1991年，济宁市有中成药生产企业2家，即济宁中药厂和微山湖制药厂。1992年，曲阜中药厂成立，济宁市中成药生产企业发展到3家。
1991—2000年，济宁中药厂为济宁城区唯一生产中成药厂家。可生产7个剂型247个品种的中成药产品。其中，牛黄清心散、牛黄上清丸、牛黄益金片、通脉灵片为名优产品，享有盛誉。通过完善运行机制，建立健全质量保障、生产管理、市场营销、产品研发等体系，企业信誉进一步提升，市场竞争能力逐步增强，连续8年保持递增40%以上发展速度。2003年3月，投资1800多万元进行GMP改造。2003年6月，改制为济宁方健制药有限公司。2004年，8个剂型、118个品种、134个产品批准文号通过国家GMP认证。主导产品为牛黄益金片、通脉灵片、含化上清片、二仙膏、小儿牛黄清心散等。其中二仙膏采用“广育堂”传承下来的经典古方，生产历史悠久，其传承关系可追溯到明代，被钦点为宫廷供药，同时长期为孔府历代衍圣公服务。“广育堂”二仙膏古法制作技艺独特，被列入国家级非物质文化遗产保护名录，成为国宝级产品。二仙膏被国家中医药管理局定为百项亚健康调理技术，在香港注册文号，出口至东南亚等国。企业先后与复旦大学、北京中医药大学、山东中医药大学、青岛海川创新生物天然药物研究中心、中国军事医学科学院、沈阳药科大学结成战略合作伙伴关系，聘请著名国医大师、著名泰山学者、大学教授作为企业技术顾问，在新产品研发和剂型改进方面给予技术支持。2009年，按照市政府“退城进园”的要求，在任城开发区规划500亩土地建立山东方健工业园，园区总投资10亿元，分四期工程建设。2010年，投资2.5亿元第一期工程（与山东人文置业公司合作建设的山东方健广育堂制药有限公司）建成投产。截至2010年底，形成年产片剂30亿片、丸剂5000吨、硬胶囊剂5亿粒、煎膏剂200吨、散剂100吨的生产能力，可生产片剂、硬胶囊剂、丸剂、散剂、煎膏剂、颗粒剂、糖浆剂、口服液、酒剂、酊剂10个剂型，138个品种，145个药品批准文号的产品。拥有2个国家中药保护品种、10个独家品种。38个品种进入国家基本药物目录、74个品种进入国家医保目录、56个品种进入山东省新农合目录。
1991年，微山湖制药厂（后改为山东昊福药业集团有限公司）主要生产治疗心脑血管药品。坚持“质量第一、安全第一、生产第一”的原则，以安全、优质、高效为准则，严格按照药品管理法和GMP要求组织生产，形成健全的质量保证体系。在国家、省、市各级药监部门的抽检中，合格率为100%，2003年12月通过GMP认证。截至2010年底，形成年产片剂5亿片、胶囊剂2亿粒、颗粒剂5000万袋、年处理中药材1000吨生产能力。拥有片剂、胶囊剂、颗粒剂3个剂型15个品种。主要产品有脑血康胶囊、冠脉宁片、脑血栓片、益母草颗粒、板蓝根颗粒、三七片、元胡止痛片、鸢都感冒颗粒、感冒清热颗粒、牛黄解毒片、复方丹参片、小儿咳喘灵颗粒、胃康灵胶囊等。其中，脑血康胶囊为全国独家生产的国家级新药、中药保护品种，2006年2月被国家发改委和中国中药协会评为优质优价产品。
1992年4月，曲阜中药厂建立，开始生产中成药产品。企业规模不大，以水丸产品为主。2003年11月，通过国家药品GMP认证。2005年，被省科技厅认定为高新技术企业。先后注册“孔府”“孔圣”等国内外知名商标。成功研制出“双黄连泡腾片”“抗病毒泡腾片”“清热解毒泡腾片”“银黄泡腾片”等多个二类、三类和九类新药。截至2010年底，企业拥有资产8000万元，以中成药OTC产品为主，可生产口服液、糖浆剂、颗粒剂、片剂、胶囊剂、丸剂、散剂7个剂型、35个品种。其中“牛黄蛇胆川贝液”和“胃炎宁颗粒”为国家中药保护品种。