1991年，济宁市分别设置济宁市对外贸易局、济宁市对外经济贸易委员会。1992年1月，济宁市对外贸易局劳动工资计划划拨给市编委。1993年8月，撤销济宁市对外经济贸易委员会、济宁市对外贸易局，设立新的济宁市对外经济贸易委员会，为市政府统一管理和协调全市外经外贸的工作部门，承担原济宁市对外贸易局、济宁市对外经济贸易委员会的职能。1997年3月，市政府批准济宁市对外经济贸易委员会职能配置、内设机构和人员编制方案，撤销市外资企业投诉中心，职能并入市对外经济贸易委员会。2001年6月，济宁市对外经济贸易委员会更名为济宁市对外贸易经济合作局，正县级单位，是主管全市对外贸易与经济合作的市政府工作部门，局机关与直属企业脱钩，对直属企业由直接管理转变为行业指导。
2009年12月，济宁市进行机构改革，撤销市对外贸易经济合作局，将原市对外贸易经济合作局的全部职责和原市经济贸易委员会“内贸管理、机电产品进出口管理、典当行业监督管理、产业损害调查、再生资源回收管理、报废汽车回收（含拆解）监督管理、整顿和规范市场经济秩序”、原市劳动和社会保障局“境外就业管理”的部分职责进行整合，组建济宁市商务局，为市政府工作部门，主管全市商务领域工作。市商务局下属事业单位主要有：中国国际贸易促进委员会济宁市支会（中国国际商会济宁商会），正县级事业单位，2008年7月参照公务员法管理；市外商投诉与调解中心，副县级全额预算管理事业单位，2007年4月设立；市外商投资服务和信息管理中心，副县级全额预算管理事业单位，2007年4月设立；市口岸办公室，副县级全额预算管理事业单位；市商业网点建设办公室，正科级全额预算管理事业单位；市外商投资管理服务中心，副县级事业单位，2007年4月更名为济宁市外商投资服务与信息管理中心；市人民政府驻青岛办事处，副县级事业单位，2007年8月并入济宁市外商投诉与调解中心；市外商投诉中心，副县级事业单位，2000年4月设立，与外商投资管理服务中心一个机构两块牌子，2007年8月并入济宁市外商投诉与调解中心。