1991年，济宁市计划委员会内设办公室、政策法规科、长期规划与产业政策科、国民经济综合科、国土地区科（挂南四湖综合规划治理领导小组办公室牌子）、固定资产投资科、对外经济贸易科、财政金融科、交通能源科、原材料与资源综合利用科、机电轻纺科、农村经济科（挂市农业利用外资项目办公室牌子）、商品流通科、社会发展科、人事科共15个职能科室和济宁市重大项目办公室（济宁市重点项目办公室）及监察室。下辖市信息中心、市经济和社会发展战略研究委员会办公室2个副县级全额拨款事业单位。管理市物价局。
2001年6月，济宁市计划委员会更名为济宁市发展计划委员会，内设办公室、法规和经济政策科（挂国防动员委员会国民经济动员办公室牌子）、国民经济综合科、投资科、国外资金利用科、地区经济发展科、农村经济发展科（挂农业利用外资项目办公室牌子）、基础产业发展科、工业发展科（挂稀土办公室牌子）、高技术产业发展科、经贸流通科、社会发展科、重点项目办公室、经济合作与对口支援办公室、人事科共15个职能科室及监察室。下辖市信息中心、市经济和社会发展战略研究委员会办公室、市压煤村庄搬迁办公室和市工程咨询院4个副县级事业单位。管理济宁市物价局，归口管理济宁市招商局。
2005年2月，济宁市发展计划委员会改组为济宁市发展和改革委员会，设办公室、政策法规科、发展规划科、国民经济综合科、经济体制综合改革科、固定资产投资科、国外资金利用科、地区经济科、农村经济科、能源交通科、工业科（挂市稀土办公室牌子）、高技术产业科、社会发展科、经济贸易科、财政金融科、资本市场发展科、市重点项目办公室、经济合作与对口支援办公室（挂市县域经济发展办公室牌子）、人事科共19个职能科室和市重大项目稽查办公室、市国防动员委员会国民经济动员办公室及监察室。下属市信息中心、市经济和社会发展战略研究委员会办公室、市压煤村庄搬迁办公室、市证券工作协调指导小组办公室、市工程咨询院5个单位。管理市物价局。
2006年5月，市贸易办公室组建为济宁市服务业办公室，并入市发改委，成为市发改委副县级内设机构。增设服务业规划科、服务业协调科、服务业项目科等3个职能科室，市发改委内设机构增至25个。2006年11月，增设老干部科。
2010年4月，市发展和改革委职责调整，取消由国务院、省政府和市政府公布取消的行政审批事项；将市发展和改革委员会的压煤村庄搬迁职责划给市煤炭局；减少微观管理事务和具体审批事项。根据职责调整，市发改委内设机构减至19个，分别为：办公室（挂政策法规科牌子）、人事科（挂离退休人员服务科牌子）、国民经济综合科（挂发展规划科牌子）、经济体制综合改革科、固定资产投资科（挂行政许可科牌子）、利用外资与境外投资科、地区经济与资源环境科、农村经济科、能源交通科、工业科（挂市稀土办公室牌子）、高技术产业科、社会发展科、经济贸易科、财政金融科、市重点项目办公室、经济合作与对口支援办公室（挂市县域经济发展办公室牌子）、市国防动员委员会国民经济动员办公室、市重大建设项目稽查办公室、市服务业办公室。