小型水库
小型水库按库容划分，有小（一）型及小（二）型两种。其中小（一）型总库容在100万～1000万立方米之间，小（二）型总库容在10万～100万立方米之间。
全市共有小（一）型水库35座，分布在曲阜市7座、邹城市19座、泗水县9座，总库容9586万立方米，其中兴利库容5573万立方米；小（二）型水库211座，分布在曲阜市54座、邹城市90座、泗水县67座，总库容6215万立方米，其中兴利库容2779万立方米。
2007年10月，省水利厅下发《关于做好小型病险水库保安全加固规划工作的通知》；2008年1月，省水利厅下发《关于抓紧做好小型水库除险加固前期工作的通知》。本着先急后缓的原则，2008—2010年，全市共有190座小型病险水库先后列入国家、省除险加固计划，总投资2.75亿元。其中，省以上资金9700万元，市级配套资金5600万元，县级配套资金1.22亿元。2008年完成61座，2009年完成64座，2010年完成65座。其中，曲阜市32座，小（一）型7座、小（二）型25座；邹城市96座，小（一）型19座、小（二）型77座；泗水县62座，小（一）型8座、小（二）型54座。2010年11月13日，对施工的小型病险水库全部进行竣工验收。
市政府连续三年把小型病险水库除险加固工程列为“为民办的十件实事”之一，并与县市政府签订除险加固责任书。市水利部门针对工程面大量广的特点，印发除险加固工作方案，并同人事、发改、财政、监察等部门联合印发《济宁市小型病险除险加固工程建设考核办法》，实行项目法人制、招标投标制、建设监理制、合同管理制的“四制”管理，实行项目捆绑招标、资金捆绑使用、建设捆绑监理三个“捆绑”机制。技术人员承包责任，加强质量检查，强化过程控制，有效地保证了工程标准质量及施工安全。对除险加固资金，采取积极筹措的办法。市以上单位对小（一）型水库按设计批复的60%补助，小（二）型按与省同比例的标准执行。有关县市通过贷款、社会融资、投劳折资等办法，有效地弥补了资金缺口，保障了工程的顺利实施。水库除险加固后，恢复和提高设计防洪标准，确保水库度汛安全，产生明显的防洪效益。2010年7月17—20日，邹城市平均降雨194毫米，其最大点雨量发生在山丘区枣沟雨量站，达250毫米，通过采取科学调控洪水的措施，小水库得以安全度汛。
塘坝
2010年，全市共有塘坝1406座，其中微山县2座、汶上县100座、泗水县349座、曲阜市219座、邹城市736座。总库容6082万立方米，年供水能力2100万立方米，有效灌溉面积4520公顷。由于塘坝汇水面积小，蓄水量不多，所以塘坝功能主要是防控山丘区水土流失，美化山丘环境，有效拦蓄地表水资源和补充地下水。
水库移民后期扶持
济宁市水库库区基础设施薄弱，长期以来，存在行路难、饮水难、就医难、用电难、上学难和耕地不足等问题，人均耕地面积仅0.6亩。2006年5月17日，国务院印发《关于完善大中型水库移民后期扶持政策的意见》，济宁市成立了领导机构和办事机构，开展了移民人口核定登记工作，核定济宁市大中型水库后期扶持人数为20.02万人。此后，大中型水库移民得到了每人每年600元扶持费，为改善、提高库区群众生活发挥了重要作用。