济宁市防汛抗旱指挥部
1997年，济宁市人民政府防汛抗旱指挥部设立，为副县级事业单位，靠挂市水利局。2008年4月，济宁市人民政府防汛抗旱指挥部办公室确定为参照公务员法管理事业单位。
济宁市南水北调工程建设管理局
2001年8月，济宁市南水北调工程领导小组成立，办公室设在市水利局，由局长兼任办公室主任。同年9月，成立济宁市南水北调办公室，为副县级全额预算管理事业单位。2004年3月，市南水北调办公室改设为市南水北调工程建设管理局，并升格为正县级全额预算管理事业单位，下设办公室、计划财务科、建设管理科、综合科4个科室。2005年4月，市委、市政府对南水北调工程领导小组进行调整，市政府主要负责人任组长，市有关部委办局主要负责人和有关县（市、区）政府主要负责人为成员。2009年12月，市南水北调工程建设管理局编制由5人核增至15人。2010年7月，市政府对市南水北调工程领导小组进行调整，成立济宁市南水北调工程建设指挥部，市政府主要负责人任指挥，各县（市、区）政府及市直有关部门负责人为成员，指挥部设在市南水北调工程建设管理局。2010年，市南水北调工程建设管理局人员编制15人，实有9人。
济宁市水利科技推广培训中心
1989年8月成立，副县级全额拨款事业单位，编制15人。主要职责是从事水利科技成果的推广应用，开展职工学历教育和各类培训活动。2010年，在职人员11人。其中，干部9人，工人2人。
济宁市梁济运河管理处
前身为梁济运河管理所，1990年更名为济宁市梁济运河引黄补南工程管理处，为副县级差额拨款事业单位。2008年12月，梁济运河引黄补南工程管理处更名为济宁市梁济运河管理处，为社会公益一类事业单位，经费来源由财政补贴改为财政拨款，核定编制155人。2010年，有15个科室及直属单位，职工174人。
济宁市南四湖水利管理局
前身为2002年6月成立的济宁市湖东大堤管理处，为科级自收自支事业单位，2006年11月更名为济宁市南四湖水利管理局，并升格为副县级事业单位。2008年12月，被确定为社会公益一类事业单位，核定编制52人。2010年，市南四湖水利管理局设办公室、水资源科、工程科、水政科、石桥段管理办公室、留庄段管理办公室、夏镇段管理办公室，在职人员34人。
济宁市泗河管理处
前身为泗河管理所，1997年更名为济宁市泗河管理处，2008年12月被确定为社会公益一类事业单位，核定编制64人。2010年，设6个科室、4个管理区所，在职人员55人，驻兖州市城区。
济宁市洙赵新河管理处
前身为成立于1963年的万福河管理所，1995年4月，成立济宁市洙赵新河管理处，为科级事业单位。2008年12月，被确定为社会公益一类事业单位，核定编制81人。2010年设10个科室（所），在职人员74人。
济宁市东鱼河管理处
1976年，红卫河管理所成立；1985年，更名为东鱼河管理所；2000年，更名为济宁市东鱼河管理处，为正科级差额事业单位。2008年12月，被确定为社会公益一类事业单位，核定编制47人。2010年，在职人员42人。
济宁市水利工程施工公司
1984年7月，由二级湖工程指挥部与韩庄运河施工指挥部合并成立，为副县级差额事业单位，编制114人。主要从事大型水利工程组织、管理、施工，为水利工程建设提供保障，国家二级施工企业，具有水利水电二级、水利凿井甲级、工程勘察乙级、工程测绘丙级资质。通过ISO9002国际质量认证。2010年，在职人员84人。
济宁市水利机械公司
1962年10月成立，原为机井队，1984年改称济宁市水利机械公司。2009年7月，被定为正科级自收自支企业化管理事业单位，编制110人，是集机械制造、钻井生产、水井钻凿、水利施工、抗旱服务、地质勘测、水利工程质量检测为一体的综合性企业，是凿井甲级、勘察乙级、水利施工二级资质证书单位。2010年，公司设8个科室，在职人员117人。
济宁市水利工程建设监理中心
1995年5月成立，与济宁市水利局基本建设站合署办公，一个机构两个牌子。1999年6月完成工商注册，成为独立法人单位，为全民所有制企业。2007年8月，经水利部批准为水利工程监理专业甲级资质，通过ISO90001-2000质量管理认证。2009年10月，取得水土保持施工监理丙级资质。2010年，设职能部门2个，监理部5个，在职人员45人。
济宁市水利投资有限公司
2008年6月14日，由市政府批复成立，国有企业，隶属于市水利局管理。该企业作为水利投融资平台，为水利重点项目建设筹集资金。