济宁市地处南四湖流域下游，入湖河流53条，流域面积3.17万平方公里，既是洪水走廊又是水柜。汛期入湖流量大，出口泄量小，加之湖内阻水障碍多，湖腰狭窄，上下级湖汇水面积与调洪容积不相适应，南四湖防汛形势较为严峻。另外，市内河道多、密度大，部分中小型河道未得到全面治理，有的地方田间排水沟网络尚不完善，断头沟多，涝水排除不畅，加之北临黄河、大汶河两条高水河道，汛期洪水位高出济宁市区20余米，抗洪防汛任务艰巨。
1991—2010年，济宁市有9年出现大于1万公顷的洪涝灾害，其中1993—1996年连续4年，成灾面积均在4万公顷以上。
防汛准备
市防汛指挥部每年在汛前、汛中、汛后和洪水发生前后都部署各县（市、区）及有关部门，对防汛队伍、料物准备和工程设施进行检查和落实。防汛队伍主要由专业队伍和农村劳动力所组成，包括常备队、抢险队和预备队。对防汛队伍每年都进行抗洪抢险演习，以增强防汛抢险的技能。防汛所需料物种类多、数量大，采用国家、社会团体、群众三结合的方法进行储备。在工程设施方面，对需要维修养护、加固的项目及时列入岁修工程计划、对加大的险工险段作为年度应急工程，列专项经费治理。1991年7月，对泗河下游8.2公里两岸堤防进行加高培厚。1997年6—8月，对大汶河左岸14.89公里进行复堤，达到50年一遇防洪标准。2002年5—6月，对泗河40+500～50+000段右岸堤防进行复堤加固。2004年3—6月，对大汶河琵琶山溢流坝进行应急修复。
湖河清障
济宁市影响防汛的湖河阻水物主要有林木、苇草、坝堰、高渠、高秆作物、堆积物和湖（河）内圈围造田、养鱼池堰等。本着“谁设障、谁清除”的原则，市防汛抗旱指挥部下达清障任务通知，由设障单位按规定要求组织清除。较大的清障活动有1993年拆除南四湖南阳抗旱坝、金乡县东鱼河肖云抗旱坝；2001年任城区、微山县清除泗河入湖口阻水路坝及苇草；2003年梁山黄河黑虎庙、赵固堆、小路口3个乡镇违章树木、片林大清除。
指挥调度
为及时收集、传递水雨情，做好防汛指挥和洪水调度，20世纪90年代初，建成以市防汛抗旱指挥部为中心至县（市、区）防汛抗旱指挥部和大中型水利工程管理单位为一体化的通讯网络，并配备手机、车载机，实现汛情的快速传递。1998年4月，投资300万元筹建“水雨情信息采集处理系统”，1999年5月建成并投入运行。该系统由一个中心站（市防指）、11个分中心站（县（市、区）防指）、127个遥测站（其中109个雨量站、18个水位站）、15个中继站组成。投入运用后，为全市各级防汛指挥系统提供全面、快速、准确、及时的汛情信息，提高了洪涝灾害的预见和处置能力。
为确保黄河万无一失，在现状标准洪水内水库不垮坝、河湖堤防不缺口、内涝不成灾、城市保安全、遇超标准洪水位有应急措施，力争把灾害损失减少到最低限度，防汛部门每年依据水文气象变化状况和工程设施，本着“以人为本、人水和谐、充分利用洪水资源和给洪水以出路”的原则，科学进行洪水调度，修订完善大中型水利工程防洪任务，控制运用指标和防洪预案。2002年，济宁市遭遇百年大旱后，市防汛抗旱指挥部兼顾防洪安全和充分利用洪水资源两大环节，2003年确定“保安蓄水、调控泄洪、上下配合、统筹兼顾”的调度原则；2004年确定“统筹调度、兴利蓄水、联网运行、安全度汛”的指导原则；2005年实施“联合调度、超汛限泄洪、高汛末蓄水、保洪限无险”的调度方针，采取综合优化措施，对库、河、湖联合调度，后经三年践行，在安全度汛、充分利用洪水资源等方面发挥了较大作用。
防洪预案
1997年2月，省防汛抗旱指挥部下达制作河道、水库洪水风险图通知后，市防汛抗旱指挥部会同有关县（市、区），完成尼山、西苇、贺庄、华村、龙湾套5座大中型水库洪水风险图，预计淹地1273平方公里，人口138万人。制作东鱼河、洙赵新河、泗河、梁济运河、湖东白马河、洸府河6条大中型河道的洪水风险图。济宁市南四湖湖区、东平湖水库滞洪区、曲阜泗沂三角地带滞洪区、五座大中型水库下游等区域，当汛期需要分洪、泄洪、滞蓄洪水时，为做好群众安全转移，保障人民群众生命财产安全，2001年，市防汛抗旱指挥部布置有关县（市、区）编制滞洪区群众安全转移方案，并刊印成册。
2003年严重洪灾
2003年汛期，自6月1日至10月31日，历时153天，全市累计平均降水1110.7毫米，比历年同期偏多65%，为1950年后同期降水量的第二位（1964年1165.8毫米，为第一位）。黄河流域发生历史上罕见的“华西秋雨”汛情，梁山县孙口站最大流量2780立方米/秒。10月12日，国那里段生产堤决口，口宽60多米，流量约150立方米/秒，直接威胁梁山县3个乡镇、42个村、3.5万人的生命财产安全。灾情出现后，省委书记张高丽，省委副书记、省长韩寓群作出指示，市委书记贾万志于10月13日上午到现场指挥缺口堵复，市委、市政府、军分区、预备役师、武警部队、水利局等单位负责人坐阵第一线指挥抢险。在堵口中，调集济南军区舟桥部队80名官兵，拖运舟桥6艘；省武警总队190名官兵，济宁市武警支队168名官兵，预备役师620名官兵，市县公安部门800名警力，各县（市、区）人武部出动民兵6539人，市经贸委干部职工500人，共计8817人参加一线抢险，调集车辆1000余辆及多种抢险物资，保障了抢险顺利进行，生产堤决口未再扩大。
9月5日凌晨1点30分，大汶河琵琶山溢流坝出现流量3000多立方米/秒洪峰，使琵琶山肥城段老坝段、汶上新建溢流坝段相继出现险情，市县两级立即组织水利、武警、公安等单位280多名干部群众坚守抗洪一线，调用机械和防汛料物，采取坝前抛石、加大冲沙闸泄量及清除杂物等措施，确保了防洪安全。
2003年洪灾，济宁市有6个县重灾，农作物受灾面积25.59万公顷，停产工矿企业126个，水利设施损坏堤防119处，水闸105座，经济损失16.8亿元。抗洪期间，全市共出动劳动力105万人次，投入资金7506万元，疏通沟渠，修复水毁工程，使洪涝灾害损失减到最低程度。