1991年，济宁市抓住治理整顿后期出现的新转机，强化投入意识，把握投资方向，落实投入任务，把投入重点放到技术改造和新产品开发上，广泛开展“一乡一新”“一厂一新”开发创新活动，通过多种途径，坚持面向两个市场，采取“拿来主义”的办法，走出一条技改与开发相结合、开发改造与结构调整相结合的路子。全市共落实改造项目999项，当年竣工投产897项，占89.7%；投入技改资金3.59亿元。全市共开发新产品234项。其中，12项填补国内空白，222项填补省市空白，投入开发资金6909.8万元。
1993年，组织乡镇企业开展“科技兴业”活动，引导基层和企业把依靠科技进步作为加快发展的推进器，无论在技术改造、新建项目上，立足高起点，采用新技术，优化投资结构，追求产出效益。当年，全市乡镇企业新上基建项目1600个，投资9.2亿元，分别占总项目、总投资的53%和45.7%；技术改造项目1400项，占建设项目总数的47%；乡村企业技改面21%。完成新产品开发202项，其中“四高”（高技术含量、高附加值、高效益、高出口创汇）产品占70%。1994年，全市有35项产品获省级以上质量大奖，有14项产品进入省系统名牌行列，5项产品申报农业部名牌。形成菱花味精、亚龙水泵、祥鸟牌三轮车、甜菊糖甙、枫叶牌纸张等一批在省内外、国内外立足的名牌产品。
1995年，实施技术改造项目1600个，技改投资20亿元，形成技改产值能力60亿元、利税6.5亿元。其中，技改投资超1000万元的大项目20个，当年新增年销售额过5000万元的企业10家、超亿元规模的企业5家。开展“一乡一新”“一厂一新”开发创新活动，20家乡村骨干企业建立起科研开发机构，与大专院校、科研单位联合或购买专利，完成新产品开发210项。全市22个产品获得第二届中国农业博览会大奖，20个产品获得山东省系统名牌产品称号，冷冻粉条、青霉素钠、夹层玻璃等5个产品获部级名牌称号。1997年，全市实施技改项目1200个，完成技改投入22.6亿元。太阳纸业集团、大丰集团、苗孔纸厂等3家企业技改项目列入省重点管理项目，杨柳淀粉厂、凌志集团2家企业进入国家贸工农专项扶持项目，争取专项资金4000万元。太阳纸业集团投资5800万元的高档涂布卡纸叠网纸机改造项目，引进德国先进技术装备，达到国际先进水平。德昌集团、王因淀粉厂等企业成为二级设备达标企业，太阳纸业集团公司通过ISO9000系列质量认证。1998年，开发省级以上空白新产品101项。其中，填补国家空白的33项，填补省空白68项。有5家企业进入省级技术创新示范企业，6个项目被列为省级技术创新项目。
1999年，济宁市开展科技进步年活动，实施乡镇企业科技进步“双百工程”（从全市选择100家有基础、有实力的大中型乡镇企业，利用多种形式与高等院校、科研机构建立联合关系，搞好人才引进、新技术新工艺引进）。曲阜市孔府养心宝有限公司引进国外资金284万美元、总投资4000万元的松籽油生产项目，列入山东省“星火计划”。山东大丰集团研制的大马力自走式玉米收获机，列入国家技术创新重点项目和国家级重点技术改造项目。太阳纸业30万吨的低定量涂布纸项目获得国家经贸委批准。全市有4个项目进入山东省技术导向计划，4个项目进入国家级重点项目。2000年，开展科技进步年和西安科技招商活动，举办中国专利高新技术产品博览会，全市有118家企业与高等院校、科研单位建立长期协作关系，有65家企业创办厂内科研机构。当年实施技术项目43个，引进技术项目合同311个。全市实施新上技改项目6502个，完成资金投资35.6亿元。其中，投资过300万元以上项目230个，过1000万元以上65个，开发新产品200个。其中，填补国家空白36个，填补省级空白42个。有7家企业评为省级以上高新技术企业，4家企业获得省技术创新示范企业称号，3家企业产品获技术创新奖，17家企业通过ISO9000认证，“菱花”品牌被评为全国驰名商标。2000年后，全市乡镇企业加快改制步伐，民营科技企业逐步发展壮大。