洪涝灾害发生11次，分别发生于1998年、1999年、2001年、2003年、2004年、2005年和2006年。
1998年8月3—4日，济宁市中区和泗水县发生暴雨洪涝灾害，受灾人口23.8万人，死亡4人，失踪1人，农作物受灾面积1.57万公顷、成灾面积1.49万公顷、绝收面积1670公顷，倒折高低压电线杆30根，直接经济损失9000万元。8月7日，梁山县遭受大暴雨袭击，全县平均降雨量176.5毫米，最大点雨量256毫米。24个乡镇受灾，其中10个乡镇受灾严重。受灾人口22万人，农作物受灾面积2万公顷，农作物成灾面积6700公顷，直接经济损失2600万元。
1999年9月9日上午9时前后，泗水县遭暴雨袭击，平均降雨量110毫米。星村等10多个乡镇、200余村受灾，山洪冲走1名9岁儿童，全县受灾人口8万人、成灾人口3万人；农作物受灾面积6666公顷、成灾面积2666公顷；冲毁公路30公里、桥涵10座，直接经济损失1000多万元。
2001年7月23—30日，微山县受切变线影响，连续降水8天，形成局部涝灾。农作物受灾面积3.54万公顷、成灾面积2.63万公顷、绝收面积1420公顷。
2003年8月23日至9月4日，全市累计降雨量1153毫米，为中华人民共和国成立后第二个强降雨年，全市普遍遭受洪涝灾害。其中，8月20日至9月4日，全市普降大到暴雨，农作物普遍受灾，部分民房倒塌、损坏，微山、嘉祥、金乡、鱼台、梁山、汶上6县受灾严重。南四湖各入湖河道出现洪峰，湖水水位猛涨。8月30日韩庄闸开闸泄洪，上下级湖分别超过兴利水位1.08米和0.73米。受灾人口301.91万人，农作物受灾面积25.59万公顷、成灾面积20.9万公顷、绝收面积5.11万公顷，直接经济损失19.82亿元，其中农业经济损失14.07亿元。
2004年8月26—27日，金乡县受台风倒槽影响，出现强降水天气过程，测站降水量达215.4毫米，造成大面积内涝。农作物受灾面积64.2万亩、绝收面积19.6万亩，直接经济损失4.9亿元。
2005年9月2日，受局地强对流天气影响，汶上县郭楼镇突降特大暴雨，10余个小时累计测站降水量达510毫米，周围乡镇降水则不足10毫米。受灾农田和房屋浸泡在水中，最深处达1.7米，有4个乡镇的59个村庄进水。受灾人口9.73万人，农作物受灾面积7500公顷、绝收面积800公顷，直接经济损失2860万元，其中农业经济损失2220万元。9月20—21日，全市出现强降水天气过程，全市平均降水量达163毫米。9月25日至10月3日，全市又出现连阴雨天气，持续降水使全市出现大范围洪涝。受灾人口123.02万人，农作物受灾面积11.7万公顷、绝收面积1.45万公顷，直接经济损失7.71亿元，其中农业经济损失5.86亿元。
2006年7月2—3日，微山县普降大到暴雨，全县平均降雨量177毫米，高楼乡降雨量达200毫米，高楼、夏镇、昭阳、韩庄、赵庙、微山岛6个乡镇发生水灾。农作物受灾面积4350公顷、绝收面积2110公顷。8月3—4日，曲阜市时庄、姚村、南辛部分乡村受到暴雨、冰雹袭击，冰雹最大直径约30毫米，瞬时风速7～8级，降水量达102.2毫米，受灾减产、绝产的农作物主要有玉米、棉花、葡萄等。受灾人口3700人，农作物受灾面积82公顷、绝收面积4公顷，直接经济损失100万元。8月28—29日，全市出现强降水过程，平均降水量达74.7毫米，全市大部分县（市、区）出现洪涝。受灾人口37.85万人，转移安置30人。农作物受灾面积4.35万公顷、绝收面积1.02万公顷，损坏房屋913间，倒塌房屋149间，直接经济损失7806万元，其中农作物直接经济损失5665.3万元。
