济宁市认真贯彻执行国家和省各项企业优惠扶持政策，先后印发《关于进一步搞活大中型企业若干问题的规定》《关于贯彻〈全民所有制工业企业转换经营机制条例〉的实施意见》《关于深化工业企业改革，加快“转换机制”的意见》等一系列规范性文件，加快推动企业改制，激发企业发展活力和市场竞争力。围绕落实《全民所有制工业企业转换经营机制条例》赋予企业的14项经营自主权，市财政局结合自身职能调整，下放权力12项，推动企业产权制度改革。2003年，市政府出台《关于扩大开放加快发展的若干政策》，重点对社会贡献大、发展速度快，符合国家产业政策和环保政策的项目贷款，财政予以贴息，对扩大开放、加快企业发展、外贸出口、招商引资、民营企业发展及获得国家级、省级名牌产品和驰名商标、著名商标的企业进行考核奖励。“十五”时期安排资金7.75亿元，“十一五”时期安排资金11.4亿元，重点用于企业扩大开放、招商引资、挖潜改造等项目。2006年起，市财政每年安排2000万元外经贸发展专项资金，支持外经贸事业发展。出台《济宁地方工业企业技术开发基金管理暂行办法》，对承包企业按产品销售收入的1%提取技术开发费，在所有权不变的前提下，实行“企业提取、全额转存、统筹安排、有偿使用”的管理办法。“八五”期间，全市各级财政部门安排企业挖潜改造资金2.15亿元，科技资金5000万元，国营企业政策性亏损补贴1.4亿元。为促进民营经济为财政增收多做贡献，从2000年起，每年安排2000万元专项资金用于扶持民营企业发展。为提高企业管理水平，广泛开展“转机制、抓管理、练内功、增效益”活动，推行“成本控制”“价值工程”等科学管理办法。1996年，按照省委、省政府部署，坚持以成本管理为重点，以资金管理为中心，广泛开展“管理效益年”活动。为鼓励骨干企业、利税大户加快发展，2000年，市政府出台《关于对骨干企业实行晋档升级贡献奖励的办法》，考核奖励的范围是当年入库税金超过500万元且同比口径比上年增长6%以上的企业，在此基础上实行晋档升级，对符合奖励办法的企业法人代表进行奖励。2001—2007年，累计兑现奖励资金2093.14万元。其中，市级775.23万元，市级以下1129.26万元。
为解决小企业和农户贷款难问题，先后出台《济宁市小企业贷款风险补偿试行办法》《济宁市中小企业和农业信用担保机构风险补偿及扶持发展资金管理暂行办法》《济宁市农户贷款风险补偿办法》等，对银行给予小企业和农户贷款的增加额进行5‰的补偿，对信用担保机构对中小企业和农户贷款实施担保的，分档按比率给予风险补偿及一次性扶持发展资金补助。制定印发《济宁市市级银行支持地方发展业绩考核奖励办法》。2007—2010年，奖励资金由100万元增加到266万元，金融单位由11家增加到16家；财政投入累计达781万元，分别对52家金融单位实施奖励。发放小额担保贷款，支持下岗失业人员再就业。2010年，担保基金规模累计达到1988万元，发放贷款金额5468万元，扶持带动3338人下岗失业人员再就业，发放小额担保贷款财政补偿贴息资金89万元。2007—2010年，共获得省级小额贷款担保基金风险补偿资金68万元。2010年，根据《山东省巾帼创业行动专项资金管理办法》，印发《关于完善小额担保贷款财政贴息政策推动妇女创业就业的通知》，经审核确认，全市3家企业获得省财政厅巾帼创业行动专项资金11.5万元，推动全市妇女创业就业。