改革开放后特别是1991年之后，随着市场经济体制逐步建立和完善，居民生活消费水平不断提高，商贸流通和对外贸易迅速发展，商业贸易活动日益活跃，经济社会生活发生巨大变化。全市社会消费品零售总额增长显著，1991年、2000年、2005年分别为6.2亿元、166.4亿元、429.8亿元，2010年达到963.5亿元。外贸收购供货及自营出口额从1991年的1.83亿美元增加到1995年的6.62亿美元。2010年，完成出口总额23亿美元，进口21.66亿美元，分别为2001年的9倍、10.1倍。
2001年济宁市招商局成立后，市委、市政府多次召开高规格、大规模的招商引资工作会议，多次组织赴长三角、珠三角、京津等地开展招商引资活动，全市逐步形成抓招商引资的共识和合力，取得明显成效。2008年，市委、市政府印发《关于选派干部到省级经济开发区集中开展招商工作的意见》，从市直部门和单位选调201名优秀干部，挂派全市14个省级经济开发区，集中开展招商工作。2009年，市政府印发《关于积极应对国际金融危机保持外经贸稳定发展的意见》，对实际到位外资直接有功人员，外资并购项目、增资项目、世界500强和研发中心及地区总部投资项目实行奖励。2009年，济宁市获2009浙商投资（中国）最佳城市、最具投资价值的中国新能源产业城市、北方沿海十大魅力城市等称号。1993—2010年，有23家境外世界500强企业在济宁市投资设立外商投资企业33个。2010年，全市外商投资企业实现进出口额26.39亿美元。
1991年后，供销社系统由计划经济逐步转向市场经济，供销合作社长期依靠统购统销、独家专营、政府定价的计划体制被取消，全系统经营企业大规模萎缩，出现了一些资不抵债的基层社和社有企业。1998年，全行业亏损1.5亿元，亏损面56%，各项债务达30多亿元。1999年后，全市供销合作社立足自身特殊属性，充分发挥自身优势，重新确立供销社在新时期的发展定位，从经营方式、服务方式方面，顺应市场需求和农民需要，争取财政扶持资金和吸收社会资金，主渠道作用得以发挥。2010年，全市供销社系统销售收入55.18亿元，利税总额1.36亿元，全系统走向良性发展轨道。
1992年前，粮食流通采用的是计划调节与市场调节的“双轨制”，1993—1997年，实行政策性经营与商业性经营“两线运行”，长达40年的粮食统购统销制度彻底结束。2001年，中国加入世贸组织后，建立粮食工作省长负责制，加强宏观调控。2004年后，全面放开粮食市场，济宁粮食系统顺利完成由计划管理向购销全面放开的历史性转变。
1991年，全市物资系统除煤炭还有一定的计划分配外，其他物资走向市场供应。1996年起，多数国家物资企业陷入停业半停业状态，所占市场份额越来越小，物资企业大面积亏损。面对困难状况，济宁市物资企业积极应对，有的破产改建成市场和仓库对外租赁；有的联合重组，焕发新的活力；有的改革改制，盘活资产，确保职工经济补偿到位，并得到妥善安置。