1991年，市丝绸公司设办公室、政工科、计财科、蚕茧科、工业科、老干部科、工会、审计科、供销经理部等9个科室部。1998年2月，公司机关改革，保留办公室、蚕茧科、工业科、政工科等4个科室和汶上分公司、仓储物资公司两个直属经营公司。市公司下属兖州、曲阜、金乡、鱼台、梁山等5个县市公司，兖州华宇丝绸有限公司、兖州宾阳制丝厂二处制丝企业，邹城桑蚕育种场和济宁丝绸批发站各1处，2001年3月，嘉祥成立丝绸公司。2004年1月，市丝绸公司仅保留综合部和财务部。2005年，市公司及下属企业进行改制，先后组建济宁市圣源丝绸有限公司及兖州市、曲阜市、嘉祥县、梁山县、汶上县等5家圣源丝绸有限公司。2010年，济宁市圣源丝绸有限公司设综合部和财务部。下属5家县（市）圣源丝绸有限公司（兖州市、曲阜市、嘉祥县、梁山县、汶上县）、三处制丝企业（兖州华宇丝绸有限责任公司、兖州滨阳制丝厂、曲阜时庄制丝厂）、邹城桑蚕育种场和济宁丝绸批发站等9个企业。
蚕茧生产
济宁市桑蚕茧产区主要分布在兖州、曲阜、嘉祥、梁山、汶上、泗水、邹城、金乡、任城等9个县（市、区）的52个乡镇，其中兖州、曲阜两市为重点产区。
1991年后，桑蚕生产出现两次发展高潮。第一次是1991—1995年，桑园面积和产茧量分别为：1991年3.19万亩、122.2万公斤，1992年4.06万亩、191.9万公斤，1993年6.27万亩、230万公斤，1994年6.67万亩、298.8万公斤，1995年5.25万亩、306.6万公斤。主要分布在兖州、曲阜、梁山、嘉祥、汶上、金乡、任城、泗水等8个县（市、区）的48个乡镇。这次高潮的形成，是在国内外丝绸市场行情全面看好，茧丝价格普遍上涨的情况下，靠行政推动发展起来的。第二次是2001—2002年，桑园面积和产量分别为2001年4.73万亩、210万公斤，2002年4.02万亩、222.9万公斤。主要集中在兖州、嘉祥、曲阜、梁山、汶上、邹城、任城等7个县（市、区）的42个乡镇。这次高潮是在中国加入世贸组织后，外贸环境得到改善，市场形势普遍好转，各地都在进行种植业结构调整，大力发展经济作物的情况下发展起来的。
两次高潮后，相继出现两次滑坡。第一次滑坡是1996—2000年。由于国际丝绸市场持续疲软，各种历史积累性矛盾、结构性矛盾大爆发，茧丝绸生产、经营、出口管理出现严重混乱；蚕茧价格大幅下滑，蚕农植桑养蚕的积极性下降。尤其是新栽的桑园，经不起风波而刨掉。济宁市蚕桑生产在经营中徘徊长达5年。桑园面积和蚕茧量由1995年的5.25万亩、306.6万公斤下降到1996年的2.59万亩、155.9万公斤，1997年最低，为1.8万亩、106.2万公斤。1998年开始好转，桑园面积和蚕茧量为2.87万亩、93.4万公斤，1999年为2.26万亩、130.2万公斤，2000年为2.94万亩、166.9万公斤。第二次滑坡是2003—2010年，由于蚕茧市场波动，茧价下降，加上严重的旱灾影响了新植桑园的成活率。其中，2002年济宁发生严重干旱，桑园缺苗断垄，有的地方桑园成活率不到50%，致使很多桑园被毁。另外，为防治美国白蛾，采用飞机洒药，造成养蚕大面积中毒，再加上丝绸系统改制配套措施没跟上，导致桑园面积和产茧量连年下降。桑园面积和蚕茧量，2003年为3.23万亩、234.3万公斤，2004年为2.06万亩、187.2万公斤，2005年为1.75万亩、160.1万公斤，2006年为1.69万亩、156.7万公斤，2007年为1.54万亩、144.8万公斤，2008年为1.31万亩、123.9万公斤，2009年为1.12万亩、109.2万公斤，2010年为8089亩、91.3万公斤。
蚕桑生产虽有波折，但生产的科技含量越来越高，1994年，桑园全部推行测土配方施肥，1996年，在全省较早普及使用方格簇。桑园产出率越来越高，桑园亩产茧成龄桑由1991年的83公斤提高到2010年的112.9公斤，生产上茧率由1991年的72%上升到2010年的92%。在收烘中，为稳定蚕茧市场收购秩序，采取“五位一体”（即县、乡、村、公司、茧站一起管理市场）的收茧办法，全市34处茧站，25乘73—1风扇车子灶和4乘热风烘茧灶，及时加工鲜茧，有效地保护了蚕茧品质。1991—2010年，济宁蚕茧质量一直居全省前列，在1993年全省蚕茧生产综合效益排头兵比赛中，兖州市丝绸公司名列第一；在1999年全省以比蚕茧质量为主要内容的劳动竞赛中，兖州市丝绸公司获得B组第一名，曲阜市丝绸公司获得C组第一名。
蚕种生产
邹城市桑蚕育种场1956年建场，是鲁西南最大的蚕种生产基地，拥有现代化的蚕室3000平方米，专用桑园50公顷，具有国内领先水平的CJ-94蚕种浸酸全自动生产线和容纳50万张蚕种的冷库，年蚕种生产能力35.6万张。1991年，生产蚕种14.8万张，1995年17.4万张，2001年19.3万张，2003年22.8万张，2005年15.3万张，2010年9.8万张。
蚕丝生产
济宁市有兖州华宇丝绸有限责任公司、兖州滨阳制丝厂和曲阜时庄制丝厂三家缫丝企业，年生产能力370吨白厂丝。2000年前均使用D201型立缫机，2000年，兖州缫丝厂进行技术改造，率先使用先进的D301B自动缫丝机。2002年，曲阜缫丝厂开始使用全自动缫丝机。1991年，全市生产20/22白厂丝131.8吨，1995年184.2吨，2000年243吨，2003年270吨，2004年267吨，2005年238吨，2010年229吨。