梁济运河
1960年开挖，1963年、1967年分别进行局部疏浚。后由于河道淤积严重，防洪除涝标准降低。1989年始，分两期对梁济运河进行治理。第一期工程于1989年11月开工，1990年1月竣工，共调集7个县13.8万人，完成上起宋金河口、下至郓城新河口、长45.7公里的挖河复堤及建筑物工程。第二期工程第一阶段于1990年11月开工，1991年2月完工，共调集11个县的施工机械514台，完成干流郓城新河口至入湖口42.1公里河段的一侧退堤；第二阶段于1991年3月开工，7月底竣工，由8个县采用机械化施工，进行干流河槽扩挖、湖口及支流削坡、建筑物等工程。1999年，为满足三级航道（船舶1000吨位）的通航要求，市航运局将下游10.5公里的河底高程加深到29.5米。
2002年，国家开始实施南水北调东线工程。该工程从长江下游扬州江都抽引长江水，利用京杭运河及其平行河道，通过13级泵站逐级提水北送。其中梁济运河是重要的输水干线，输水路径为从南四湖上级湖开始提水，通过长沟泵站100立方米/秒和邓楼泵站100立方米/秒的提水，至东平湖新湖区的柳长河。其中，湖口—长沟泵站段，设计最小水深3.3米，河底高程28.7米，河底宽66米；长沟站邓楼泵站段，设计最小水深3.4米，河底高程30.8米，底宽45米；邓楼—八里湾站，设计最小水深3.2米，河底高程33.2米，底宽45米。按照南水北调要求，2009年6月4日开工建设南四湖至东平湖输水与航运结合工程，包括梁济运河河槽扩挖，边坡护砌及长沟、邓楼两座泵站建设。
通过治理梁济运河，使东平湖退泄底水的能力由50立方米/秒提高到150立方米/秒，南排滞蓄水15亿立方米的泄洪时间由317天缩短为116天，使东平湖51万亩耕地提前恢复耕种，解决了湖区群众因分洪滞洪带来的生产生活困难。治理后的梁济运河干流泄洪流量由400立方米/秒提高到1260立方米/秒，防洪标准达到10年一遇。排涝能力由110立方米/秒提高到309立方米/秒，同时满足引黄补南四湖100立方米/秒的输水要求。扩挖后的梁济运河下游11公里，河底宽由66米增至150米，边坡为1∶4，湖口河底高程29.5米，常年水面宽度在200米左右。
洙赵新河
该河因老化失修，淤积严重，排涝及防洪能力降低。1993年7—8月，济宁、菏泽两地遭受严重水灾，省政府决定提前治理洙赵新河。济宁市承担1K-38.518K的挖河复堤及修建湖口节制闸任务。1994年2月，济宁市组织8县力量进行机械化施工，6月完工。通过治理，洙赵新河达到3年一遇除涝、10年一遇防洪的标准。1996年3—11月，济宁市组织任城、嘉祥两区县，修建洙赵新河湖口节制闸，共24孔，每孔宽6米，挡水高度3米，钢丝网水泥平板闸门。2003年，嘉祥县完成洙赵新河建筑物配套工程，计有生产桥1座、节制闸1座、涵洞19座、抽水站45座。2010年，洙赵新河下游河底宽170米，高程31米，堤顶高程40.1米，顶宽7米。
东鱼河治理工程施工现场 （2000年摄）
新万福河 2000年5月，南四湖湖西大堤加固及支流加固治理工程施工，工程包括入湖口段500米大堤加固及沿岸2座排灌站加固改造，当年完工。2010年，该河在孙庄站（24K）处，安全泄量700立方米/秒，下游设计20年一遇防洪流量923立方米/秒，河底宽38米，河口宽80米，河底高程31至32米，内堤距280米，堤顶高程39.8米。 东鱼河 该河因工程老化、退化、淤积严重，防洪能力大为降低。1995年，完成金南回灌曹庄橡胶坝工程，总宽度195米，共3联。按3年一遇除涝标准、20年一遇防洪校核标准设计，回灌补源面积为3万公顷。此后陆续进行回灌工程的配套，其年均引用回灌水量约1.2亿立方米，发挥效益面积2.47万公顷，回灌区地下水位一般回升4～8米。2010年，东鱼河下游5+700处河底宽210米，高程31.18米，堤顶高程40.2米，顶宽7.0米，河坡1∶3.0（内）。2000年，山东省确定对东鱼河进行治理。其中-2+000～0+000段由省东鱼河治理指挥部施工，1997年完成；0+000～5+700段由省东鱼河治理建设管理处组织实施，1998年完成。2000年11月，济宁市组织实施干流43.61公里的河道疏竣开挖和干流5+700～9+600段3.9公里堤防加固等工程，共调集9个县的机械（挖泥船、挖塘机、铲运机、挖掘机、斗车装运机械）组织施工，2001年6月全部完成，比计划工期提前2年。通过治理，东鱼河恢复到原设计3年一遇除涝、20年一遇防洪的标准。
新万福河 2000年5月，南四湖湖西大堤加固及支流加固治理工程施工，工程包括入湖口段500米大堤加固及沿岸2座排灌站加固改造，当年完工。2010年，该河在孙庄站（24K）处，安全泄量700立方米/秒，下游设计20年一遇防洪流量923立方米/秒，河底宽38米，河口宽80米，河底高程31至32米，内堤距280米，堤顶高程39.8米。 东鱼河 该河因工程老化、退化、淤积严重，防洪能力大为降低。1995年，完成金南回灌曹庄橡胶坝工程，总宽度195米，共3联。按3年一遇除涝标准、20年一遇防洪校核标准设计，回灌补源面积为3万公顷。此后陆续进行回灌工程的配套，其年均引用回灌水量约1.2亿立方米，发挥效益面积2.47万公顷，回灌区地下水位一般回升4～8米。2010年，东鱼河下游5+700处河底宽210米，高程31.18米，堤顶高程40.2米，顶宽7.0米，河坡1∶3.0（内）。2000年，山东省确定对东鱼河进行治理。其中-2+000～0+000段由省东鱼河治理指挥部施工，1997年完成；0+000～5+700段由省东鱼河治理建设管理处组织实施，1998年完成。2000年11月，济宁市组织实施干流43.61公里的河道疏竣开挖和干流5+700～9+600段3.9公里堤防加固等工程，共调集9个县的机械（挖泥船、挖塘机、铲运机、挖掘机、斗车装运机械）组织施工，2001年6月全部完成，比计划工期提前2年。通过治理，东鱼河恢复到原设计3年一遇除涝、20年一遇防洪的标准。