20世纪90年代初期，为适应市场经济发展，全市供销合作社企业集中进行技术升级改造和网点建设。1991年，全市供销合作社系统共有各种机构3321个，4.27万人。其中，县以上供销企业和机构2.5万人，基层供销合作社147个、1.77万人。在企业经营机构中，工业产品批发机构184个、农副产品收购批发机构209个、贸易货栈4个、废旧物资收购机构166个、零售网点1963个、饮食业网点149个、服务业网点164个、其他营业网点33个。自有资金3.08亿元，其中社员股金851万元，共有社员61.1万户。商品销售总额20.63亿元，占全市社会商品零售总额的19.49%。固定资产原值3.5亿元，净值2.66亿元。全市各类供销合作社机构遍布广大农村，为人民群众尤其农民群众提供全方位生产生活服务。
1991年，市委、市政府印发《关于进一步增强供销社活力的意见》，进一步明确供销社是经营废旧金属主渠道，也是政府指定的烟花爆竹经营单位；化肥、农药、农膜、棉花、食盐是国家指定的供销社专营专卖商品；供销社不负担政策性亏损；支持供销社商办工业发展和商业网点建设；并给予提高棉花代购手续费，以及信贷、税收等优惠政策，扶持供销社发展。1993年11月14日，中共十四届三中全会之后，市场改革逐步深化，保持计划经济惯性的供销社，受到严重冲击。全市供销社系统主营业务全面萎缩、经济效益急剧下滑、企业不稳定因素骤然增加，一度陷入“网破、线断、人散”的被动局面，成为各级党委、政府重点关注的“信访大户”和“困难行业”。面对严峻的困难局面。
济宁市供销社围绕把供销合作社真正办成农民的合作经济组织这个目标，抓住理顺组织体制、强化服务功能、完善经营机制、加强监督管理和给予保护扶持等五个环节，以基层社为重点，使供销合作社真正体现农民合作经济组织的性质，真正实现为农业、农村和农民提供综合服务的宗旨，真正成为加强党和政府与农民密切联系的桥梁和纽带。
1996年后，随着市场变化及国家相继实施化肥、棉花流通体制改革，供销合作社长期依靠统购统销、独家专营、政府定价的计划体制面临市场化改革。一些历史遗留问题和深层次矛盾日益凸显出来，全系统经营规模大幅萎缩，销售收入连续下滑，出现了一批资不抵债的基层社和社有企业，社有资产流失严重，“一卖了之”的现象大量出现，加之股金风波冲击，举步维艰，迅速滑向崩溃的边缘。1998年底，全行业亏损达1.5亿元，亏损面达56%，各项政策性和经营性债务30多亿元，供销社经济发展跌入低谷。
1999年，济宁市贯彻落实国务院《关于解决当前供销合作社几个突出问题的意见》，全系统扭亏增盈1.084亿元，扭亏总额居全省同行业之首。2000年，济宁市委、市政府印发《关于深化供销合作社改革促进供销合作社发展的通知》，全市供销社系统加快改革发展步伐，实现全行业扭亏为盈，结束了持续5年的严重亏损，年底实现利润962万元；市属企业经济效益大幅回升，实现利润15万元，80%以上的违规社员股金予以平稳清退。
2000年后，全市供销社在成功实现扭亏为盈、摆脱经济发展的被动局面后，适应新时期农业、农村和农民的实际需要，立足自身特殊属性，充分发挥自身优势，坚持改革创新，坚持从解决农民最关心、最直接、最现实的利益问题入手，致力于建设农村现代经营服务新体系，重新确立供销社在新时期的发展定位，展现出供销社在新时期的特殊价值和作用。全市供销社系统以农民为服务对象的出资企业和植根“三农”的基层组织重新崛起、迅速成长壮大，在保持4万名职工队伍稳定的同时，为3000多名农村青年提供就业岗位；服务方式不断创新，将现代与传统紧密结合，创新经营服务，既提高了农民的生活质量，又顺应了农民的传统需求；服务领域不断拓展，从工业品下乡到农产品进城，从农民生产生活到社区服务，直到为农民提供融资服务，服务领域覆盖了“三农”发展的方方面面。通过改革发展，深深扎根于农村的全市供销社系统，与农民群众的关系越来越密切，其主渠道作用又日益凸显出来。
2006年起，大量财政扶持资金进入供销合作社。2007年，市政府印发《关于贯彻落实鲁政发〔2007〕64号文件加快供销合作社改革发展的实施意见》，明确济宁市供销社改革发展的主要任务是搭建为农服务的“一个网络，两个平台”，即建设农村现代流通服务网络，搭建连接城乡的桥梁；建设农村社区服务中心和农村合作经济服务体系，搭建为农民生活生产服务的平台。2009年，全市供销社完成销售收入44.3亿元，比1999年增长83.7%；实现利润2010万元，比1999年增加5921万元；上交国家税费5677万元，比1999年增加2516万元。全系统净资产总额4.89亿元，比1999年增长8.4倍；企业亏损面11.21%，比1999年下降36个百分点。全系统整体经济运行走上良性发展的轨道。
2010年，全市有10个县（市、区）供销社建立了日用消费品龙头公司，拥有大型物流配送中心3个，县城驻地1万平方米以上的超市（大卖场）4个，全市供销社日用消费品直营店总数达到131个。其中，乡镇驻地1000平方米以上的直营超市86个，占全市乡镇总量的64%；村级加盟超市（便民店）1180个，覆盖全市30%的行政村庄。年日用消费品销售额20亿元，创建各类种植、养殖、加工、营销专业合作社、经济协会266个，组建县级农村合作经济组织联合会3个，拥有农产品生产、加工、销售、储存企业30余个，确立农产品标准化生产示范基地50余个，年销售各类农产品近亿元。累计投资2310万元，采取自主建设、联合建设、参与建设等多种形式，兴建农村社区综合服务中心60余个，为农民提供购物、休闲、娱乐、医疗、健身等服务，在推进农村新型社区建设中发挥了重要作用。创建资金互助合作社5个，10余个专业合作社开展了资金互助业务，建立信用担保公司2个，累计担保投资额约8000万元。
2010年，全市供销社系统销售（营业）收入55.18亿元，利润总额4380万元，利税总额1.36亿元，缴国家税费总额1.01亿元，基层社实现销售（营业）收入17.5亿元、利润总额258万元、利税总额836万元，各项指标创历年新高。
表14-3-1 1991—2010年全市供销社系统主要经济指标情况一览表（一）
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┃ 年份 │购进总额│销售总额│ 农副产品购进额 │ 棉花购进 │ 棉花销售 │ 再生资源回收额 │ 农业生产资料销售额 │ 化肥购进 │ 化肥销售 │ 消费品零售额 ┃
┃ │（万元）│（万元）│ （万元） │ （吨） │ （吨） │ （万元） │ （万元） │ （标准吨） │ （标准吨） │ （万元） ┃
