水利资金的投入包括预算内资金和预算外资金，预算内资金包括水利基本建设资金、农田水利资金和水利事业费；预算外资金主要包括各项规费征收和经营收入。
基本建设资金
济宁市水利基建资金用于批准的水利基本建设项目，包括财政预算的基建资金（含国债专项资金）、用于水利基建的水利建设基金、国内银行及非银行金融机构贷款，经国家批准由有关部门发行的债券筹集的资金，经国家批准由有关部门和单位向外国政府或国际金融机构筹集的资金，还包括经批准用于水利基建的资金。对于建设单位领用的预算基建资金，根据下达的年度基建支出预算、年度投资计划及工程资金的需求，向同级财政或同一级水利主管部门提出申请，财政部门根据水利主管部门申请，按基建程序支出预算，年度投资计划和工程建设进度拨款，对地方配套资金来源不能落实或超过地方财政承受能力的，要相应调减项目。国家立项的工程，以国家投资为主，省补助和市县配套为辅。省立项的工程，省投资和市县配套按比例分摊。同时，为适应社会主义市场经济体制要求，也采取政府、集体、个人多元化、多渠道、多层次的水利投融资机制。
2000年后，市水利局积极筹措各类水利基建资金，保障大中型水利工程项目所需的资金，其中2004年，对部分水利工程进行拍卖、租赁、承包，筹措和回收了部分水利建设资金。
表7-9-1 1991—2010年济宁市水利投入情况统计表
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┃ 单位：万元┃
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┃ 年份 │ 水利总投入 │ 基建完成投资 │ 水利事业费 ┃
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┃ 1991 │ 18242.2 │ 6825 │ 1987.9 ┃
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┃ 1992 │ 17722.1 │ 7413 │ 2036.5 ┃
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┃ 1993 │ 11901.5 │ 1453 │ 1593.4 ┃
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┃ 1994 │ 25669.22 │ 14485 │ 2025.6 ┃
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┃ 1995 │ 35162.7 │ 7652 │ 2162.4 ┃
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┃ 1996 │ 25238 │ 3628.7 │ 3089 ┃
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┃ 1997 │ 27924.2 │ 2356 │ 2388 ┃
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续表
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┃ 年份 │ 水利总投入 │ 基建完成投资 │ 水利事业费 ┃
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┃ 1998 │ 28565.39 │ 13485.8 │ 3018.4 ┃
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┃ 1999 │ 46888.73 │ 28735.4 │ 3656.2 ┃
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┃ 2000 │ 38090.95 │ 19404.6 │ 2255.31 ┃
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┃ 2001 │ 14227.6 │ 4526 │ 5222.2 ┃
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┃ 2002 │ 45584.01 │ 13298 │ 3399.27 ┃
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┃ 2003 │ 38123.39 │ 9840.75 │ 4873.38 ┃
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┃ 2004 │ 32046.73 │ 14611.85 │ 8806.78 ┃
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┃ 2005 │ 37872.23 │ 13770.5 │ 6135.4 ┃
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┃ 2006 │ 51512.7 │ 16675.2 │ 8488.43 ┃
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┃ 2007 │ 87465.86 │ 45862 │ 15421.81 ┃
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┃ 2008 │ 129776.44 │ 87147.41 │ 11928.13 ┃
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┃ 2009 │ 57071 │ 40425 │ 14127 ┃
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┃ 2010 │ 76224.81 │ 54028.25 │ 19165.96 ┃
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┃ 合计 │ 845309.76 │ 405623.46 │ 121781.07 ┃
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农田水利资金
农田水利资金用于小型农田水利工程和水土保持补助费，包括县乡镇小农田水利工程、水土保持工程、抗旱、防涝及人畜吃水工程。各县（市、区）对财政安排的资金由县（市、区）水利部门落实工程项目，同级财政商水利部门拨付。市安排资金，根据县（市、区）水利主管部门申报的项目，由市水利主管部门落实工程内容、配套资金、工程效益，经市水利、财政部门下达工程计划后，财政部门下达经费指标，县（市、区）水利局负责实施。农田水利投入资金整体是以自筹为主、国家补助经费为辅。
水利事业经费
水利事业经费包括防汛岁修经费、水利设施补助费、技术推广费、勘察设计费、其他水利事业等。国家安排的资金由市水利主管部门商同级财政部门按照项目内容下达经费指标。市财政安排的资金，根据县（市、区）水利部门报告，由市水利、财政部门落实项目，下达投资计划，市财政下达经费指标，由县（市、区）水利部门组织实施。
规费经营收入
水利规费收入包括河道工程维护管理费、河道采砂费、水保两费、占压补偿费等，经营收入是指水管单位按供水工程服务、综合经营、生产，依照政策取得的收入。对于规费和经营收入，市水利局制定了一系列配套文件，严格执行收支两条线的规定。其中，规费收入交预算外资金专户储存，根据水利事业需求，由水利主管部门向预算外资金管理部门提交用款计划，经资金管理部门会同水利部门进行评估，落实计划、资金、施工单位，按工程进度将资金拨付水利主管部门。