1991年后，供销社经营体制比较复杂，没有统一的经营模式。直属单位和代管单位并存，有的破产重组为股份制企业，有的对外租赁经营，有的破产人员分流。
直属单位
济宁土产站 是1953年2月成立的供销社批发企业，原为省属二级站，历史上曾为扶持当地农业生产、植桑养蚕和支援防汛抗震救灾做出过较大贡献。1984年，下放到济宁市，改为济宁土产公司隶属市供销社。主要经营土产品、日用杂品、畜产品、建筑材料、农用机械及零部件、化肥、农膜、饲料等。1992年，经济宁市政府批准，建设济宁市农用物资批发市场，主要经营各种农用汽车、农机及配件、化肥、废旧金属，年经营额2亿多元，方便了城乡购买，支持了工农业生产，也提高了企业效益。90年代中期开始，由于市场经济竞争性增强，企业历史包袱沉重，经济效益逐年下滑，职工出现大量下岗，企业面临困难重重。2000年始，公司调整经营思路，制定“增收节支、安全管理、稳定发展”的基本思路，利用农用物资市场开展租赁经营，企业效益开始略有好转，公司租赁收入优先缴纳职工的养老、医疗保险金，保障了职工的基本利益。2000年后，企业以租赁经营为主。
济宁杂品站公司 1992年，以原市杂品公司作为核心，各县（市、区）杂品公司为成员，组建日用杂品供应集团。1993年4月，组建济宁市日用品综合批发市场，市场实行批零兼营方式，以经营日用杂品为主，兼营国家政策允许的其他商品。2000—2003年，公司建设仓库、学生公寓，对外开展租赁，实现创收。因经营不善，2005年企业宣告破产。
济宁储运站 1993年前，是鲁西南最大的物资储存、中转、集散中心，设仓储公司、铁路运输服务公司、生产资料交易市场、济宁三和复混肥厂、即发物资经营公司5个经营单位。2000年，站内设有仓库3.3万平方米，露天货位10万余平方米；铁路专用线1000米，两股道可容纳40节车皮同时作业；备有新型电子磅、龙门吊、汽吊、叉车、汽车队等装卸运输机械。年办理货物储存、中转、运输量可达近百万吨。2006年，被山东塑料集团有限公司兼并重组。
济宁市果品贸易公司 从事干鲜果品、蔬菜、家电、建材等经营。下设建材科、工业品科、果品冷库和一天门等门市部，替市供销社代管综合公司。1991年综合公司由市供销社收回管理。1992年，以工业品科和一天门门市部为基础成立工业品公司，由市供销社管理。2007年，果品贸易公司改制，更名为济宁市盈丰果品有限公司，经营干鲜果品及蔬菜。
济宁市棉麻公司 1993年，更名为济宁市棉麻企业集团总公司，成立棉花经营公司、棉短绒经营公司、棉副产品开发公司、棉机物资公司等4个分公司和1个棉麻公司招待所。集团总公司实行股份合作制，为大型（二）类型企业，实行董事会领导下的总经理负责制，隶属于市供销社领导。棉花批发交易市场由市供销社主办，实行会员制。
济宁市生资农机公司 承担化肥、农药、农机等主要农业生产资料的采购、储备、供应任务。经营坚持“以农为本、富民兴企”的宗旨，通过与一些有实力、讲信誉的单位或个人合作，在远离市郊的农村设立销售网点，推进市、县、乡三级联营，充分发挥县公司、基层社经营面宽的优势占领市场，取得良好经济效益。针对农村市场需求和农村科技化水平的提高，公司开发农用汽车销售业务，成立农用汽车销售公司，建立售前、售中、售后一条龙服务体系，1994年销售额突破4000万元，被市政府纳入“全市28家重点企业”。2000年，年吞吐货物20余万吨，实现销售额近2亿元。
济宁市再生资源公司 1993年，更名为再生资源总公司，成立金属材料经营、石油煤炭经营、再生资源利用3个分公司。2000年10月，市供销社批准市再生资源总公司组建济宁市旧货市场。至2000年底，下属9个分公司、13个收购门市部和一个在建旧货交易市场，总资产2000多万元。主要从事废旧物资的收购、加工和销售工作，被国家特大型企业莱芜钢铁集团定为十大废钢原料基地之一，年供应废钢铁3万余吨。2001—2010年，公司经营活动逐渐停止。
市供销社招待所 位于太白楼中路79号。1983年7月，在济宁土产站招待所基础上组建而成，占地面积4650平方米，营业面积2900平方米。2007年，因经营不善，人员分流，市供销社招待所退出市场。
代管单位
山东省棉麻公司济宁采购供应站（简称济宁棉麻站） 1991年，是全省13个棉麻二级站之一，主要从事棉花储备、调拨业务，担负全市西南部和聊城地区的莘县、冠县等重要产棉区的棉花调拨任务，是全省50个重点商业批发企业之一。购销旺季运棉车辆东起洸府河、西至天马商场，占地100多亩的仓库内棉垛林立，被誉为“金山银山接蓝天”。市供销社代管人事、党务等工作。2000年，拥有仓库面积5.7万平方米。其中，储备库5幢，面积5000平方米；商品库20幢，面积5400平方米，商品储存能力4万余吨。自有铁路专用线1条，有效长度396米，一次作业量达22节车厢，东西两站台面积5900平方米，可组织专列发运和50吨复磅业务。年经营棉花6万余吨。2003年5月，改制为济宁开元棉业有限公司。
济宁盐业站 1993年，济宁市成立盐业行政管理处（正县级单位）和盐政稽查大队（副县级），由市供销社代管，负责全市盐政管理工作。1994年4月，山东省济宁盐业采购供应站更名为山东省济宁盐业总公司。1996年4月1日起，为全市唯一一家碘盐分装企业，全市食用盐全部改为小包装精细碘盐。市盐业总公司（含兖州分公司）、曲阜市盐业公司、邹城市盐业公司为盐业批发业务企业。1999年，根据省政府部署，理顺盐业体制，组建济宁盐务局，盐政管理处及稽查大队整体划转至济宁市盐务局。
济宁供销学校 前身是1951年创办的滕县专区供销合作干部培训班，1954年建成济宁专区合作干部学校，1964年改建为山东省济宁供销学校，1981年经山东省教育厅批准并报教育部备案依托中专成立山东省供销职工大学。1994年8月，山东省济宁供销学校更名为山东省济宁贸易学校，山东省供销职工大学同时更名为山东省贸易职工大学。1998年，山东省首批举办高等职业教育。2005年底，山东省贸易职工大学、山东省机电学校、山东省济宁商业学校整合为新的山东省贸易职工大学。