1999年，国家金库济宁市中心支库、各县市支库正式挂牌，具体承担经理济宁辖区内各级国库的职责。
国库会计核算业务
2001年，人民银行济宁市中心支行上线国库会计核算系统。2003年，建立以支付系统为核心，同城票据交换和国库内部往来为补充、相对独立的国库资金汇划清算体系。2006年，中心支行开始实行国库资金滚动报解，国库收支款项汇划报解至最终收款国库，基本达到“零在途”。7月1日，济宁市税库银联网系统全面上线运行。2010年11月22日，济宁市上线运行财税库银税收收入电子缴库横向联网系统。至2010年底，济宁市内全部国库、地税机构、10家商业银行分支机构接入财税库银横向联网系统，有22719户企业签约。2010年，发生电子扣税33.14万笔，入库金额28.04亿元。
国库服务
人民银行济宁市中心支行开展国库服务创新试点。至2010年底，济宁市共办理三峡库区移民后期扶持资金、家电下乡补贴资金、到村任职高校毕业生补助资金等35项政府补贴资金项目的直接支付业务，累计210.73万笔，金额1.99亿元，直接惠及群众60万人次。
国债发行与兑付业务
2006年7月，济宁首次成功推出储蓄国债（电子式），计划完成率100%。2010年，组织发行凭证式国债5期，发行量20733万元；发行储蓄式国债（电子式）11期，发行量6728.49万元。
国库监督管理
人民银行济宁市中心支行不断探索和创新国库业务的有效监管方式，对内逐步确立“管理机制科学、风险责任清晰、监督重点明确、检查程序合法”的内控管理框架，对外初步形成“点面结合、部门协作”的监督管理体系。2004—2010年，各级国库不断强化日常柜面监督管理力度，累计纠正不合规业务27688笔，金额83.14亿元。