2005年12月，市直行政事业单位国有资产管理职能由市国有资产管理局划归市财政局，根据上级有关文件精神，先后制定下发《济宁市行政事业单位车辆处置管理暂行办法》《济宁市市直行政事业单位公务用车定编配备和使用管理暂行办法》《济宁市市直行政事业单位国有资产占用费征收管理暂行办法》《关于市直行政事业单位固定资产统一建账设卡的通知》《关于行政事业单位国有资产处置收入执收编码有关问题的通知》《关于公务用车定编配备基础数据增减变动情况实行每月报送的通知》《济宁市市级行政事业单位国有资产处置管理暂行办法》等多项制度办法，为依法行政、依法治产、规范资产管理行为提供制度保证。2006年后，在全市相继开展行政事业单位资产清查工作，通过建立机构、组织培训、中介审计等形式，至2010年，全市共核实具有各类独立法人、独立核算的行政事业单位1952户，全市行政事业单位资产总计314亿元，负债总计93亿元，国有资产总量221亿元，固定资产总计176亿元，为做好损溢资产的处理打下坚实基础。坚持“公开、公正、公平”原则，实行市场化运作，累计收取资产处置收入8000余万元。按照“公开、公平、公正、诚实信用、价高者得”的原则，先后对全民健身广场管理中心和济宁市第一中学房产经营租赁权、太白路洸府河大桥和梁济运河大桥冠名权进行公开拍卖，通过竞拍，4项拍卖标的成交价款1391.5万元，比底价646.5万元高出745万元。2010年起，按照横向“财政部门—主管部门—行政事业单位”、纵向“省—市—县—乡”的框架设计，在全市开展“山东省行政事业资产管理信息系统”建设工作，实现对市直301个行政事业单位和县（市、区）财政专网专线连接，提高行政事业单位资产管理科学化、精细化水平。