1989年，济宁市水利局设立工程管理站。1991年后，在湖泊、河道、闸坝、水库及管理体制改革等方面取得重大进展，确保了各类水利工程正常发挥效益。2010年，各县（市、区）水利局设立工程管理股，乡镇设立水利站。
湖泊管理机构
南四湖由水利部淮河水利委员会管理，济宁市未成立专门管理机构。2002年5月，湖东工矿区防洪工程完成后，6月组建济宁市湖东大堤管理处，12月组建济宁市南四湖水资源管理处，一个机构、两个牌子。2006年11月，更名为济宁市南四湖水利管理局，为副县级事业单位。2010年，管理局内设办公室、水资源科、工程科、水政科、石桥段管理办公室、留庄段管理办公室、夏镇段管理办公室，负责南四湖水资源的统一开发管理，利用，调度，保护和合理配置，拟定水资源保护规划、从事水资源费征收、维护管理工程设施及排污口监测等工作。
大中型河道管理机构
济宁市直接入南四湖的河流53条，除湖西大沙河外，其余河道均建有专管机构。
济宁市河道管理实行按行业统一管理和以行政区划分级负责管理相结合的管理体制。管理组织分市、县（市、区）、乡镇和专业管理机构的三级四种形式，采取专管和群管相结合管理的方法。济宁市水利局直属的有梁济运河管理处、泗河管理处、洙赵新河管理处（管理洙赵新河、湖口节制闸及新万福河），原洙赵新河任城管理所、嘉祥管理所，受市洙赵新河管理处委托仍负责本辖区内河道堤防管理工作，梁山县负责本县内梁济运河管理工作，2007年划归市梁济运河管理处。市直属河道管理机构有东鱼河管理处；县级河道管理机构有汶上县大汶河管理所，湖东白马河有微山县、邹城市两个管理所，洸府河有任城区、兖州市两个管理所，均隶属县区水利局。小型河道未建有专管机构，由所在县（市、区）水利局或乡镇负责管理。河道上所建的闸坝，除洙赵新河湖口闸、老运河挡洪闸、梁济运河五里营对口闸由市管理外，其余闸坝均由所在县（市、区）建管单位进行管理。
表7-10-1 2010年济宁市大中型河道工程概况表
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┃河道名称│ 规模 │ 标准（年） │ 流域面积 │ 长度 │ 境内堤防长 │ 堤顶高程 │河底宽│ 河底高程 │ 堤距 │高程│ 备注 ┃
┃ │ ├───┬─────┤（平方千米│ （千米） ├─────────────┤ （米） │（米）│ （米） │ （米） │系列│ ┃
┃ │ │ 设计 │ 控制站 │） │ │ （千米） │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ │ │ 防洪 │ 现状 │ 总计 │境│ 总长 │ 境内 │ 左 │ 右 │ OK～边界 │OK～边│ OK～边界 │OK～边界│ │ ┃
┃ │ │ 除涝 │ 防洪 │ │内│ │ │ │ │ （止点） │界 │ （止点） │（止点）│ │ ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │（止点│ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │） │ │ │ │ ┃
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┃梁济运河│ 大型 │ 1/10 │ 后营 │ 3306 │25│ 87.8 │ 87.8 │57.065│ 87.8 │ 40.4—42.4 │60—10│29.8—35.6│300—150│废黄│止点到宋金河口 ┃
┃ │ │1/3的 ├─────┤ │49│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │50% │ 1/10 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 东鱼河 │ 大型 │ 1/20 │ 鱼城 │ 5923 │11│ 172.1 │ 51.3 │ 49.9 │ 51.3 │ 40.2—46.4│210-169│31.18-35.5│350—300│废黄│ ┃
┃ │ │ 1/3 ├─────┤ │9 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ 1/20 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃洙赵新河│ 大型 │ 1/10 │ 梁山闸 │ 4206 │87│ 140.7 │ 38.5 │ 38.5 │ 38.5 │ 40—45.8 │170-167│30.9—33.8│270—260│废黄│ ┃
┃ │ │ 1/3 ├─────┤ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ 1/10 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 泗河 │ 大型 │ 1/20 │ 书院 │ 2357 │20│ 159 │ 146 │ 71.5 │ 76.65 │40.27—78.35│69-166│32.5-72.19│800—320│废黄│止点到红旗闸 ┃
┃ │ │ ├─────┤ │30│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │1/20的50% │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 大汶河 │ 大型 │ 1/20 │ 代村坝 │ 8536 │0 │ 208.2 │ 15.3 │ 15.3 │ │ 59.2—67.2 │ │ │ │黄海│代村坝至边界 ┃
┃ │ │ ├─────┤ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ 1/20 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃新万福河│ 中型 │ 1/20 │ 孙庄 │ 1283 │36│ 71 │ 41.5 │ 41.5 │ 41.5 │ 38.5—41.5 │38—20│31.0—32.9│345—180│废黄│ ┃
