1990年，全市共有水泥企业近20家，骨干企业有曲阜市水泥厂、嘉祥县水泥厂、济宁张山水泥厂等。
1991年，曲阜市水泥厂率先在山东省内使用微机控制系统，1993年，水泥年生产能力达到60万吨。1994年，曲阜市第二水泥厂划归曲阜市水泥厂，形成年产60万吨能力。1992年，嘉祥水泥厂年产能达到40万吨，次年，跻身中国建材企业500强。1992年后，建材企业先后实施改革改制。曲阜市水泥厂改为曲阜科利水泥有限公司，并改制为合资公司；嘉祥水泥厂改为鲁西水泥有限公司，并改制为山东鲁西水泥有限公司。1995年底，全市生产水泥252.2万吨。1996年，山东鲁西水泥有限公司建成6条年产10万吨立窑生产线，年产能达到60万吨。1996年12月，在曲阜科利水泥有限公司基础上，改组成立山东金塔王集团。1996—1998年，通过资本的购并、联合、租赁等多种组合手段，形成了100万吨的水泥生产规模。至2000年底，形成年产2000吨规模，当年，生产水泥435.72万吨。2001年，山东鲁西水泥有限公司更名为里能水泥有限公司。2004年，新上100万吨干法水泥生产线。2002年，山东金塔王集团日产2500吨熟料旋窑生产线投产。至2005年底，生产水泥885.14万吨。2007年12月17日，山东金塔王集团与中国联合水泥集团有限公司签订合作协议，成立曲阜中联水泥有限公司。2008年初，加入世界500强企业中国建筑材料集团，成为中国联合水泥集团的全资子公司，生产规模快速扩大。2009年6月，济宁海螺水泥有限责任公司成立，是安徽海螺集团公司旗下的安徽海螺水泥股份有限公司的全资子公司。一期工程日产4500吨新型干法水泥熟料生产线于2009年11月开工建设，2010年12月试点火生产。2009年4月，里能水泥有限公司被山东山水水泥集团收购，组建济宁山水水泥有限公司，2010年，投资建成年产100万立方米的商品砼搅拌站。
截至2010年，济宁水泥生产以普通硅酸盐水泥为主，其次是矿渣硅酸盐水泥。产品强度标号有425号、525号和425号R型，其中425号普通硅酸盐水泥是济宁市生产时间最长、产量最大、使用最为广泛的品种。2010年，全市生产水泥735.59万吨。