为加快供销社系统改革步伐，加强对企业改革改制工作的领导，督促帮助企业尽快建立起适应市场经济的新机制，1997年7月，市供销社成立清产核资领导小组，设立市供销社清产核资办公室，8月，成立社属企业改革改制领导小组。2003年，市供销社成立市直企业改革领导小组，指导企业搞好改革方案制定和实施。
市直供销企业改革
2003年5月，原山东省棉麻公司济宁采购供应站改制为济宁开元棉业有限公司。8月，山东省棉麻公司兖州采购供应站实施改制，9月，市再生资源总公司、果品贸易公司、济宁土产物资总公司申报实施整体改制。2004年2月，鉴于兖州棉麻站受历史债务影响，按照盘活资产、搞活经营、确保稳定、促进发展的原则，发挥兖州棉麻站资产、仓储、铁路线和开元棉业公司人才、管理、业务优势，在原有固定资产不变、债权债务不变、职工身份不变的前提下，济宁开元棉业有限责任公司与兖州棉麻站合作经营。4月，济宁市农业生产资料总公司由于长期资不抵债，由职工筹资120万元，以现金买断市农资公司房产和土地，偿还银行债务，赎回房产和土地，并采用由内部职工入股，用现金买断老企业部分有效资产，分别承担职工安置方式进行改制，组建成立济宁市东升贸易有限公司。2005年6月，日用杂品集团总公司申请破产。2007年6月，绿野贸易有限责任公司由于经营不善，难以维持，与农业生产资料总公司合并，公司经营资格、资产负债、人员，全部并入农业生产资料总公司。
金乡县霄云镇“供销超市” （2008年10月 张玉国摄）
县（市、区）社属企业改革
1996—2006年，各县（市、区）供销社企业先后进行改革改制。至2006年8月，各县（市、区）供销社共有社属企业122个，比1995年减少31个。整体改制企业136个、部分改制企业3个，未改制企业81个。改制为有限责任公司28个、股份合作制企业10个、独资企业1个、破产72个、转让16个、被其他企业兼并5个、转租6个、分离2个。供销社代管企业30个。其中，市中区供销社3个、曲阜市供销社7个、邹城市供销社13个、鱼台县供销社1个、嘉祥县供销社6个。另有挂靠企业1个，为“金乡县宏昌果菜有限责任公司”。
社属企业通过改革改制，减轻了债务，化解了部分经济包袱和人员包袱，盘活了资产，搞活了机制，实现了社属企业产权多样化；淘汰了一批长期亏损、扭亏无望的企业，出现了一批产权明晰、权责明确、社企分开、管理科学、法人治理结构较完善、实行现代企业制度的企业群体，对有效保证社有资产保值增值发挥了重要作用。全系统减少债务6.92亿元、减少在岗人员17228人、减少经济包袱4.66亿元，不少企业实现了“净资产、零负债”。
基层社改造
基层社改造是全国供销合作总社提出的“四项改造”的首要任务。2001年8月8日，全国基层社改革与发展现场会召开之后，全市开始基层社改造工作，主要采取了破产、网点改造、社企分离等形式。2001年，曲阜、邹城、梁山等县市对大批基层社破产重组，2002年，任城、金乡等县（市、区）对22处基层社申请依法破产。两年中，全市共有53处基层社进入破产程序，全部破产终结后，甩掉经济包袱约5亿元。在破产、改制基础上，全市供销合作社大力发展合作经济组织，引进新型经营业态，同时积极进行资产盘活开发。2001—2002年，先后有兖州、任城、嘉祥、梁山、鱼台、微山等县（市、区）供销社商场加盟上海联华超市或江苏苏果集团，为供销社注入新的生机和活力。2004年，定为“基层社改造年”，在全市推广梁山、金乡、曲阜基层社改造的经验和做法，提出全市基层社改造的目标任务。对基层社改造的基本要求是：以《社章》为基本操作规范程序，明确产权的归属，投资主体彻底开放，充分体现联合自愿、互惠互利、民主管理、民主监督的合作社性质；以服务“三农”为宗旨，在巩固传统业务的基础上广泛拓展经营领域、合作项目、服务功能。通过破产重组、改革、改造等途径，达到化解历史经济包袱，明晰产权，增强经济实力；以股份合作制为主要改革形式，实现职工持股、多元参股妥善安置好职工；以土地、房产为原始资本，使大部分经营网点设施得到改造。