酿酒业是济宁传统产业，历史悠久。20世纪90年代初，全市县属以上酿酒企业17家，1990年实现工业总产值3.14亿元，利税7134万元，主要产品有白酒、果露酒、啤酒、酒精。
山东正大菱花生物科技有限公司外景 （2008年7月摄）
白酒
1991年，山东祥酒厂顺应市场变化，压缩酱香型白酒生产，重点开发浓香型、兼香型白酒。1993年，为纪念毛泽东诞辰100周年，开发“东方红太阳”系列白酒，成功投放济宁及周边市场。1998年，企业实行股份制改革，2003年更名为山东红太阳酒业有限公司。1991年，微山县酿酒厂投资3000余万元，进行白酒扩能改造，新上年产3500吨发酵型睡莲酒项目。1992年金乡县酒厂更名为山东金贵酒厂。
1992—1995年，曲阜酒厂（曲阜孔府家酒业有限公司前身）、鱼台酒厂（后更名山东孔府宴酒厂）、金乡酒厂（后改为金乡金贵酒业有限公司）发展迅速，分别开发出孔府家酒、孔府宴酒、金贵酒等低度优质白酒，突破“低而不淡”技术难题，结合儒家文化元素，扩大产品宣传，引领鲁酒发展，叫响全国市场。孔府家酒业、孔府宴酒业、金贵酒业先后斥巨资在中央电视台黄金时段及相关媒体做广告宣传。1994年，孔府宴酒业以3380万元夺得央视首届“标王”；1997年，金贵酒业以1.8亿元成为当年在央视广告投入的前二名；“孔府家酒叫人想家”“喝孔府宴酒做天下文章”“金贵特曲贵在品质”的广告用语家喻户晓。1995年，孔府家酒业实现销售收入8.9亿元、利税3.8亿元，孔府宴酒业实现销售收入9亿元、利税3.6亿元，均进入全国同行业前5名。1997年，金贵酒业创历年最好水平，实现销售收入3.29亿元，利税5603万元。
1995年后，白酒行业呈现产能过剩无序竞争局面，国家上调税率并将白酒纳入限制发展产品，济宁白酒乃至鲁酒步入低迷徘徊期。1995—2005年，根据国家产业政策和市场形势，全市陆续淘汰落后产能食用酒精生产线13条，削减产能11万吨。
1998年后，实施企业改革改制和破产，绝大部分企业国有资本一次退出。2003年，济宁酿酒总厂依法破产，以济宁心酒厂为核心企业的山东济宁心声实业（集团）总公司，接管市酿酒总厂全部职工。2004年，山东钢山酒业有限公司更名为山东金钢山酒业有限公司。2005年济宁心酒厂改制，成立山东济宁心心酒业有限公司。
2006年，国家实行白酒生产许可制度，不再审批新增白酒生产许可企业。经审查，全市共有38家企业获得白酒生产许可证。孔府家酒、孔府宴酒、心酒、红太阳酒、钢山特曲、金贵特曲、微山湖特曲等品牌先后被评为山东省著名商标、山东省名牌产品。2007年12月，红太阳被评为中国驰名商标。2008年，曲阜孔府家酒业有限公司成功研发高端儒雅香孔府家酒，2009年，“府藏·孔府家”“窖藏·孔府家”投放市场。2009年，兖州市兴达酒业被评为山东省工业旅游示范点。
2010年，全市共有白酒生产企业9家，生产白酒（65度折合量）4.6万千升。
儒雅香孔府家酒地下珍藏库 （2009年5月 李建国摄）
啤酒
1987年5月，曲阜化肥厂转产改造生产啤酒。1993年10月，与英国中国投资发展基金有限公司合资成立曲阜三孔有限公司，外方出资550万美元（占注册资本28%），完成年产10万吨啤酒扩能项目。1993年底，与德国最大的啤酒公司DAB公司签订长期技术合作协议，引进世界名牌汉莎啤酒生产技术和商标使用权。在30届、31届、32届布鲁塞尔世界优质产品评选中，三孔啤酒分获银奖、金奖、最高金奖。1994年，在第33届评选中获得中国唯一世界终身大奖。1997年，三孔啤酒被授予山东名牌称号。2001年3月，曲阜三孔啤酒股份有限公司、北京啤酒股份有限公司、北京企业（啤酒）有限公司合资成立燕京啤酒（曲阜三孔）有限责任公司，三方分别占总股份的48%、27%、25%。通过5次技术改造，形成年产30万吨能力。
1988年2月，邹城市啤酒厂建成投产，1994年改为山东无名啤酒股份有限公司，1997年被授予山东名牌称号，2000年被命名为山东省著名商标。2001年3月，合资成立燕京啤酒（山东无名）股份有限公司。其中，北京燕京啤酒股份有限公司持股55.73%、兖矿集团持股21.33%、国家股7.55%、职工股13.58%、其他社会法人股1.81%。经过多次技术改造，达到年产30万吨啤酒生产规模。
2010年，全市共有啤酒生产企业2家，年产量26.5万千升。
饮料
1991年，济宁饮料生产企业有济宁市糖果食品厂、济宁市食品厂、济宁市第二酿酒厂饮料分厂、邹城市食品厂等，产品有果（味）汁、碳酸饮料、矿泉水、雪糕、乳制品。1995年，全市饮料产量4300吨，2000年产量6500吨。2010年前后，泗水县、邹城市先后招商引进维维乳业、娃哈哈、康师傅、汇源等知名品牌，产品结构优化升级，生产规模大幅提高。2010年，全市饮料产量1.62万吨，其中乳制品8600吨。
燕京三孔啤酒公司酿造车间外景 （2010年摄）
