1991年，济宁市财政局设办公室、预算科、综合与改革科、收费罚款科、文教行政科、农业科、农业税征收管理科、基本建设科、社会保障科、会计科、法规税政科、财政监督科、世界银行贷款科、资金科、人事教育科、税收财务物价大检查办公室16个科室，下设国有资产管理局、财政驻厂员管理处、国债服务部、会计培训中心、会计师事务所、财政学校6个事业单位。
1991年7月，济宁市利用世界银行贷款领导小组办公室成立，为副县级事业单位；11月30日，市财政局预算外资金管理科更名为综合计划科；12月31日，市财政局增设收费罚款管理科，与综合计划科合署办公。1992年4月14日，山东省财政厅驻济宁市财政局省直企业财政驻厂员科成立；7月5日，济宁市经济开发投资公司成立，设办公室、计财部、实业部、房地产部。同时撤销济宁市财政信用投资公司；9月5日，市财政局增设农业税征收管理科；12月30日，市财政驻厂员管理处对外经济贸易财务科成立、撤销济宁市住房资金管理中心（济宁市住房资金管理处）。1993年4月10日，济宁市财政局开发区分局成立。1994年9月30日，市财政局增设财政信用资金管理科。1995年2月23日，市财政局增设基本建设财务科、税政科。1996年5月，撤销济宁市利用世界银行贷款领导小组办公室。
1997年4月，济宁市政府机构改革，市财政局设办公室、预算科、综合与改革科、文教行政科、农业科、农业税征收管理科、基本建设科、社会保障科、会计科、法规税政科、财政监督科、世界银行贷款科、资金科、人事教育科、财政监督检查办公室15个科室；5月16日，市国有资产管理局改为副县级行政单位。1998年5月，市国有资产管理委员会与市国资局合署办公；7月6日，济宁市预算外资金管理局成立，为副县级事业单位。济宁市产权交易中心成立，为副县级事业单位，隶属市国资局。1999年9月30日，济宁会计师事务所与市财政局脱钩。2000年1月，济宁市政府采购中心成立，为正科级事业单位。
2001年12月，济宁市政府机构改革，市财政局设办公室、综合科、税政科、预算科、国库科、行政政法科、教科文科、经济建设科、农业科、社会保障科、债务金融科、农业税收管理科、会计科、监督检查办公室、人事教育科15个职能科室。2002年6月，济宁市财政局机关后勤服务中心成立，为正科级自收自支事业单位。8月，市财政局财政信息中心成立，市财政局办公室加挂财政信息中心牌子；济宁市财政局集中支付中心成立，为正科级全额事业单位；济宁市农业税收管理局成立，为副县级全额事业单位，同时撤销济宁市财政局农业税收管理科。2003年4月，济宁市住房公积金管理中心成立，市财政局住房公积金管理职能划归济宁市住房公积金管理中心；7月，济宁市预算外资金管理局票据科和稽查科分设；10月，市财政局设立曲阜新区分局，为副县级全额事业单位。2004年3月，济宁市政府采购中心升格为副县级全额事业单位，由市财政局管理改为市政府办公室管理，同时在市财政局国库科加挂济宁市政府采购监督管理科牌子；财政信息中心与办公室分设，为正科级全额事业单位；济宁市财政驻厂员管理处更名为济宁市企业财务管理处，原机构规格、单位性质、隶属关系均不变。2004年11月，济宁市国有资产管理委员会办公室（济宁市国有资产管理局）与济宁市财政局脱钩，为市政府直属特设机构。2005年8月，济宁市财政局财政投资评审中心成立，为副县级全额事业单位；12月，市财政局增设行政事业资产管理科。2006年7月，济宁市财政局财政集中支付核算中心成立，为正县级全额事业单位，隶属市财政局领导。撤销济宁市财政局集中支付中心，原有职能和人员划入新设立的济宁市财政集中支付核算中心；6月，济宁市政府投融资管理中心成立，为市政府直属县级差额事业单位，由市财政局协助市政府负责监督管理。2008年4月，济宁市财政局北湖省级旅游度假区分局成立，为正科级单位，隶属济宁市财政局和济宁北湖省级旅游度假区管理委员会双重领导。
2010年4月，济宁市农业局所属济宁市农业综合开发办公室，调整由济宁市财政局管理；12月6日，济宁市预算外资金管理局更名为济宁市非税收入管理局；12月9日，济宁市财政局增设市农村综合改革办公室。2010年底，济宁市财政局设办公室、人事科（挂离退休人员服务科牌子）、综合科（挂市农村综合改革办公室牌子）、法规税政科（挂行政许可科牌子）、预算科、国库科、行政政法科、教科文科、经济建设科（挂企业科牌子）、农业科（挂基层行政管理科牌子）、社会保障科、金融与国际合作科、会计科、行政事业资产科（挂市清产核资办公室牌子）、政府采购监督管理科、监督检查办公室16个科室，另设机关党委，机关编制总额51人。所属财政集中支付核算中心、经济开发投资公司、政府投融资管理中心、企业财务管理处、财政局开发区分局、非税收入管理局、农业税收管理局、财政投资评审中心、财政信息中心、会计培训中心、国债服务部、机关后勤服务中心12个事业单位。