1988年7月1日，《中华人民共和国水法》颁布实施，济宁市水利建设走上法制化轨道。经过20余年的努力，全市水利系统法制体系逐步健全，出台一系列配套法规政策，查处一大批水事违法案件，维护了良好的水利管理秩序，确保了水利事业可持续发展。
执法体系
1989年，济宁市水利局设立水政科，负责全市水利规范性文件的拟定和水利执法、司法工作，处理水事纠纷、查处水事案件、建立水利执法队伍，指导全市水政工作，参与水利方针、政策和专题的调查研究。随后，全市各县（市、区）及局直工程管理单位均相应设立水政股（室）。
1995年，济宁市水政监察支队成立，为事业单位。主要职责是负责水利法律、法规的宣传、贯彻和落实，水事违法案件查处，并对所属大队的执法工作进行监督检查和业务指导，依法收取各项水利规费。各县（市、区）水利局也相继成立了水政监察大队。2010年4月，市水利局设立水政法规科（加挂市水政监察支队牌子）。2010年，全市建立水政科、股（室）17个，水政监察支队1个，水政监察大队17个，水政监察员39名，专、兼职水政监察员近500名。其中，市水利局专、兼职人员30人，市直管理单位5个，直属大队80人。金乡县作为水利综合执法典型，先后两次在全省水政执法现场会议上介绍经验。泗水县以治理河道非法采砂为突破口，成立河道管理局，由水利、公安、国土、交通、综合执法等部门组成专职执法队伍，强化执法手段，有效规范河道采砂管理，走出借助社会力量开展联合执法的成功之路。
法规政策
《中华人民共和国水法》规定，各级水利部门是水行政主管部门，按照立法有据、效力分级、程序合法的原则，1991—2010年，先后制订《济宁市水资源管理办法》《济宁市水利设施管理办法》《济宁市河道工程维护管理费征收使用办法》《济宁市取水许可实施办法》《济宁市关于加强开发建设项目水土保持管理工作的通知》《济宁市节约用水管理办法》《济宁市泗河河道采砂管理办法》《济宁市小型水库管理办法》《济宁市河道管理办法》《济宁市农村公共供水管理实施细则》等一系列规范性文件。水法规体系初步形成，水事活动基本实现有法可依。
行政执法
济宁市各级水政监察人员在水利执法工作中，重点围绕以实施取水许可证制度，打击破坏水利设施、非法采砂、破堤取土、河下采煤、涉河违法建设等执法难点，开展集中执法行动。仅2005—2010年就查处水事违法案件800余起，依法调处水事纠纷6起，办结水行政复议议案5件。为优化水行政许可制度，从削减、优化行政审批项目、清理行政审批的实施主体、修改完善涉及行政审批的规范性法律文件三个方面，加强行政审批制度建设，大力压减行政审批事项，使之由27项压减为10项，并全部纳入市行政审批大厅办理。