2000年，济宁市委、市政府先后印发《关于加快个体私营经济发展的决定》《关于个体私营经济的考核意见》《关于招商引资的意见》《关于引进人才的意见》等文件，扶持发展个体私营经济。在经营领域、经营方式、从业人员上放宽准入，在引进资金、技术、人才上给予优惠，在登记注册、土地征用、营业执照办理上提供方便，既调动广大群众大兴民营经济的积极性，又增强外地客商到济宁投资兴业的吸引力，为民营经济快速发展提供政策保障。各县（市、区）开通“经济110”，与公安110配套联动，开展“打霸除恶”专项斗争，整治投资环境。全市共打掉各类霸头421个，查处“三乱”案件171起，查出违纪资金600万元，对30起典型案件进行公开曝光，全市累计清理不合理的行政事业性收费1200项，普遍实行缴费项目卡和收费许可证制度，开展“一条龙”“一站式”服务，纪委监察机关对134家私营大户实行挂牌保护。
2004年，市民营经济发展委员会组织力量把山东省委、省政府和济宁市委、市政府出台的扶持政策，对市直40多个部门指定的服务承诺进行综合汇总，引导企业用足用好。市县两级成立民营经济法律服务中心8处，协调解决企业发展中的问题和纠纷108件。开展中小信用企业评审活动，拓宽民营企业参与信用等级评估的范围，增加对信用企业的授信额度，全市中小信用企业发展到171家。建立担保机构6家，资本金3100万元，累计担保额4000万元。成立济宁市民营企业协会，累计培养市级民营企业家115名、省级企业家15名、国家级企业家9名。先后与美国、新加坡及中国香港等公司合作，对晨阳碳素等15家企业开展上市咨询。太阳纸业在上海证券交易所排队发行，圣旺药业在美国的OTCBB正式挂牌。
2006年11月16日，山东太阳纸业股份有限公司在深交所成功上市。
2005年，市委、市政府印发《关于加快中介服务组织体系建设促进民营经济发展的实施意见》。2006年，全市信用担保机构发展到14家，注册资金1.6亿元，累计担保额3.9亿元。其中，2家担保机构注册资金超过3000万元（邹城鼎力担保公司注册资金3265万元，圣运担保公司3068万元），4家过1000万元（梁山金鑫、梁山水泊、梁山诚信、汶上鼎信）。组建济宁专用车协会、济宁温州商会。全市有行业协会18个。市民营企业协会与市民营经济发展委员会创办《济宁市民营经济》杂志，开展评选市级民营企业家贤内助活动，举办民营企业上市培训辅导班。
2006年，山东太阳纸业股份有限公司在深圳证券交易所成功上市，成为济宁市首家民营企业上市公司。2007年，山东樱花五金集团等4家企业被山东省人民政府授予全省优秀中小企业称号。全市第一家市属企业——山东济宁如意毛纺织股份有限公司在深圳证券交易所上市。2007年，济宁市中小企业信用担保行业协会成立，出台《济宁市中小企业和农业信用担保机构风险补偿及扶持发展资金管理暂行办法》，全市各类担保公司发展到32家，注册资金5.6亿元，为1310家中小企业提供融资担保，担保额12亿元。
2006年12月5日，全市2006年度山东省著名商标授牌仪式现场。
2008年，成立由15名执业经验丰富和业务专长的律师组成的经济社会发展律师服务团，为全市重点工程、重点项目，在立项论证、项目审批、引资融资、合同谈判、发包招标等提供法律服务。成立工业经济运行指挥部，对全市50个重点项目和年销售收入超过5亿元的企业实行旬调度制度，确保全市重大项目建设和重点企业发展。2009年，辖区内各类银行相继设立中小企业信贷专柜，加强与各类担保机构的合作，扩大抵押贷款范围，提高中小企业贷款比重。市工商银行在全市金融系统率先设立14家小企业专营机构，为使用集体土地的企业创新“集体土地使用权抵押贷款”业务，为汽车经销商创新“汽车质押附加合格证监管融资”业务；邹城市创新开展“钢结构厂房担保抵押”业务。中国邮政储蓄银行济宁市分行被山东省分行初步确定为全省首家试点，开始推行专门针对新企业信贷业务。
2010年，实施中小企业、民营企业信息化工程，构建中小企业信息化服务体系。自2006年开办“中小企业山东济宁网”起，积极引导各县（市、区）组建分网。2010年底，建成县（市、区）分网13个，注册企业会员3500余个，展示优质产品2000余种，累计发布信息3万余条，点击量突破700万次。在省网组织的考核中，中小企业济宁网2008年、2009年连续两年进入前四位，获得全省中小企业信息服务奖励。济宁市中小企业局与济宁移动公司签署信息化推进中小企业营销方式管理创新合作协议，组织开展信息化普及活动。全市共有2560家中小企业、民营企业开展电子商务，实现交易额19.8亿元。
实施中小企业成长计划、技术创新计划、特色产业提升计划、小企业培育计划。全市有省级特色产业镇10个，市级特色产业镇13个，省级中小企业产业集群1个，市级中小企业产业集群18个。梁山县被命名为“中国专用车生产基地”，梁山县专用车集群被命名为“山东省中小企业产业集群”。嘉祥县被命名为“中国手套名城”，成为全国纺织产业集群试点地区。