1991年，济宁市有粮油加工企业56家。其中市属企业5家，县属企业51家。县属以上规模企业职工9600余人，固定资产6.2亿元，完成工业总产值7.86亿元，实现利润5600万元，生产各类小麦粉43万吨、挂面2.6万吨、食用植物油12万吨。
面粉加工
1991—2000年，全市面粉加工业不断扩大生产规模，经过技术改造和新建企业，提高了生产技术水平，日处理小麦能力100吨以上的面粉厂由14家增加到23家，年加工能力由45万吨增加到100万吨。2000年，全市实际完成小麦粉产量88万吨。其间，鱼台鲁王面粉厂、济宁利生面粉厂相继建成投产，采用国家定型专用设备，更新原料清理、全封闭除尘、降低噪音、大型立筒仓等设施，生产过程基本实现机械化、自动化。2001—2010年，粮食加工行业竞争加剧，管理不善的企业停产或倒闭，规模效益化、优质品牌化的企业迅速发展。2000年后，济宁市第一面粉厂、济宁市第二面粉厂因经营困难，资不抵债，先后依法破产。一批小型面粉加工企业关、停、并、转。
泗水利丰食品厂粉条检验车间 （2008年5月摄）
1992年，山东鲁王集团成立，主要从事面粉生产、挂面加工。先后在河南周口、河北衡水、安徽淮溪建成3个面粉加工的控股子公司，日处理小麦能力达到3000吨。鲁王牌特一粉、特二粉，2002年被中国绿色食品发展中心认证为A级绿色食品，获山东省著名商标称号。至2010年，企业发展成为以面粉加工为龙头，集食品加工、纺织制品、包装印刷等为一体的综合型企业。
1995年1月，山东利生面业（集团）有限公司成立，先后在成武县、汶上县建立分厂，形成日处理小麦2000吨、日产挂面300吨的综合加工能力。引进国际先进的瑞士布勒生产设备、检测仪器，利用进口小麦和国产优质小麦，生产出高品质的等级粉、专用粉和挂面，产品销往全国二十八个省、自治区、直辖市。2003—2007年，“利生”被评为山东省著名商标、全国放心面粉、山东省食品安全诚信单位、山东省粮油（面粉）行业十大品牌、山东名牌产品、中国名牌。2010年，企业固定资产3.8亿元，拥有15万吨的粮食收储能力，日处理小麦3600吨，日产挂面460吨，发展为集粮食收储、加工、销售、物流、包装于一体的大型企业集团。
2004年8月，济宁华任面业有限公司建成投产，形成固定资产3000万元。引进瑞士布勒公司先进生产线，日处理小麦300吨。2005年7月，投资5500万元引进世界最先进设备，日处理小麦500吨二期续建项目竣工投产。企业形成日处理小麦800吨生产能力，年产值达到6亿元。
2010年，全市主营业务收入2000万元以上的规模面粉生产企业9家，实际完成小麦粉产量116万吨。
大米加工
1991年后，在济宁市郊区（1993年12月更名为任城区）、鱼台县等水稻种植区，兴起一批大米加工企业，总数达近100家。1993年12月，山东省美晶米业有限公司成立，引进日本等国家的先进生产设备，形成年加工大米10万吨、发芽玄米5000吨、蒸煮米2万吨的生产规模。被评为省级农业产业化龙头企业，认定为山东省稻米精深加工工程研究中心，拥有自主进出口权，为全省最大的从事大米生产加工的民营企业，列入全国大米加工企业50强。2009年，在黑龙江五常市投资建立分公司及水稻专业合作社，先后与江南大学、山东省水稻研究所等合作攻关取得多项专利技术，“美晶”获山东省著名商标，其系列产品获得山东省名牌产品称号，产品销往国内10多个省市、数百家大型连锁超市，并远销俄罗斯、日本、韩国、东南亚国家和地区。
油脂加工
1991年后，济宁市食用油脂加工业迅速发展。至1995年，日处理原料50吨以上的浸出油厂达19家，主要分布在市中区、任城区及兖州、曲阜、泗水、邹城、嘉祥等县（市、区），食用油脂产量达16万吨，成为全省乃至全国重要的大豆油生产基地。
1995年，经省体改委、省工商局批准，济宁鲁鑫油脂有限公司成立。下设济宁市市中区浸出油厂、济宁玉堂酱油厂、中外合资玉园酿造食品有限公司。2001年10月，济宁鲁鑫油脂集团公司成立，济宁鲁鑫油脂有限公司成为其分公司。先后建成800吨/日浸出生产线2条，日加工能力1600吨，年加工大豆能力50万吨以上。2007年实现销售收入9.1亿元，利税超过2000万元。
1997年，嘉祥县油脂化工厂改制为民营企业，注册资本5600万元。后更名为嘉祥县嘉冠油脂化工有限公司，2008年通过ISO14001环境管理体系认证，2009年新上600吨/天精炼油生产线和2000吨/天大豆加工生产线并投入使用。2009年8月，由新加坡丰益国际集团投资6800万美元设立的益海嘉里（兖州）粮油工业有限公司建成投产，拥有年加工30万吨小麦面粉厂、21万吨花生米压榨厂、11万吨高档小包装面粉生产线和1万吨食用花生米筛选线。2010年通过ISO2000食品安全管理体系认证、HACCP体系认证、天然原榨大豆油有机产品认证。2010年，全市规模以上食用油脂企业5家，年产量23.6万吨。