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┃ 1991 │ 249054 │ 245993 │ 89007 │ 120146 │ 34562 │ 982 │ 51768 │ 486629 │ 859367 │ 39789 ┃
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┃ 1992 │ 209204 │ 250616 │ 53379 │ 72188 │ 46218 │ 1605 │ 56808 │ 471297 │ 888556 │ 40974 ┃
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┃ 1993 │ 181558 │ 225405 │ 28836 │ 24319 │ 37822 │ 2133 │ 61163 │ 639524 │ 816336 │ 46857 ┃
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┃ 1994 │ 213225 │ 200760 │ 66248 │ 49664 │ 11871 │ 2174 │ 59354 │ 624367 │ 758563 │ 49882 ┃
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┃ 1995 │ 300121 │ 317566 │ 75516 │ 42555 │ 14163 │ 1956 │ 105860 │ 758651 │ 1045504 │ 54099 ┃
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┃ 1996 │ 286199 │ 307782 │ 50542 │ 24980 │ 8740 │ 2382 │ 111170 │ 523934 │ 681217 │ 66357 ┃
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┃ 1997 │ 265903 │ 302849 │ 40557 │ 18911 │ 14158 │ 3090 │ 118137 │ 901990 │ 1178650 │ 65447 ┃
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┃ 1998 │ 226039 │ 225330 │ 45752 │ 28413 │ 8150 │ 3706 │ 95230 │ 808884 │ 1005282 │ 59028 ┃
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┃ 1999 │ 211593 │ 216541 │ 33548 │ 27194 │ 7799 │ 7126 │ 78920 │ 807429 │ 932279 │ 58766 ┃
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┃ 2000 │ 225302 │ 258182 │ 36817 │ 25567 │ 31840 │ 5202 │ 87927 │ 910170 │ 963528 │ 68325 ┃
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┃ 2001 │ 196199 │ 232874 │ 17349 │ 12356 │ 22219 │ 4626 │ 74411 │ 970925 │ 921170 │ 64190 ┃
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┃ 2002 │ 211582 │ 251240 │ 26733 │ 18628 │ 28500 │ 3888 │ 74391 │ 781945 │ 818855 │ 70646 ┃
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┃ 2003 │ 231008 │ 274340 │ 27200 │ 12545 │ 11973 │ 5803 │ 58390 │ 676463 │ 691815 │ 87324 ┃
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┃ 2004 │ 258041 │ 303121 │ 21173 │ 7962 │ 9013 │ 6379 │ 76275 │ 826600 │ 702197 │ 99244 ┃
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┃ 2005 │ 272512 │ 303665 │ 33681 │ 20265 │ 20260 │ 3669 │ 65699 │ 742594 │ 549012 │ 96403 ┃
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┃ 2006 │ 288934 │ 351039 │ 15551 │ 9895 │ 18634 │ 942 │ 71257 │ 1011432 │ 683219 │ 111451 ┃
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┃ 2007 │ 330510 │ 370904 │ 15161 │ 671 │ 795 │ 2394 │ 63571 │ 1111641 │ 655031 │ 157396 ┃
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┃ 2008 │ 335536 │ 377963 │ 7106 │ 200 │ 1011 │ 2401 │ 78205 │ 841637 │ 565102 │ 162084 ┃
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┃ 2009 │ 497012 │ 506193 │ 8819 │ 1050 │ 1980 │ 15123 │ 105717 │ 1411155 │ 793970 │ 192208 ┃
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┃ 2010 │ 625871 │ 667061 │ 20416 │ 8745 │ 7020 │ 53813 │ 120229 │ 1487300 │ 871625 │ 235831 ┃
