1995年，济宁市国家税务局开始税收征管改革，按照“先试点后推行”“先城市后农村”的原则，在城区试点先行取消专管员管户制度，按管理服务、征收监控、税务稽查三个系列设置内部机构。1996年，对原来按行政区划设置的农村税务所进行收缩合并，按经济区划将167个税务所设为60个农村分局，建立74个功能齐全、便利快捷的办税服务厅，有200多个银行网点负责代征税款，实现了税务人员由“专管户”到“专管事”的根本性转变。
为适应信息高度共享和集中处理的需要，2000年，市国税局开始以征收方式改革为主要内容的征管改革。在巩固传统纳税申报方式的基础上，推行银行网点申报、电话申报、网络申报等电子纳税申报系统；按照“精简效能、属地管辖、分类管理、集中征收”的原则，调整基层局的税收管理和征收职能，将基层征、管、查全职能的征管机构逐步转变为管理性机构；实行一级稽查模式，对稽查工作归口统一管理，实现了税务稽查由“收入型”向“执法型”的转变。建立起“多元申报、集中征收、分类管理、一级稽查”的新型税收征管运行机制。配合建立新的征管模式和推进税收信息化建设，2001年，对征管机构进行改革，并分流调整人员，征管力量向一线倾斜。
2001年1月1日，金税工程二期全面开通运行，防伪税控开票系统、防伪税控认证系统、增值税专用发票交叉稽核系统和协查系统4个子系统全面应用，纳入防伪税控系统管理一般纳税人达6066户。在金税工程推广过程中，市国税局在全省首创开发了“一机多卡”的开票方式，用同一套通用设备为多用户防伪税控企业开具增值税专用发票，解决了小型一般纳税人推行难的问题。金税工程高质量运行，有效地打击专用发票犯罪活动，极大提高了税收管理的科技含量。2001年6月1日，市国税局成功试运行中国税收征管信息系统CTAIS，7月1日，实现与全省的同步正式运行，同年成功上线CTAIS2.0，提高了征管质量和效率。
2003年后，按照“在信息化支持下，以业务流为主线，梳理、整合、优化、规范征管业务流程，完善岗责体系，实现信息化技术支持下的专业化”的改革思路。市国税局积极借鉴流程再造理论，以税收征管业务整合规范和业务流程优化简并为重点内容，完善税收征管各项工作内容及标准，强化税收征管信息的增值应用。对基层征管机构、征管资源配置、征管信息数据等进行整合，并进行征管机构扁平化改革试点，使税收征管向“以高效业务受理和优化服务为基础，以征管信息增值应用为依托，实现业务受理简约化、监控管理精细化、稽查专业化、税收成本合理化、考核绩效化、服务个性化”的新型征管运行机制转变。4月1日，市国税局12366纳税服务热线开通，纳税人只需拨打热线电话，就可以得到税务咨询、政策解答、电话申报、信息查询等方面的税收服务。2004年4月，市国税局制作“税收服务电子名片”，将税制改革十年的各项税收政策汇辑成一部大型政策库，免费赠送给纳税人，解决了纳税人掌握税收政策不完整、不全面的问题，被纳税人称赞为“办税金钥匙”。
2006年，全面推行税收执法责任制，税收执法管理信息系统上线运行。同年，市国税局成功开发运行税收管理员监控应用系统，实现税收管理员工作任务可视化、工作内容可量化和工作目标可考化。2007年8月，上线运行税收预警分析系统。2008年5月，全面推行纳税评估系统。税收分析预警和纳税评估“两个系统”的全面推广应用，实现了税源管理工作质的飞跃。结合“两个系统”的应用，完善税收管理员制度，探索管户和管事相结合的新形式，优化税收管理员管户方式；探索税收管理员考核机制，采用以工作量为基础的加分制考核办法，调动并保护好税收管理员的工作积极性。落实税收管理员操作指南，确保税源管理职责的有效落实。2008年，开发运行《农产品收购监控分析系统》，充分利用以票控税的方法，规范收购发票的使用和货款结算方式，实现农产品收购数量和收购价格的科学预警，增强了税源监控的针对性和准确性，遏制了涉税违法现象的发生，同年通过省国税局验收，2009年在全省国税系统推广运行。
2010年，按照国家税务总局“积极探索实施信息管税，稳步推进税收征管方式变革”的工作要求，加快系统整合和信息一体化建设进程。坚持以落实税收管理员制度为重点，以“六率（税务登记率、申报率、入库率、处罚率、滞纳金加收率、欠税增减率）”考核为抓手，以开展税收调查分析活动为载体，把信息管税作为提高征管质量的基础工作和突破方向，以实施金税工程三期建设为平台，以深化“两个系统”应用为重点，加强数据质量管理，深化数据处理分析，充分发挥信息技术对完善征管体系、落实长效机制、提高征管质量的促进作用。