1991—1993年，市物资局企业实行第二期承包经营责任制。承包形式为：上缴利润，递增包干，超收还贷，欠收自补；承包指标为：三年累计物资销售额完成20.7亿元，实现利润2700万元，上缴利润980万元，在完成上缴利润的前提下，税前还贷700万元。1992年3月，市物资局拟定《关于在全市物资企业推行“四放开”改革方案》，4月13日，济宁市商业企业“四放开”领导小组办公室批复同意，在全市物资企业组织实施。经营放开，物资企业按市场需要和市场导向调整经营结构、经营方式，在物资系统内部打破专业经营界限，实行一业为主，综合经营。价格放开，除国家计划内商品和计划外有最高限价的商品按规定执行外，其余商品定价权全部放给企业，由企业根据市场变化按价值规律自行定价，实行随行就市。分配放开，在保证完成承包合同的前提下，在国家核定的工资总额范围内，企业有权自主决定内部分配形式，体现按劳分配的原则。用工放开，改革企业现行人事制度和劳动制度，实行全员劳动合同制管理，优化劳动组合，根据国家计划指导，企业自主用工，打破干部、工人身份界线，选贤任能，量才使用。实行干部聘任制，市直企业之间，干部工人可实行双向选择。企业有权根据需要设置机构、招收人员。1993年1月9日，经济宁市政府批准，市物资局组建济宁物资集团总公司，由政府行政管理机构转变为经济实体。
济宁物资集团成立后，物资企业从自身发展的需要，不断加强企业管理。根据企业情况的变化作出《关于加强企业财务管理的规定》，对企业的内部控制、固定资产投资、流动资金的管理、费用支出管理、商品销售管理、债权债务管理等做出明确规定。同时加强企业内部审计和企业负责人离任审计，加强企业经营管理。2004年9月，集团总公司从建章立制、夯实基础入手，制定《管理制度》，2005年、2009年两次对《管理制度》进行修订，基本实现企业管理制度的系统化、规范化。