1991—1995年，济宁市水产加工业得到迅猛发展，外向型经济开始起步。1992年，水产品产值为1.96亿元，工副业总产值为1.7亿元，水产加工产值600万元。1993年，在第一产业产值中，国有占0.8%；第二产业产值中，国有占2.4%，其中水产加工产值达到722万元，国有占55.7%；第三产业产值中，国有占87.3%。1994年，水产加工产值达到2099万元，国有占50.5%，在第一产业中，国有仅占极少部分，在水产加工流通中，国有仍处于主导地位。1994年后，流通领域进一步搞活，个体私营经济迅速发展。水产品加工业快速发展，1995年，全市有水产冷藏加工厂6处，冷库11处，微山县湖产加工厂年加工增值近1亿元；水产品批发市场7处，年成交产量3.5万吨，年成交额达2.5亿元。
微山县水产品加工现场 （2010年摄）
1996—2000年，水产品加工业步入产品结构调整时期，生产、加工、销售紧密结合，经济效益有了较大提高。1996年，全市加工龙虾3500吨、田螺3000吨、青虾300吨、麦穗鱼200吨、银鱼80吨，出口创汇300万美元。1999年，全市加工龙虾、田螺、麦穗鱼等水产品1万吨。1997年，微山县建成昭阳爱湖、彭口闸蒋集、鲁桥乌鳢三大活鱼市场，以加工运销促生产，形成国有、集体、个人一齐上，以龙头带基地，基地联农户发展渔业新格局。1998年，微山县在香港、杭州、苏州、无锡、常州等地新建5个办事处，设立25个销售摊位，在全国40多个城市建立信息联络点，形成了一支拥有百余部车辆、300余条收购船只、近500人的专业运销队伍，经济服务组织达到100余家。2000年，全市有水产品加工企业15家，年加工水产品1.2万吨，实现产值1.2亿元，利税1300万元，加工品种达10多个，其中加工田螺、麦穗鱼、克氏原螯虾等水产品1万吨，远销美国、日本、韩国等国家。微山县鲁桥、高楼、留庄、夏镇等水产品批发市场得到进一步改造完善，其中鲁桥乌鳢市场向外地销售乌鳢成鱼1.5万吨，鱼种1000余吨，实现销售额2亿元。全市各类协会、渔湖产品销售公司和专业运销组织进一步发展，全市拥有700多部车辆、2.3万余人的水产品运销队伍，经营水平、保鲜、保活技术都有了较大提高。
2001—2010年，水产加工业进入产业化发展时期，采用国内外先进生产技术，调整产品结构，发展水产品精深加工，取得显著成就。2001年11月7日，在中国国际农业博览会上，微山县微山湖乌鳢产销有限公司的微山湖牌乌鳢、鲤鱼和微山县鑫湖鱼类加工有限公司的响满湖牌醉鱼3个产品获得2个名牌称号。据海关统计，2004年，微山县营养食品厂、微山县宏发食品有限公司、微山县湖产品加工厂、微山县富康食品有限公司等四家企业出口虾仁、整肢虾达4552吨，出口创汇2038万美元，分别同比增长33%和64.1%。出口额占全省淡水产品出口额的80%，占全市农产品出口总额的9.7%，仅次于大蒜，居第二位。2006年，全市有7家水产品企业在欧盟、韩国和美国注册，20多个加工品种远销欧、美、日、韩等国家和地区，水产品出口达5000余吨，创汇4000余万美元。2010年，全市水产加工业产值达到8.5亿元，微山县鲁桥渔业批发市场成为国内最大的乌鳢销售市场。