济宁市财政集中支付核算中心主要承担市直预算单位国库集中支付和会计集中核算业务。
会计集中核算
2006年9月至2010年12月，为纳入预算单位累计收入拨解各类资金122.64亿元，累计支出101.51亿元；审核原始凭证286.27万张，办理记账凭证23.7万张，编制会计报表1.54万份；甄别假发票近万张，为税务机关提供稽查依据，挽回损失730多万元；拒付不合规开支2774笔，金额2662.4万元；取消不合规补贴35项，金额353.8万元。2010年12月，纳入“两集中”管理的市直预算单位327个（占市直预算单位的86%），建账374套，注销原有银行账户350个，归集划转资金4.3亿元。
国库集中支付
2007年，重启国库集中支付系统，首批市直63个预算单位顺利上线运行。同时开发国库集中支付系统与会计核算系统的数据接口，实现了支付与核算的并轨运行。2009年6月，以《济宁市人民政府办公室关于推行公务卡改革的意见》印发为标志，支付核算中心在全省率先启动市级公务卡改革，首批对市直63个预算单位实施公务卡改革，7月开始办理刷卡业务。至2010年12月，为205个市直预算单位办卡5354张，公务刷卡累计消费1000多万元。升级国库支付系统至V3.0版本，整合集中支付系统、总账系统和公务卡平台，统一制定财政、银行、单位查询报表，实现支付数据实时监控查询，同时增加公务卡直接支付还款功能。2010年7月，完成太极华清指标管理软件与集中支付软件的链接，将指标管理系统、集中支付系统、会计核算系统整合到一起。2010年12月，纳入市级统发工资的单位349个，在全省率先对差额、自收自支单位进行工资统发试点；与组织、人事部门协调配合清退应退未退人员202人，审退不符合工资统发条件的人员316人；为194个单位的离退休人员代发住房补贴。