管理机构
1991年，全市渔政人员共169人。其中，市级9人，县站109人，乡镇站（17个）52人，初步形成市县乡渔政执法体系。1995年，济宁市水产局成立公安科，编制10人。微山县成立副县级的渔业综合管理委员会，下设渔政科、综合执法大队、水上公安分局，13个沿湖乡镇渔政站合并成立4个渔政监督管理站、4个公安派出所，配备渔政执法人员120余名，公安人员31名。南四湖上下级湖各配大船3艘，摩托艇16艘，陆上车辆6辆，渔政管理交通、通信设施得到加强。1997年8月，济宁市水产局撤销市渔政监督管理处，成立渔政监督管理科、公安科、渔船渔港监督检验科。2001年，设渔政监督管理科、公安科。2008年，微山县渔管委在组建南四湖管理行政执法局基础上，设立执法大队和执法中队。2010年，市水产局成立渔业船舶检验科（挂渔港监督管理科牌子）。
2010年，全市共有渔政机构32处。按市县级划分，有济宁市渔业局渔政监督管理科1处市渔政机构，有31处县级渔政机构，分布在12个县（市、区）及北湖新区，其中有19处设在微山县（该县14个乡镇级渔政站归微山渔管委直属，列入统计范围）；按独立性划分，有26处是明确设立的渔政监督管理科（站、大队、中队），有6处是与渔业技术站合并办公或未进行科室划分的单位（市中区、兖州、曲阜、泗水、邹城、北湖）；按编制划分，有2处为行政编制（市渔业局渔政科、微山县渔管委渔政科），1处为参照公务员法管理（任城区水产局渔政站），其余29处为全额事业编制。全市持有渔业行政执法证的257人，其中市级机构4人，县级机构253人。
宣传和培训
全市市、县两级渔政站每年均举办《渔业法》知识培训班。市渔业局定期编印有关渔业法律法规的小册子，下发到县（市、区）和重点渔业乡镇，利用电视、广播、报刊、张贴宣传标语、悬挂宣传横幅等宣传方式，每年集中一段时间进行宣传，提高渔民群众学法、知法、守法的自觉性。对新增渔政人员进行资格培训，通过考试持证上岗，严把队伍入口关。定期对渔政人员进行轮训，不断提高执法人员的政治思想素质、业务素质、心理素质及执法水平。
“十一五”期间，在全市范围内推行文明执法用语，规范执法程序，创建全国渔业文明执法窗口1处、全省渔业文明执法窗口1处。
渔业资源保护
1991—1996年、2004年，南四湖及其贯通河道和大中型水库实行5个月的禁渔期制度；1997—2003年、2005—2006年，实行4个月的禁渔期制度；2007—2010年，实行3月15日至6月25日百日禁渔制度。1991—2010年，南四湖实行上、下级湖共10万亩的常年禁渔区制度。全市实施湖区捕捞许可和捕捞限额制度。2004年，微山县投资20万元，设立禁渔区标志，加强对南四湖渔业资源的保护。2003年，根据南水北调工程和国家关于实行清洁养殖的要求，市渔业局编写了《南四湖清洁增养殖规划》，将南四湖划分为常年禁养区、限制养殖区、水生经济植物栽培保护区等区域。
1991年后，全市组织渔业执法活动1万余次，查处非法采砂、违章圈圩、电毒炸鱼、违法采湖莲等案件7000余起，依法对违法违规人员进行处罚。微山县由渔业主管部门牵头，多次组织水利、土管、公安等部门参与的大型联合检查活动，取缔了大绞网团伙帮派组织；2007年，开展“百日会战”整治活动，联合周边县、市、区，调动基层力量，严厉打击渔霸、湖霸、砂霸行为，打灭了非法电鱼团伙的嚣张气焰，维护了湖上正常的渔业生产秩序。
环境监测和污染事故查处
1996年5月，国家《水污染防治法》进一步明确了造成渔业污染事故由事故发生地的渔政监督管理机构进行调查处理的责任。为防止渔业污染，市渔业局下发禁止渔业生产者在行洪区和航道区域内从事养殖活动的通知，尽可能地避免污染致鱼死亡事故，减少养殖风险。2001年起，加强环境监测实验室建设，购置分析仪器设备，对南四湖及养殖水域进行常规监测。2008年，根据全国农业污染源普查工作领导小组和省海洋与渔业厅安排，开展水产养殖业污染源普查工作，调查养鱼专业户和规模养殖场3072户，清查池塘和网围面积20.38万亩、网箱和工厂化养鱼3.2万立方米，明确渔业污染源的治理目标、任务和措施。2010年，总投资1200万元的市渔业监测中心建设完成，建筑面积5794平方米，建设了细胞室、基因室、镜检室、病理室、无机分析室、有机分析室、毒性实验室、样品室、投入品室、质谱室、液相色谱室、气质联用室、气相色谱室、原子吸收室等28个功能实验室，配备了美国安捷伦液质联用仪、气相色谱仪、高效液相色谱仪、氮吹仪、瑞典福士定氮仪、原子吸收分光光度计等大型仪器设备。通过市“千名人才”引进计划，公开招聘，择优录用13名硕士研究生和1名博士研究生。初步建立起水产品质量监测、渔业环境监测、水生动物疫病监测、渔业投入品监测四大工作框架，可完成对水产品及投入品中孔雀石绿、氯霉素等检验和分析项目36项，被省海洋与渔业厅确定为鲁西南渔业监测中心。
1991—2010年，全市共调查处理渔业污染死鱼事故65起，为群众挽回直接经济损失和发放困难群众生活补助费300余万元。
水生野生动物保护
1998年，全市开展水生野生动物保护管理试点工作，2003年后全面铺开。市渔业局与市工商局联合签发《关于加强水生野生动物保护管理的通告》，分发、张贴到市区各经营市场、宾馆、饭店、中医药店等，加大宣传普及力度，扩大社会影响，提高了广大群众保护水生野生动物的自觉性。对本地水生野生动物资源状况进行全面调查，对集贸市场、餐馆、酒店、展览、表演、保健品生产企业、养殖场等场所进行重点检查。做好“驯养繁殖许可证”“经营利用许可证”和“运输证”等审核把关工作，公开许可证的审核审批程序，方便群众办证。严格执行水生野生动物的驯养繁殖、经营利用、运输等各项收费制度，明确收费标准，强化对经营利用水生野生动物活动的监督管理。
安全生产
2002年，在微山县留庄、高楼开展渔船登记普查试点，渔船登记普查工作逐步在全市铺开。2010年，全市共登记注册机动渔船1.98万艘。2003年，微山县投资50万元，为湖区渔民购买了1万套救生衣，制定了湖上紧急救助预案。市、县同南四湖周边市县区开展“四联四促”（县区联系促友谊、干警联防促稳定、部门联络促发展、群众联谊促团结）活动，边界纠纷明显减少，湖区管理出现历史上少有的好局面。“十一五”期间，济宁市建立健全市、县、乡三级渔业安全生产责任体系，逐级签订“渔业安全责任书”；每年开展安全生产大检查工作，并坚持每季度至少开展一次渔业安全生产督导检查；成立渔业安全生产突发事件应急救援指挥中心，针对渔业船舶管理、企业管理和渔业生产应对自然灾害工作等方面存在的问题，制定《全市渔业安全生产应急预案》和《全市渔业安全生产考核办法》，建立完备的安全生产制度、值班制度、档案制度，并坚持24小时灾害天气预警预报制度，确定应急救援、抢险救助船舶86艘。