湖产品加工是济宁市依托微山湖品牌和淡水养殖的资源优势形成的传统特色产业。
1991年，微山县湖产品综合加工厂为湖产品加工的重点骨干企业。1993年，兼并微山县食品公司，组建成立微山县湖产品经贸实业总公司，企业性质变为集体所有制。1994年8月进行股份制改造，组建微山湖产品经贸实业有限责任公司。企业产品有鱼虾制品、蛋制品、麻鸭制品、菱米酒、湖生植物等系列品种，年综合加工能力达1.8万吨。鸭蛋制品从传统包泥蛋发展到包膜蛋、无铅涂膜蛋、真空即食无壳蛋，产品远销国内20多个省市和港台地区，出口到日本、韩国、新加坡、澳大利亚及欧洲部分国家。2000—2010年，先后进行湖产品加工关键技术及质量控制方面的科研项目20余项，获得科技成果9项，申请国家专利21项，其中核心发明专利2项。2001年，微山湖牌被认定为山东省著名商标。2006年，被认定为山东名牌，因“龙缸松花蛋”已有百年生产历史，同年被商务部授予中华老字号企业。2008年，企业产品被评为山东省旅游商品十佳品牌和标志旅游商品。
2010年，全市取得国家食品生产许可证的湖产品加工企业20家，经营规模较大企业有微山县营养食品厂、外贸皮蛋加工厂、远华湖产食品有限公司、经纬湖产食品有限公司等。全市湖产品加工企业实现销售收入2.36亿元，实现利税2650万元。
蒜薹出口加工车间 （2007年5月摄）
