1994年10月，市政府印发《关于实行分税制财政体制的决定》，对各县（市、区）实行分税制财政管理体制。结合济宁实际，遵循“效率优先、兼顾公平”的原则，正确处理市与县（市、区）的财政分配关系，确保各级既得利益，调动各级增收节支的积极性。
市级财政收入
石油、石化、电力、有色金属等中央四大部门以外的驻县（市、区）市级以上企业交纳的增值税25%部分，营业税（不含银行营业税和中央四大部门所属企业营业税，含市级非银行金融企业营业税）、城市维护建设税（不含铁路、银行总行和保险公司等部门交纳的城建税）、个人所得税、固定资产投资方向调节税、城镇土地使用税、印花税（不含中央和省给企业交纳的部分，含市属驻县区企业交纳部分）、市属驻县（市、区）企业交纳的增值税5%部分和营业税20%部分，市属企业所得税、上缴利润及亏损补贴，其他原属市级的各项收入。
县级财政收入
中央四大部门及市属驻县（市、区）以外的企业交纳的增值税25%部分，营业税（不含银行、中央四大部门所属企业和市属驻县（市、区）企业营业税）、市属驻县（市、区）企业交纳的增值税20%部分和营业税80%部分，县（市、区）以下企业所得税、印花税、个人所得税、固定资产投资方向调节税、车船使用税、屠宰税、农牧业税、农业特产税、耕地占有税、契税、遗产税和赠予税、土地增值税，其他原属县（市、区）的各项收入。
共享收入
资源税、国有土地有偿出让收入为省、市、县三级共享收入。其中，资源税市与县（市、区）五五分享，同时取消兖州、邹城老体制中资源税上交任务，但对其资源税市级分成的50%低于老体制定额上交的部分，年终结算补齐。国有土地有偿出让收入省分享5%，市分享25%，县（市、区）分享70%。为保证税种划分的规范性，除资源税、国有土地有偿出让收入按分享比例，城镇土地使用税、印花税按预算级次平时个别入库外，市级分成的市属驻县（市、区）企业交纳的增值税5%部分和营业税20%部分，交入县（市、区）金库，年终由市财政对有关县（市、区）财政进行结算。
税收返还
1993年，中央净上划收入全部返还地方，并以此作为以后地方的税收返还的基数。1994年后，税收返还额在1993年基数上逐年递增，递增率按地方增值税和消费税的增长率的1∶0.3确定，即济宁市的增值税和消费税增长1%，省对市税收返还增长0.3%，如1994年后上划中央收入达不到1993年的基数，省财政将扣减税收返还基数。1993年，省确定济宁市税收返还基数为5.95亿元，1994年税收返还基数为6.35亿元，1995年为6.81亿元，1996年为7.29亿元。市对县（市、区）税收返还的确定办法执行全省统一规定。
新老体制过渡
按照中央关于新老体制渐进过渡的规定，1994年1月1日起，省对济宁市按新体制运行，但老体制规定的包干上交继续递增上交，包干上交递增比例由8%调减为7.5%。1995年后，包干上交递增比例由7.5%调减为5%，1994年上交5220万元，1995年5481万元，1996年5755万元。1994年1月1日起，市对县也按新体制运行，但老体制规定包干上交的兖州、邹城、曲阜市仍继续递增上交，包干上交递增比例由8%调减为7.5%，收入增长7.5%以上部分，市里不再参与分成。对市中区、任城、泗水、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山8个县（市、区）继续补贴，补贴额不予递减。对微山仍按原办法执行，实行自收自支。不论是上交额还是补贴额，均不减少或增加税收返还额。