水生生物
济宁市各类水域绝大部分属南四湖流域，在各类水生生物的区系组成上，与南四湖接近，仅种数要比南四湖略少。
浮游生物 2010年，南四湖浮游植物有115属，隶属于8门，46科。其中绿藻门最多，为16科51属；硅藻门次之，为10科22属；蓝藻门为4科20属。其余各门依次是：裸藻门3科7属，金藻门4科5属，甲藻门4科4属，黄藻门4科4属，隐藻门1科2属。年平均密度为218.2万个/升，年均生物量1.7094毫克/升，全湖资源量为2974.4吨。南四湖浮游动物共249种（属），其中原生动物34属，轮虫141种，枝角类44种，挠足类28种，介形类2属，年平均密度5770个/升，年均生物量0.601毫克/升，全湖资源现存量为1045吨。生物量以挠足类占比例最大，其余依次为原生动物、枝角类、轮虫。大、中型水库浮游生物比较贫乏，均少于南四湖区。河沟浮游生物比湖泊、水库丰富。池塘因其水质较肥，浮游生物普遍较为丰富，与其他水域类型比较具有种类少而生物量大的特点。
底栖动物 2010年，南四湖共有4大类68个种别，平均密度为931.59个/平方米，平均生物量为92.65克/平方米，资源现存量为98876吨。其中主要是贝类，共36种，生物量达84.90克/平方米，占总生物量的91.64%。其次为甲壳类，共9种，生物量3.22克/平方米，以虾类为主，有日本沼虾、秀丽白虾、中华米虾、中华小长臂虾、克氏螯虾等5种，其中以日本沼虾和克氏螯虾为南四湖主要经济虾类。1991—2010年，进行人工放流河蟹，形成较大产量。南四湖水生昆虫，共有15科，生物量3.61克/平方米。在湖底尚有一些水生环节动物，共8种，生物量0.92克/平方米。河沟中底栖动物以软体动物为主，约占生物量的90%以上。池塘底栖动物以螺类、双翅目的摇蚊科幼虫及水栖寡毛类的颤蚓科为主。水库底栖动物一般较少，但在一些小型水库中较为丰富。
济宁市十大渔业品牌
乌鳢
鳙鱼
大闸蟹
泥鳅
四鼻鲤鱼
哲罗鲑
鲟鱼
甲鱼
青虾
克氏螯虾
济宁市主要野生鸟类
东方白鹳
大天鹅
小白鹭
夜鹭
大山雀
家燕
普通鸬鹚
杜鹃
树麻雀
灰斑鸠
赤麻鸭
青头潜鸭
小鸊鷉
戴胜
普通秋沙鸭
小云雀
绿头鸭
鸳鸯
栗苇
震旦鸦雀
普通翠鸟
黄腹柳莺
棕腹啄木鸟
灰喜鹊
水生维管束植物 2010年，南四湖有水生维管束植物74种，总现存量为304.16万吨。其中挺水植物42种，分布面积37.2亩，生物量2900克/平方米，现存量71.53万吨，以苇、菰、莲、蒲为主；浮叶植物9种，分布面积140万亩，生物量247.68克/平方米，现存量23.13万吨，有菱、芡、莕菜、金银莲花等。漂浮植物8种，生物量很小；沉水植物14种，分布面积140万亩，生物量2248.9克/平方米，现存量210万吨。水库内水生维管束植物稀少。在湖滨涝洼地及平原地带的沟河内水生维管束植物资源比较丰富，湖滨浅滩生长苇、蒲等挺水植物，河槽内有菹草、马来眼子菜、苦草、轮叶黑藻等沉水植物。沿湖稻区的排水沟中，比较广泛地分布浮萍、槐叶萍、苤菜、莕菜、田字萍等。部分池塘中有人工培植的苇、蒲、莲等经济水生植物。
