农资经营
1991年，全市供销社系统农资企业经过产品结构调整、企业技术改造和农资系列化服务，基本形成上下贯通的服务网络。全市11个县（市、区）成立农资系列化服务中心，70%以上的基层供销社成立农村综合服务部，三分之一的行政村建立村级综合服务站，到村到户的农资商品供应量达到供应总量的40%以上，其中化肥近40万吨，农药1200吨。各类专业技术服务组织得到较快发展，全市供销系统建立庄稼医院190处，咨询服务部179处，机防队110个，配肥、配药站152处，气象、虫情监测站近60个，农机具租赁维修部85个。无偿为农民发放农技资料16万余份，明白纸38万份，接待农民咨询71万人次，指导农民测土配方施肥300万亩，供应混配农药10万余公斤。在此基础上，全市各级供销社要求农资企业增强企业改革竞争意识，为农资市场由“专营”走向放开作准备。积极稳妥的推行企业“四放开”，建立企业内部约束机制、竞争机制和激励机制。
1998年，国务院印发《关于深化化肥流通体制改革的通知》；1999年，济宁市政府印发《关于贯彻鲁政发〔1999〕25号文件进一步深化化肥流通体制改革的通知》，对化肥流通的管理由直接计划管理为主改为间接管理为主，发挥市场配置化肥资源的基础性作用，取消化肥指令性计划和统配收购计划，由化肥生产和经营企业自主进行购销活动。扩大企业经营自主权，化肥生产企业可以将自产化肥销售给各级农资公司和农机推广站、土肥站、植保站及以化肥为原料的企业，也可以设点直销给农民。改进化肥价格管理方式，完善储备制度。化肥出厂价格由政府定价改为政府指导价，放开化肥零售价格。市里每年安排一定数量的优质化肥作为市级救灾储备。市农业生产资料公司负责收储经营。
2010年，汶上县供销社为托管土地提供农机服务。
棉花经营 1990年，全市供销社系统有棉花收购试轧车313台、电测器302台、原棉杂质分析机54台、探湿器168个，具有初、中级职称检验技术人员233人，棉花收购站（点）198个。当年收购棉花7367.2万公斤。1996年，全市共有棉花加工企业33处，年加工能力250万担以上。棉麻企业不断深化改革，转换机制，共开展经营项目109个，总投资1.9亿元，年创利税1500万元，分流人员3257人，基本形成一业为主、多业并举的新格局。 1998年，国务院作出《关于深化棉花流通体制改革的决定》，自1999年9月1日起，棉花收购价格、销售价格主要由市场形成，国家不再作统一规定。国家主要通过储备调节和进出口调节等经济手段调控棉花市场，防止棉花价格大起大落。实行储备与经营分开制度。当年，全市供销社系统收购新棉50万担，农发行提供资金2.1亿元，市供销社联合市计委等部门下发《关于切实做好2000年度棉花收购工作的通知》，对棉花收购和市场管理提出具体要求。 2001年，济宁市供销社贯彻全国棉花工作会议关于全国棉花流通体制改革的部署要求，放开棉花收购，打破垄断经营；社企分开，储备和经营分开；加强宏观调控，加强棉花市场管理和棉花质量监督；大力推进棉花产业化经营，鼓励棉纺企业到棉区建立原料生产基地，通过多种形式与棉农建立利益共同体。同年，济宁棉麻站改制。对净资产全部出售，出售收入一次性上缴省社50%，剩余50%留在改制企业用于离退休职工医疗保险支出，省社不再参股。2002年，全系统累计收购新棉33万担，比上年略有增长。组织有关县（市、区）供销社到湖北、安徽、临沂、滨州等地考察棉花企业改制经验。棉花被作为全市重点规划的12大产业之一，并以金乡、嘉祥、汶上、梁山5县为重点棉花生产基地。2003年8月，山东省棉麻公司兖州采购供应站实施改制，建立现代企业制度。全市种植新棉145万亩，因雨水较大，100万亩受灾。供销社收购约30万担，占社会收购量的30%。2005年，贯彻落实国家发改委等五部门下发的《关于加强棉花市场和质量管理的通知》，积极维护棉花生产经营秩序，较好地保护了棉花资源。全系统完成棉花收购2万余吨，比上年增长39.74%。争取棉花进口配额1000多吨，为企业节约资金40多万元，协调落实棉花企业生产设备贴息改造资金300多万元。 2006年后，全市农作物种植结构调整，除金乡、鱼台、梁山等地棉花种植面积较大外，总面积逐年减少。供销社工作重点开始转移，棉花经营和收购逐步淡出主营业务，大部分棉花企业破产。
棉花经营 1990年，全市供销社系统有棉花收购试轧车313台、电测器302台、原棉杂质分析机54台、探湿器168个，具有初、中级职称检验技术人员233人，棉花收购站（点）198个。当年收购棉花7367.2万公斤。1996年，全市共有棉花加工企业33处，年加工能力250万担以上。棉麻企业不断深化改革，转换机制，共开展经营项目109个，总投资1.9亿元，年创利税1500万元，分流人员3257人，基本形成一业为主、多业并举的新格局。 1998年，国务院作出《关于深化棉花流通体制改革的决定》，自1999年9月1日起，棉花收购价格、销售价格主要由市场形成，国家不再作统一规定。国家主要通过储备调节和进出口调节等经济手段调控棉花市场，防止棉花价格大起大落。实行储备与经营分开制度。当年，全市供销社系统收购新棉50万担，农发行提供资金2.1亿元，市供销社联合市计委等部门下发《关于切实做好2000年度棉花收购工作的通知》，对棉花收购和市场管理提出具体要求。 2001年，济宁市供销社贯彻全国棉花工作会议关于全国棉花流通体制改革的部署要求，放开棉花收购，打破垄断经营；社企分开，储备和经营分开；加强宏观调控，加强棉花市场管理和棉花质量监督；大力推进棉花产业化经营，鼓励棉纺企业到棉区建立原料生产基地，通过多种形式与棉农建立利益共同体。同年，济宁棉麻站改制。对净资产全部出售，出售收入一次性上缴省社50%，剩余50%留在改制企业用于离退休职工医疗保险支出，省社不再参股。2002年，全系统累计收购新棉33万担，比上年略有增长。组织有关县（市、区）供销社到湖北、安徽、临沂、滨州等地考察棉花企业改制经验。棉花被作为全市重点规划的12大产业之一，并以金乡、嘉祥、汶上、梁山5县为重点棉花生产基地。2003年8月，山东省棉麻公司兖州采购供应站实施改制，建立现代企业制度。全市种植新棉145万亩，因雨水较大，100万亩受灾。供销社收购约30万担，占社会收购量的30%。2005年，贯彻落实国家发改委等五部门下发的《关于加强棉花市场和质量管理的通知》，积极维护棉花生产经营秩序，较好地保护了棉花资源。全系统完成棉花收购2万余吨，比上年增长39.74%。争取棉花进口配额1000多吨，为企业节约资金40多万元，协调落实棉花企业生产设备贴息改造资金300多万元。 2006年后，全市农作物种植结构调整，除金乡、鱼台、梁山等地棉花种植面积较大外，总面积逐年减少。供销社工作重点开始转移，棉花经营和收购逐步淡出主营业务，大部分棉花企业破产。