济宁市非税收入管理历经1984—1992、1993—1995、1996年后3个阶段，由原来主要实行“所有权使用权不变、财政专户储存、计划管理、银行监督”的管理形式，到1996年“所有权归政府、管理权归财政、收支两条线、预算内外统筹安排、结余政府调剂使用”的新体制，预算外资金管理走上规范化轨道，这一管理体制被财政界誉为“济宁模式”。1996年，全市预算外资金收入12.94亿元（扣除社会保障基金收入4.3亿元），按可比口径计算比1990年增加7.72亿元。2001年后，继续坚持以深化“收支两条线”改革为目标，以完善“票款分离”办法为主线，以综合财政预算为核心，围绕财政中心工作，加强和规范政府非税收入管理，拓展管理范围，完善征管机制，挖掘增收潜力。实现综合财政预算和国库集中支付制度，提高财政资金使用效益。坚持依法理财，以票管费，以查促收，取得良好效果。开展涉企收费“一费制”改革，实行“明白卡”告知制度，变多头进企征收为“一口”征收、多次征收为集中征收。进一步深化国有资本经营预算、探矿权、采矿权使用费和价款改革。
2001—2010年，累计完成非税收入203.03亿元。其中，专项收入42.44亿元，行政事业性收费98.43亿元，罚没收入27.19亿元，国有资本经营收益16.11亿元，国有资源（资产）有偿使用收入10.92亿元，其他收入7.95亿元；2001—2010年，分别为8.18亿元、10.44亿元、13.8亿元、14.56亿元、16.97亿元、20.48亿元、24.5亿元、26.4亿元、30.83亿元、36.85亿元；分别较上年增加30.52%、27.60%、32.18%、5.51%、16.54%、20.68%、19.61%、7.75%.16.77%、19.54%。由于征收管理模式不断完善，非税收入呈逐年上升态势。