施工组织
1991—2010年，针对各重点工程项目，分别成立工程建设指挥部，由市长或分管副市长担任指挥，协调工程建设，市水利局分管负责人具体组织实施。为促进责任落实，在中小型水利建设项目中，市政府与各有关县（市、区）政府签订责任状，明确各级责任人，落实配套资金。各县（市、区）和相关乡镇政府，也成立专门领导机构，具体抓好工程组织实施、移民迁占、环境保障等工作的落实，为工程建设创造良好条件，确保工程建设顺利实施。
项目法人制
2000年7月，按照水利部《关于加强公益性水利工程建设管理若干意见的通知》和《山东省水利工程建设管理办法》有关要求，结合济宁市实际情况，在工程施工中落实项目法人责任制。对项目法人的组建、职责范围、内部机构设立、主要人员任职条件等进行明确。在项目法人的组成结构上，要求专业技术人员不少于10%，其中中级以上职称不少于25%。对项目法人进行定期考核，并建立业绩档案，实行奖惩制度，使项目法人责任制进一步规范和完善。
工程招投标
1999年8月始，水利部相继出台《水利工程建设项目招标投标管理规定》以及监理、施工、勘察设计、重要设备及材料采购等方面招标投标管理的一系列规章制度，并对评标委员会的管理及评标方法作了专门规定。水利工程建设项目招标投标法规体系趋于完善。按照“事前报告、事中监督、事后备案”的原则，着力加强招标投标工作的监督管理，在大中小型水利工程招标中，全部实行招标代理，从招标公告的发布、招标文件的编制、评标方法的制定、评标委员会的组成，到开标、评标、定标活动均按《招标投标法》和国家、省有关规定进行。
工程监理制
1998年，水利部颁布《水利工程建设监理规定》，2003年颁布《水利工程建设监理规范》，2006年后，相继出台《水利工程建设监理单位资质管理办法》《水利工程建设监理工程师注册管理办法》等相关规定，省水利厅陆续下发关于工程建设监理的一系列规章制度，水利工程建设监理制逐渐规范。2010年，全市在建的大中型水利工程全部实行监理制。
标准质量控制
2000年，国家《建设工程质量管理条例》《建设工程勘察设计管理条例》实施后，济宁市以创建优质精品工程为目标，进一步完善“项目法人负责、监理单位控制、施工单位保证、检测单位评价和政府部门监督”五位一体的质量管理控制体系，取得明显成效。至2010年，已验收工程质量合格率达100%，优良率达85%以上，并在全省率先全面实行大中型水利工程第三方检测制度，质量监督、质量检测、质量事故处理及检查、验收、优质工程和文明工地评比等质量管理法规和标准体系不断健全。
迁占保障工作
1991—2006年，依据国务院公布的《国家建设征用土地条例》，进行移民迁占和补偿。2006年以后，依据国务院公布的《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》，根据工程设计批复占地规模和位置，确定工程迁占范围，并规定大中型水利水电工程建设征收耕地的，土地补偿费和安置补助费之和为该耕地被征收前三年平均年产值的16倍。征地地面附着物和青苗补偿依据2008年省物价局、财政厅、国土资源厅关于济南、济宁、德州三市调整征地地面附着物和青苗补偿标准的批复执行。为开展好移民迁占和施工环境保障工作，紧紧依靠地方政府、有关部门相互配合、层层落实责任，成立迁占指挥部或与公安部门联合设立警务室，强化宣传、严格标准、依法兑现，实现了“零阻力施工，无障碍推进”。
水利投融资体制
1991年后，济宁市水利基本建设项目增多，重点工程较为集中，治淮东调南下、南水北调东线、水库除险加固、小型农田水利重点县建设等工程相继铺开，地方配套资金压力增大。为有效解决工程建设资金难题，市委、市政府先后印发《济宁市地方水利建设基金筹集和使用管理实施细则》《关于加强金融支持水利建设的指导意见》《关于进一步做好水利改革发展金融服务的意见》等一系列筹资政策和措施，努力拓宽水利建设投融资渠道。
施工新技术
1990年11月，梁济运河第二期治理工程，出动铲运机443台，拖拉机71台，仅57天就完成全部土方施工任务，为济宁市大型水利工程机械化施工的开端。建筑物工程施工，广泛应用井点排水技术。混凝土工程中由木模板改用标准钢模板，并采用拌和机搅拌、斗车运输、振捣器密实的施工工艺。在尼山水库保安全施工中，应用混凝土防渗墙，解决了水库漏水问题。贺庄水库在除险加固工程中，为解决第三孔红色砂岩膨胀性难题，采用非膨胀性材料沙子、碎石、重壤土混合料进行换基，确保了该闸的安全和稳定。在湖大堤加固工程中广泛应用灌浆及粘土防渗墙措施。在建筑物型式上大力推广橡胶坝、多铰翻板门、升卧式闸门等新的水工结构，降低了工程造价，确保了工程效益发挥。