费制”、农村公费订阅报刊费用“限额制”、涉农案件的“责任追究制”、农民负担的“监督卡制”）”取得明显成效。
“一事一议”管理 实行税费改革后，取消乡统筹，对“两工政策”和村提留的办法做了调整，村内兴办集体公益事业由村民通过“一事一议”的方式筹资解决。2003年，全市加强农业“两税”附加和“一事一议”筹资筹劳管理，防止截留、平调和挪用。重点对“两税”附加、“一事一议”筹资筹劳资金管理使用情况进行监督检查和专项审计。加强农村“两工”的监督管理，严格控制“两工”使用数量，不得强迫农民以资代劳。严格“一事一议”审批程序，严格控制“一事一议”的范围、项目和筹资筹劳的数量。严格“一事一议”筹资筹劳的议事程序。2004年，全市村级“一事一议”筹资筹劳2032万元，人均3.1元，筹劳109万个工日，劳均0.35个。村级“一事一议”主要用于“村村通工程”的筹资筹劳。2010年，汶上县作为全市村级公益事业建设“一事一议”财政奖补试点县，共申报实施“一事一议”公益项目87个，涉及10个乡镇、87个村，受益人口12.25万人。项目计划总投资1636.57万元，其中，村民筹资筹劳994.36万元，项目实施主体自筹资金46.74万元，人均12.56元，筹劳折资947.62万元，筹劳人数6.1万人，每工日值16.6元，人均筹劳9.36个。省奖补资金198.87万元，市奖补资金99.44万元，社会捐助181.86万元。当年底，汶上县65个“一事一议”财政奖补试点工程建设项目完工。2010年，全市共有95个乡镇，1665个村开展村级公益事业“一事一议”财政奖补项目，兴建项目1461个，受益农业人口200多万人，争取省级补贴资金1.3亿元。全市共有129个乡镇、1807个村开展村级公益事业“一事一议”财政奖补项目，兴建项目3143个，受益农业人口169.8多万人，争取财政奖补资金1.1亿元。
农民专业合作组织（农民专业合作社）
2002年，随着农村改革与发展的不断深入，全市农民专业合作经济组织有了较快发展。市农业局印发《农民专业合作社示范章程（试行）》，引导、规范全市农民专业合作经济组织的发展。2004年，全市共有农民专业合作组织874个，合作组织成员41万人。在农民专业合作组织中，已登记注册的412个，未登记注册的462个。在登记注册的412个合作组织中，工商部门166个，农业部门99个，民政部门147个。按照行业划分，874个农民专业合作组织中，种植业497个，畜牧业137个，渔业18个，农机32个，其他190个。2006年，十届全国人大常委会第二十四次会议专门审议通过《中华人民共和国农民专业合作社法》。明确农民专业合作社的市场主体地位，为农民专业合作社参与市场竞争提供法律基础，为农民专业合作社规范运行提供法律保障。至年底，全市各类农民专业合作经济组织发展到1445个，按行业划分：种植业693个、畜牧业282个、渔业74个、农机49个、其他347个，其中登记注册的921个，县（市、区）级农产品行业协会38个。年内，合作销售农产品30.2万吨，合作购买农资4.84亿元，培训农民14.33万人次，拥有总资产4.89亿元，年总收入7.19亿元，年盈利分配2.17亿元，农民成员纯收入1.64亿元。
2008年，中共十七大进一步明确指出，探索集体经济有效实现形式，发展农民专业合作组织，支持农业产业化经营和龙头企业发展。当年全市共有农民专业合作经济组织1273个，按行业划分：种植业414个，林业50个，畜牧业203个，渔业19个，服务业114个，其他473个。按照《中华人民共和国农民专业合作社法》的规定，全市在工商业部门登记注册农民专业合作社262个。农民专业合作经济组织成员42万人，带动农户33万户。
至2010年底，全市在工商部门登记注册农民专业合作社3233个，比2009年增加764个。按行业划分：种植业1385个、林业279个、畜牧业778个、渔业187个。吸纳专业合作社成员20.48万人，其中农民成员18.87万人；年内统一组织销售农产品总值34.53亿元，统一组织购买农业生产总值9.2亿元，培训成员20.56万人次。全市有2个部级和9个省级农民专业合作社示范（先进）社。