1994年后，根据国家政策和济宁实际，税制改革不断深化、调整和完善。1998年起，实施下岗职工再就业若干税收优惠政策。2002年起，先后在营业税、企业所得税、个人所得税、城市维护建设税等方面实行一系列税收优惠政策。
营业税
1994年起，按《中华人民共和国营业税暂行条例》和《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》征收营业税。6月，根据山东省税务局规定，确定济宁市交通运输业、建筑业、邮电通讯业、文化体育业、金融保险业、服务业、转让无形资产、销售不动产及娱乐业征收营业税的税率。1997—2010年，按照国家和省有关规定，结合本地的实际情况，制定相应的征收率。
企业所得税
1994年，执行国家规定的企业所得税税率。1999—2003年，根据产业的具体情况，执行国家税法规定税率。2004—2006年，按照《济宁市地方税务局施工、房地产行业所得税管理暂行办法》《关于加强企业所得税核定征收工作的意见》确定征收税款。2007—2010年，执行《中华人民共和国企业所得税法》和国家税务总局的具体规定，并结合济宁的具体情况征收企业所得税。
个人所得税
1991年，执行《中华人民共和国城乡个体工商户所得税暂行条例》等政策规定征收个人所得税。1994年1月28日，根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》，对个人所得税、个人收入调节税、城乡个体工商户所得税实行“三税合一”。2004年后，对农民从事种植业、养殖业、饲养业、捕捞业取得的所得暂停征收个人所得税。2010年，根据个人所得税法规定，对工资、薪金所得，以每月收入额减除费用2000元后的余额为应纳税所得额。
印花税
1991年，执行《中华人民共和国印花税暂行条例》等政策规定。1994年1月后，执行国家税务总局规定，将“记载资金的账簿”税目改为“实收资本”和“资本公积”两项。
房产税
1991年，对外商投资企业保留城市房地产税名称，比照房产税征收。2008年1月，对房产税、土地使用税申报纳税期限按照有关规定执行。
城市维护建设税
1991年，执行《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》。1994年2月，执行国家税务总局规定，对外商投资企业、外国企业暂不征收城市维护建设。1997—2010年，对外资企业征收城市维护建设税和教育费附加。
资源税
1994年，执行《中华人民共和国资源税暂行条例》。1997—2005年，按照国家和省有关规定，并结合济宁的具体情况，对有色金属、铁矿石、天然矿泉水、建筑用料、煤炭等资源适时调整征收资源税。
城镇土地使用税
1991年，执行《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》等政策规定。1997年12月，执行省政府决定，对城镇土地使用税的征税范围、土地等级、税额标准进行调整。1998年7月，对下岗职工创办的学校、医务室、诊所、幼儿园、托儿所用地免税。2005年8月，对安置“四残（盲、聋、哑及肢体残疾）”人员占生产人员总数35%以上的福利生产企业，暂免征收房产税和城镇土地使用税。2006年6月，印发《关于调整城镇土地使用税有关政策的意见》，将全市市区一等土地使用税税额由4元/平方米调整为5元/平方米，二等土地由3.2元/平方米调整为4元/平方米，三等土地由2.4元/平方米调整为3.2元/平方米。2009年4月，印发《关于在全市范围内利用卫星定位系统开展土地使用税清查工作的通知》，采用全球卫星定位系统（GPS），开展城镇土地使用税税源清查工作。