1991年，全市化学工业管理机构为济宁市化学工业公司，正县级部门。设党委办公室、经理办公室、综合科、生产科、科技科、企管科、设备安全科、劳资科、检查室、武装部、外经贸科、审计科、保卫科、财务科、工会、团委等16个职能科室。
2001年6月，市政府工作机构调整改革，撤销济宁市化学工业公司，组建济宁市生物化学工业办公室，为副县级事业单位，隶属市经济信息化委。2002年4月，内设机构调整为综合科、经济运行科（挂市履行《禁止化学武器公约》工作领导小组办公室牌子）、规划发展科、企业科。至2010年未变。
第一节 化工管理机构
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1991年，全市化学工业管理机构为济宁市化学工业公司，正县级部门。设党委办公室、经理办公室、综合科、生产科、科技科、企管科、设备安全科、劳资科、检查室、武装部、外经贸科、审计科、保卫科、财务科、工会、团委等16个职能科室。
2001年6月，市政府工作机构调整改革，撤销济宁市化学工业公司，组建济宁市生物化学工业办公室，为副县级事业单位，隶属市经济信息化委。2002年4月，内设机构调整为综合科、经济运行科（挂市履行《禁止化学武器公约》工作领导小组办公室牌子）、规划发展科、企业科。至2010年未变。