1991年后，济宁南张镇、泗水、曲阜等地农户，依托当地优势，开始大面积种植甜糖菊，种植面积逐年扩大，为济宁甜糖菊加工企业提供了充足原料。
2002年5月，山东圣地中药材有限公司成立，为中国农村奔小康专家服务团中药材生产基地、国家千县工程重点示范项目推广基地及国家级中药材GAP科研种植基地，集中药材科研、种植、产品回收、加工、销售于一体的山东省级农业重点龙头企业。采取“公司+基地+农户”的生产模式，走订单农业的发展路子，与农户签订保产值或保护价收购合同。按照国家药监局GAP中药材生产标准，实行供种、供肥、技术管理、收储加工、检测、销售“六统一”体制，有效保证了中药材的品质。先后承担国家、省、市中药材生产、加工、良种培育等10余项科研项目，与中国医学科学院药用植物研究所、山东中医药大学、山东大学、山东农业大学等高等科研单位建立长期稳定的技术合作关系，共同研发中药材的脱毒快繁、组织培养等良种繁育和优质、高产、高效栽培等重大科研课题和项目，其中“中药材优质高产高效栽培技术”列为国家级星火计划项目。建设的中药材科技园获得山东省中药材科技特色园称号，进行上百个中药材品种的高产高效栽培和病虫害防治等技术研究，采用生物工程技术，通过组培、脱毒、提纯复壮，截至2010年底，批量繁育出生地、何首乌、丹参、太子参、桔梗、黄芪、黄芩、玄参、白术、板蓝根等40多种优质中药材，为济宁中药加工提供了支撑。
2009年，山东方健制药有限公司为保证药材质量，提高药品疗效，全面带动农民种植结构调整，在济宁东部山区泗水、邹城等适宜种植中药材的地区建设方健中药材种植基地，基地规划种植面积30万亩，主要种植丹参、金银花、黄芩、桔梗等品种，中药材的种植在满足方健工业园生产需求的同时，出口东南亚各国。2010年，试种5000亩，通过重金属含量及农药残留检测，指标均低于国家GAP标准。