第二节 洪涝
洪涝灾害发生11次，分别发生于1998年、1999年、2001年、2003年、2004年、2005年和2006年。
1998年8月3—4日，济宁市中区和泗水县发生暴雨洪涝灾害，受灾人口23.8万人，死亡4人，失踪1人，农作物受灾面积1.57万公顷、成灾面积1.49万公顷、绝收面积1670公顷，倒折高低压电线杆30根，直接经济损失9000万元。8月7日，梁山县遭受大暴雨袭击，全县平均降雨量176.5毫米，最大点雨量256毫米。24个乡镇受灾，其中10个乡镇受灾严重。受灾人口22万人，农作物受灾面积2万公顷，农作物成灾面积6700公顷，直接经济损失2600万元。
1999年9月9日上午9时前后，泗水县遭暴雨袭击，平均降雨量110毫米。星村等10多个乡镇、200余村受灾，山洪冲走1名9岁儿童，全县受灾人口8万人、成灾人口3万人；农作物受灾面积6666公顷、成灾面积2666公顷；冲毁公路30公里、桥涵10座，直接经济损失1000多万元。
2001年7月23—30日，微山县受切变线影响，连续降水8天，形成局部涝灾。农作物受灾面积3.54万公顷、成灾面积2.63万公顷、绝收面积1420公顷。
2003年8月23日至9月4日，全市累计降雨量1153毫米，为中华人民共和国成立后第二个强降雨年，全市普遍遭受洪涝灾害。其中，8月20日至9月4日，全市普降大到暴雨，农作物普遍受灾，部分民房倒塌、损坏，微山、嘉祥、金乡、鱼台、梁山、汶上6县受灾严重。南四湖各入湖河道出现洪峰，湖水水位猛涨。8月30日韩庄闸开闸泄洪，上下级湖分别超过兴利水位1.08米和0.73米。受灾人口301.91万人，农作物受灾面积25.59万公顷、成灾面积20.9万公顷、绝收面积5.11万公顷，直接经济损失19.82亿元，其中农业经济损失14.07亿元。
2004年8月26—27日，金乡县受台风倒槽影响，出现强降水天气过程，测站降水量达215.4毫米，造成大面积内涝。农作物受灾面积64.2万亩、绝收面积19.6万亩，直接经济损失4.9亿元。
2005年9月2日，受局地强对流天气影响，汶上县郭楼镇突降特大暴雨，10余个小时累计测站降水量达510毫米，周围乡镇降水则不足10毫米。受灾农田和房屋浸泡在水中，最深处达1.7米，有4个乡镇的59个村庄进水。受灾人口9.73万人，农作物受灾面积7500公顷、绝收面积800公顷，直接经济损失2860万元，其中农业经济损失2220万元。9月20—21日，全市出现强降水天气过程，全市平均降水量达163毫米。9月25日至10月3日，全市又出现连阴雨天气，持续降水使全市出现大范围洪涝。受灾人口123.02万人，农作物受灾面积11.7万公顷、绝收面积1.45万公顷，直接经济损失7.71亿元，其中农业经济损失5.86亿元。
2006年7月2—3日，微山县普降大到暴雨，全县平均降雨量177毫米，高楼乡降雨量达200毫米，高楼、夏镇、昭阳、韩庄、赵庙、微山岛6个乡镇发生水灾。农作物受灾面积4350公顷、绝收面积2110公顷。8月3—4日，曲阜市时庄、姚村、南辛部分乡村受到暴雨、冰雹袭击，冰雹最大直径约30毫米，瞬时风速7～8级，降水量达102.2毫米，受灾减产、绝产的农作物主要有玉米、棉花、葡萄等。受灾人口3700人，农作物受灾面积82公顷、绝收面积4公顷，直接经济损失100万元。8月28—29日，全市出现强降水过程，平均降水量达74.7毫米，全市大部分县（市、区）出现洪涝。受灾人口37.85万人，转移安置30人。农作物受灾面积4.35万公顷、绝收面积1.02万公顷，损坏房屋913间，倒塌房屋149间，直接经济损失7806万元，其中农作物直接经济损失5665.3万元。