2003年，由原济宁市中药厂改制成立的民营企业，前身是明、清朝济宁州最有名的药铺——广育堂，距今已有400多年的历史。1956年公私合营时，广育堂被划为国营企业，更名为山东省济宁市中药厂，成为鲁西南地区最大的中成药生产基地。2003年6月18日，山东省济宁市中药厂改制成立山东方健制药有限公司。注册资金500万元，占地面积近30亩，总资产10154万元，职工432人，各类专业技术人员206人。2010年，在济宁市任城开发区征地150亩，投资2.5亿元，建设山东方健广育堂工业园。
2010年12月2日，山东方健制药有限公司与高峪镇人民政府五万亩中药材种植基地项目签约仪式举行。
企业主导产品有含化上清片、二仙膏、小儿牛黄清心散、麻黄止嗽丸等。其中“含化上清片”为国家中药保护品种，疗效确切，是治疗慢性咽炎的首选药，在第十一届全运会上荣获最佳产品奖，年销售达到3000万元以上；“二仙膏”为广育堂经典古方，全国独家品种，具有安神补肾、治疗神经衰弱、提高身体免疫能力的功效，市场潜力巨大；“小儿牛黄清心散”为独家品种，广育堂流传经典古方，是治疗小儿内热、急惊痰喘、四肢抽搐、神志昏迷、手足口病的良药；“麻黄止嗽丸”为独家品种，对治疗感冒后咳嗽疗效显著，2009年进入国家医保目录。产品主要销往山东、河南、广州、四川、云南、内蒙古等地方，出口到韩国、新加坡、德国、荷兰等地。
2010年，公司拥有片剂、胶囊剂、散剂、颗粒剂、丸剂、煎膏剂、糖浆剂、口服液、酊剂、酒剂10个剂型，120个品种，143个药品批准文号。其中，有33个品种进入国家基本药物目录，74个品种进入国家医保目录，56个品种进入山东省新农合目录。
公司被评为国家城市社区、农村基本用药定点生产企业、第十一届全运会药品供应商、药品保障服务单位、山东省AAAA级企业标准化良好行为企业、山东省高新技术企业、山东省中药现代化科技示范企业、山东省重合同守信用企业、山东省第十八批企业技术中心、山东省标准创新型企业、济宁市优秀农业产业化龙头企业、市文明单位等，“方健”商标被评定为山东省著名商标。
2010年，实现销售收入1.07亿元，实现利税1216万元，利润675万元，上缴税金551万元。