1991年，市委、市政府召开全市乡镇企业工作会议，提出把发展股份合作制企业作为乡镇企业发展的重点。1992年，市政府召开全市股份合作制试点工作会议，印发《关于股份制试点工作暂行意见》，由点到面推开股份合作制改革。全市乡镇企业实行股份合作经营的385家，其中乡村集体企业145家，吸收股金2.3亿元。邹县金鼎锅厂改组创建的山东邹城市金鼎实业股份有限公司，总股金1400万元，其中吸收社团法人和个人股金210万元，形成以公有制为主体，多元投资结构组成的新型股份制企业。
1993年，济宁市委举办乡镇长参加的股份制培训班，解决思想认识和实行股份合作制的有关操作问题。各县（市、区）也层层举办业务培训班，参训人数2600人次。1994年，按照集体不持股、管理层控大股、职工入股自由的原则，推动全市乡镇企业改革。全市乡村股份合作制企业3193家，租赁制和公有民营1585家，拍卖、兼并弱势企业87家，组建规范化股份制和集团公司141家，其中省级集团股份有限公司14家。1995年，股份合作制企业4538家，组建市级以上集团公司54家，其中省级集团21家、国家级集团3家。
1996年，市委、市政府《关于进一步加快全市乡镇企业发展的意见》提出，按照市场经济规律，打破地域、行业、所有制界限，采取联合、兼并、参股、托管等形式，培养一批规模大、辐射力强的企业，建成一批大中型企业，大幅提高乡镇企业的整体实力和规模效益。
1997年1月1日，《中华人民共和国乡镇企业法》正式颁布实施，为乡镇企业的改革、发展和提高奠定了法律基础。济宁市乡镇企业局印发《关于乡镇企业改制若干问题的意见》，乡镇企业改革步伐加快，70%的乡村集体企业完成改制。其中，10%改制为股份有限公司或有限责任公司，40%改制为股份合作制，20%整体出售，走上个体私营、民营之路。
1998年，市政府印发《关于搞好村办企业改革的意见》，当年，改制企业1938家。其中，股份制企业16家，股份合作制企业220家，租赁经营799家，托管转让157家，拍卖破产331家，组建各类企业集团69家，新增私营企业667家。1999年，市政府印发《关于加快村办企业改制步伐的意见》，明确村办企业改制工作的指导思想、基本原则、主要形式、操作办法和配套政策，坚持月调度、季通报的工作制度，村办企业改制步伐明显加快。按照《公司法》要求，指导企业建立健全股东代表大会、董事会、监事会，规范运作。重点抓好山东德昌集团公司、济宁碳素工业公司的规范股份制改造试点工作，并通过山东省体改委和省政府批准立项。
2000年，着力推进企业产权制度改革，通过学习菏泽、滕州等市地改制经验，召开乡镇企业改革工作现场会，加大督查力度等措施，推动企业产权制度改革、企业内部机制创新实现新突破。全市完成乡镇企业改制2670家。其中，股份制企业48家，股份合作制企业617家，拍卖308家，兼并联合313家，破产98家。改制涉及资本总额54.1亿元。全市有210多家乡镇企业实现改制一步到位，转为民营企业。
2002年，全市完成乡镇企业改制2701家，改制面99%，乡镇企业改制任务基本结束，平稳过渡为个体、私营、民营等经济形式。当年继续引导支持鼓励有条件的民营企业参与国有、集体企业的改制，收购、兼并中小国有、集体企业85家，盘活资产9.4亿元，吸纳安置下岗职工2.48万人。