南四湖内阻水区段较多，加之苇草丛生，严重影响湖内行洪。为打开湖内行洪通道，提高湖区行洪能力，对湖内进行了多次疏浚工程建设。
2007年12月30日，南四湖湖内暨泗河治理工程奠基仪式举行。
闸下西股引河 设计全长25.9公里，分三段：自第三节制闸开始，向西南与湖腰扩大深槽相接，长3.95公里，为上段；向下与深槽合并后至沿河口为中段，长9.35公里，沿河口以下沿湖西航道至鹿口河再转东南，长12.6公里，为下段；其中中段引河1978年11月开工，1983年完成，开挖长度8.58公里，挖宽300米，河底高程30.29米。引河上下段工程，因占压补偿矛盾协调工作未果，未批复实施。1991年11月，省水利厅确定，先在山东境内开工，至1992年6月，完成1+300～2+800段长1500米的挖河施工任务。剩余河段北端1268米及南端800米的工程施工，淮委在2006年作出批复，采用挖泥船施工，中国人民解放军武警水电部队施工，2006年12月开工，2008年汛前完成。 湖内行洪槽 包括上、下级湖行洪槽两部分。其中上级湖行洪道位于南阳岛卡口段，沿南阳岛东西各布设一道，长度分别为4.8公里和7公里，行洪槽底宽200米，底高程32米，采用机械化施工，1998年12月开工，2004年4月完成。下级湖行洪道长11公里，自一闸、二闸人工引河南端起，直下东南，经沿河庄台东大捐庄台西，到刘楼止，底宽200米，底高程30.5米。1998年12月1日开工，1999年6月底完成。经省发改委批准的湖内深槽扩挖应急工程，2004年11月开工，2005年4月竣工。工程从城潡河口，对着二级坝一、二闸方向下往东南，至宋闸航道止，全长2300米，底宽400米，底高程30.8米。 湖内浅槽工程施工现场 （2009年 蒋继东摄）
湖内浅槽工程 由四段浅槽开挖工程组成，该工程按50年一遇防洪标准设计，工程级别为乙级，浅槽总长41公里。浅槽一位于南阳镇西侧，开挖长度8公里；浅槽二位于南阳镇东侧，开挖长度6公里；浅槽三位于二级坝闸以下，开挖长度14公里；浅槽四位于二级坝闸上，开挖长度13公里。浅槽一、二底宽500米，底高程30.79米；浅槽三底宽500～700米，底高程30.29米；浅槽四底宽800米，渐变至二级坝闸前2600米，底高程30.79米。2007年12月30日工程开工，2013年3月竣工验收。
闸下西股引河 设计全长25.9公里，分三段：自第三节制闸开始，向西南与湖腰扩大深槽相接，长3.95公里，为上段；向下与深槽合并后至沿河口为中段，长9.35公里，沿河口以下沿湖西航道至鹿口河再转东南，长12.6公里，为下段；其中中段引河1978年11月开工，1983年完成，开挖长度8.58公里，挖宽300米，河底高程30.29米。引河上下段工程，因占压补偿矛盾协调工作未果，未批复实施。1991年11月，省水利厅确定，先在山东境内开工，至1992年6月，完成1+300～2+800段长1500米的挖河施工任务。剩余河段北端1268米及南端800米的工程施工，淮委在2006年作出批复，采用挖泥船施工，中国人民解放军武警水电部队施工，2006年12月开工，2008年汛前完成。 湖内行洪槽 包括上、下级湖行洪槽两部分。其中上级湖行洪道位于南阳岛卡口段，沿南阳岛东西各布设一道，长度分别为4.8公里和7公里，行洪槽底宽200米，底高程32米，采用机械化施工，1998年12月开工，2004年4月完成。下级湖行洪道长11公里，自一闸、二闸人工引河南端起，直下东南，经沿河庄台东大捐庄台西，到刘楼止，底宽200米，底高程30.5米。1998年12月1日开工，1999年6月底完成。经省发改委批准的湖内深槽扩挖应急工程，2004年11月开工，2005年4月竣工。工程从城潡河口，对着二级坝一、二闸方向下往东南，至宋闸航道止，全长2300米，底宽400米，底高程30.8米。 湖内浅槽工程施工现场 （2009年 蒋继东摄）
湖内浅槽工程 由四段浅槽开挖工程组成，该工程按50年一遇防洪标准设计，工程级别为乙级，浅槽总长41公里。浅槽一位于南阳镇西侧，开挖长度8公里；浅槽二位于南阳镇东侧，开挖长度6公里；浅槽三位于二级坝闸以下，开挖长度14公里；浅槽四位于二级坝闸上，开挖长度13公里。浅槽一、二底宽500米，底高程30.79米；浅槽三底宽500～700米，底高程30.29米；浅槽四底宽800米，渐变至二级坝闸前2600米，底高程30.79米。2007年12月30日工程开工，2013年3月竣工验收。