1994年，国家启动税制历史上规模最大、范围最广、内容最深刻、力度最强的工商税制改革，全面改革流转税。以实行规范化的增值税为核心，相应设置消费税、营业税，建立新的流转税课税体系，对外资企业停止征收原工商统一税，实行新的流转税制。对内资企业实行统一的企业所得税。取消原来分别设置的国营企业所得税、国营企业调节税、集体企业所得税和私营企业所得税。同时，国营企业不再执行企业承包上缴所得税的包干制。统一个人所得税，取消个人收入调节税和城乡个体工商业户所得税，对个人收入和个体工商户的生产经营所得统一实行修订后的《个人所得税法》。1999年11月1日起，对居民储蓄存款利息所得征收个人所得税，即利息税，税率为20%。调整资源税、城市维护建设税和城镇土地使用税；取消集市交易税、牲畜交易税、烧油特别税、奖金税和工资调节税；开征土地增值税、证券交易印花税；盐税并入资源税，特别消费税并入消费税。改革之后的税制税种设置由原来的37个减少为23个，初步实现税制的简化规范和高效统一。
2001年后，随着社会主义市场经济的不断完善，结合国内、国际客观经济形势的变化，国家推行以“费改税”、内外资企业所得税合并、增值税转型为主要内容的税制改革。2006年4月28日，对烟叶收购征税。2007—2010年，国家对企业所得税、个人所得税、增值税、消费税、货源税、出口退税等进行一系列改革。2009年后，企业所得税的征收管理范围按照新规定执行。
2010年底，济宁市国家税务局负责征收和管理的项目有增值税，消费税（其中进口环节的增值税、消费税由海关负责代征），车辆购置税，铁路部门、各银行总行、各保险公司总公司集中缴纳的营业税、企业所得税和城市维护建设税，中央企业缴纳的企业所得税，中央与地方所属企业、事业单位组成的联营企业、股份制企业缴纳的企业所得税，地方银行、非银行金融企业缴纳的企业所得税，海洋石油企业缴纳的企业所得税、资源税，2002—2008年期间注册的企业、事业单位缴纳的企业所得税，对储蓄存款利息征收的个人所得税，对股票交易征收的印花税。