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表14-3-2 1991—2010年全市供销社系统主要经济指标情况一览表（二）
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┃ 年份 │销售总额│利润总额│ 资产总额 │ 所有者权益 │ 社员股金 │ 固定资产总额 │ 利税总额 │ 已缴国家税费 │ 社会贡献总额 ┃
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┃ 1991 │ 247529 │ 1616 │ 189256 │ 34129 │ 1002 │ 42351 │ 3473 │ 1281 │ ┃
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┃ 1992 │ 272806 │ 201 │ 202017 │ 30941 │ 1002 │ 38545 │ 2049 │ 1381 │ ┃
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┃ 1993 │ 251189 │ -983 │ 250907 │ 37316 │ 967 │ 52112 │ 1585 │ 1804 │ ┃
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┃ 1994 │ 169591 │ 332 │ 332925 │ 62703 │ 4193 │ 57947 │ 4056 │ 3724 │ ┃
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┃ 1995 │ 285431 │ 712 │ 336208 │ 47115 │ 7963 │ 81739 │ 5363 │ 5137 │ ┃
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┃ 1996 │ 295039 │ -846 │ 361252 │ 50492 │ 8215 │ 93455 │ 3729 │ 5223 │ ┃
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┃ 1997 │ 298412 │ -20373 │ 398586 │ 30277 │ 13135 │ 104304 │ -15556 │ 5045 │ ┃
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┃ 1998 │ 237720 │ -14743 │ 408215 │ 10730 │ 11543 │ 106439 │ -11295 │ 3697 │ ┃
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┃ 1999 │ 242061 │ -3911 │ 463912 │ 5905 │ 6732 │ 103667 │ -973 │ 3161 │ ┃
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┃ 2000 │ 274726 │ 962 │ 472370 │ 25847 │ 6423 │ 121749 │ 4272 │ 3835 │ 22431 ┃
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┃ 2001 │ 275535 │ 721 │ 452881 │ 38983 │ 5243 │ 118413 │ 2886 │ 2498 │ 17109 ┃
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┃ 2002 │ 301736 │ 506 │ 420946 │ 42342 │ 4608 │ 111239 │ 1868 │ 1531 │ 11732 ┃
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┃ 2003 │ 305840 │ 825 │ 351155 │ 45075 │ 4072 │ 99514 │ 2461 │ 1873 │ 12372 ┃
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┃ 2004 │ 334506 │ 1141 │ 342887 │ 46271 │ 3702 │ 93082 │ 2835 │ 2013 │ 14676 ┃
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┃ 2005 │ 335067 │ 1247 │ 342776 │ 52549 │ 3515 │ 96768 │ 3139 │ 2339 │ 12651 ┃
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┃ 2006 │ 366964 │ 1353 │ 319246 │ 38158 │ 3512 │ 80954 │ 3592 │ 2532 │ 11673 ┃
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┃ 2007 │ 384172 │ 1606 │ 272908 │ 47110 │ 3649 │ 80797 │ 4566 │ 3408 │ 14457 ┃
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┃ 2008 │ 393983 │ 2634 │ 261309 │ 49228 │ 3319 │ 80853 │ 5090 │ 3114 │ 14414 ┃
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┃ 2009 │ 443017 │ 2009 │ 254540 │ 48889 │ 2578 │ 73565 │ 7144 │ 5677 │ 17423 ┃
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┃ 2010 │ 551848 │ 4380 │ 284012 │ 55288 │ 2488 │ 78473 │ 13556 │ 10120 │ 25196 ┃
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