天然鱼类 南四湖有天然鱼类78种，隶属于8目、16科、53属。主要为鲤科鱼类，有48种，占总种数的61.5%；其次为鮠科6种，鳅科5种，银鱼科、鰕虎科和鮨科各3种，鯷科、鳗鲡科、鲶科、鳉科、针鱼科、合鳃科、塘鳢科、攀鲈科、鳢科及剌鳅科各1种。主要经济鱼类有7种，分别为鲫鱼、黄颡、乌鳢、红鳍鲌、长春鳊、鲶鱼、鲤鱼。此外还有鳜鱼、银鱼、翘嘴红鮊、赤眼鳟、黄鳝、泥鳅等。
陆生生物
动物 至2010年，全市野生脊椎动物共有鸟类、两栖类、爬行类、哺乳类四大类26目67科337种。其中，鸟类共17目53科227种，广泛分布于湖泊、河流、库塘和稻田湿地，国家一级保护鸟类有大鸨、东方白鹳2种，国家二级保护鸟类有大天鹅、鸳鸯、长耳鸮等24种，山东省重点保护鸟类43种。在《濒危野生动植物种国际贸易公约》中受保护的鸟类有22种，列入《中国与日本保护候鸟及其栖息环境协定》的有109种，列入《中国与澳大利亚保护候鸟及其栖息环境协定》的有25种。两栖类共1目3科6种，有中华大蟾蜍、花背蟾蜍、泽蛙、金线蛙、黑斑蛙、北方狭口蛙。爬行类共3目4科11种，有鳖、无蹼壁虎、丽斑麻蜥、山地麻蜥、红点锦蛇、白条锦蛇、棕黑锦蛇、黑眉锦蛇、虎斑颈槽蛇、黄脊游蛇、赤链蛇。哺乳类共5目7科13种，有刺猬、普通鼩鼱、大耳蝠、家蝠、黄鼬、艾鼬、狗獾、草兔、小家鼠、褐家鼠、黑线姬鼠、东方田鼠、黑线仓鼠。
植物 野生林木种。2010年，有野生林木树种35科67属114种。主要有麻栎、山合欢、臭椿、构树、君迁子、桑树、大果榆、榔榆、小叶朴、柘树、苦楝、槲栎、黄连木、乌桕、陕西荚蒾、杜梨、荆条、酸枣、小花扁担杆、蛇葡萄、胡枝子、山杏、花椒、朴树、山桃、胡颓子、板栗、栾树、枫杨、白蜡、元宝槭、紫藤、山胡椒、八角枫等。珍稀濒危树种13科15属16种，有榔榆、青檀、野山楂、西北栒子、山胡椒、糠椴、陕西荚蒾、流苏、厚壳树、黄檀、栓翅卫矛、木通、美丽茶藨子等。其中，美丽茶藨子为山东省地理分布新记录植物。
栽培树种（品种）。2010年，有栽培树种（品种）73科165属542种。山区绿化树种主要有黑松、油松、赤松、侧柏、麻栎、刺槐、臭椿等；城镇绿化观赏树种主要有银杏、雪松、玉兰、女贞、法桐、国槐、白蜡、栾树、榉树、朴树、五角槭、红枫、旱柳、垂柳、紫叶李、樱花、香樟、棕榈、海棠、玫瑰、八角金盘、大叶黄杨等；村庄、林网、丰产林、沟路渠、河堤以杨树、柳树、刺槐、臭椿、杞柳为主；经济树种以苹果、桃、葡萄、核桃、杏、梨、石榴、无花果、枣、花椒、金银花、樱桃等为主；欧洲七叶树、曼地亚红豆杉、北美红枫、北美海棠也成为较大面积的栽培品种。盆栽观赏主要有铁树、澳洲杉、罗汉松、红豆杉、红凉伞、大罗伞、檵木、昆士兰伞木、常春藤、棕竹、散尾葵、青梅、袖珍椰子、龙血树等。