┃ │ │ 1/3 ├─────┤ │9 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │1/20的76% │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 白马河 │ 中型 │ 1/20 │ 马楼 │ 1099 │10│ 60 │ 60 │ 57 │ 58 │ 37.5—64.7 │130-20│31.0-61.65│425—100│黄海│止点为仙桥上 ┃
┃ │ │ 1/3 ├─────┤ │99│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │1/20的60% │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 洸府河 │ 中型 │ 1/20 │ 黄庄 │ 1331 │87│ 47.7 │ 47.7 │ 47.7 │ 47.7 │38.25—53.65│105-40│31.4—46.9│316—118│废黄│ ┃
┃ │ │ 1/3 │ │ │9 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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水库管理机构
曲阜尼山水库、邹城西苇水库均设有水库管理局，为科级单位；泗水县龙湾套、华村、贺庄3个中型水库设有水库管理所，为股级单位。邹城莫亭小（一）型水库依照1985年省水利厅批复按中型水库管理。泗水县尹城小（一）型水库连同上述大中型水库，均隶属县（市、区）水利局直接管理。
小型水库管理工作原由县和乡镇管理，2009年8月20日，以小水库除险加固为契机，在全省率先出台《济宁市小型水库管理办法》，明确管理主体和责任主体及管理责任人，其中小（一）型由县水利局管理，小（二）型由乡镇管理。同时落实了人员，由市财政以奖代补方式落实维修经费，使小水库的安全运行管理有了保证。在管理模式上，实行三位一体（社会化组织、一体化管理、市场化运作）；在管理体制上，实行三个分离（所有权与管理权、管理权与经营权、公益属性与商品属性）；在管护保障上落实三项机制（管护责任、资金保障机制、奖惩激励机制）。
河、库、闸坝管理
1991年后，市政府与水利等有关部门依据上级有关法规和规定，拟定了一批规范性文件，为河湖、水库管理范围内的工程管护、安全保护、用地确权、涉水项目、水域圈围、砂石资源管理、违规惩处以及河道工程维护管理费等各项规费征收管理，提供了执法依据。为搞好水生态文明建设，对各处水利工程大力开展绿化工作。市水利局每年在春、冬两季进行部署、检查或验收绿化工作。采取因地制宜、统一规划、分段承包和利益分成的办法，双方签订承包合同并经公证部门公证。各县（市、区）水利局和局直属单位，在每年汛后，根据汛期暴露出的问题，组织编报年度岁修工程计划，市水利局在认真核查后，下达岁修工程计划，工程完成后对工程进行验收和质量评定。1991—2005年，安排各类工程705项，经费9626.6万元。为确保水库安全运行，济宁市5座大中型水库自建成以后，陆续安装坝体沉陷、位移、浸涌线测压管、坝基测压管等观测设施，后因水库长期运行，许多观测设施损坏，1990年，后通过岁修工程和水库除险加固，水库恢复和重建了观测设施，并开始正常观测工作。
为减轻下游洪涝旱灾害和充分发挥拦洪效益，各水库、河道、闸坝管理单位相继编制了控制运用操作规程，依据湖河防洪任务、水库控制运用指标、水情和上级指令，确定开闸数量、高度及启闭时间。1992年，水利、土管部门联合召开全市水利工程用地确权会议，部署水利工程用地确权工作，1996年基本结束，经审核后注册登记，颁发国有土地证。全市大中型水利工程共确权面积1.62万公顷，其中梁济运河、东鱼河、泗河、洙赵新河、大汶河、洸府河、白马河、新万福河8条河道为1.21万公顷。尼山、西苇、贺庄、华村、龙湾套5座大中型水库及尹城、莫亭两座重点小（一）型水库确权面积为4081.8公顷。
济宁市泗河、大汶河、白马河、洸府河及山丘区水库区内砂石资源丰富，1990年前，由于管理工作不到位，无计划、乱开采现象严重，出现了许多险工险段，给河道、水库防洪安全造成很大危害。1990年，国家出台《河道采砂收费管理办法》，省下达了实施细则。1992年3月，市水利局、市财政局、物价局联合签发实施细则的补充规定。同年8月，市水利局与市公安局联合印发《加强泗河采砂取土管理通告》，由水利部门主管，对采砂者发给省财政厅、水利厅统一印制的采砂许可证，并按方（吨）依市场价格交纳25%的管理费。2008年12月26日，市政府出台《泗河河道采砂管理办法》，2009年8月又编制泗河采砂规划，按照“统一规划、分级负责、政府领导、联合执法、利益共享”的原则进行管理，相关县（市、区）也制订了管理办法和规划，由水利、交通、公安等部门全面负责河砂资源管理工作，实现“统一规划定点、统一出让发证、统一稽查票据、统一税费征收、统一解缴分成、统一稽查监管”的“六统一”，使破堤取土、河道采砂工作步入规范化轨道。对河下采煤，通过不断完善和强化监管，做到严格审批、规范执法、科学防治、文明服务，实现由事后补救到事前预防，由擅自开采到规范开采，既按标准加固了因采煤塌陷的堤防，又使煤炭资源得以充分开采，确保了水利工程正常发挥效益。
水利工程管理体制改革
按照2002年国务院办公厅《关于水利工程管理体制改革实施意见的通知》和2004年省政府《关于水利工程管理体制改革的实施意见的通知》要求，济宁市积极开展水管体制改革工作。2007年1月，市政府出台《济宁市水利工程管理体制改革实施意见》，明确梁济运河管理处等6个市属水管单位为纯公益性事业单位，本着“因事设岗、以岗定责、以工作量定员”，实行一人多岗、一岗双责，拟全额定编399人，比原测算人员减少296人。2008年12月18日，原6个水管单位整合为5个，按399人全额定编。2013年全市财务独立核算的大中型国有水管单位33个，改革后整合为30个，在职1072人。改革后全额编制由改革前的128人增加到890人，财政拨款增加到4228.88万元，人均4.75万元。