养殖品种
全市水产养殖品种由1991年的20余种发展到2010年的40余种。其中鱼类有青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、团头鲂、罗非鱼、乌鳢、黄鳝、虹鳟、丰鲤、建鲤、淡水白鲳、白鲫、方正鲫、异育银鲫、泥鳅、鳜鱼、鳗鲡、革胡子鲶、大银鱼、彭泽鲫、美国大口胭脂鱼、斑点叉尾鮰、云斑鮰、条纹鲈、匙吻鲟、巴西鲷、黄颡、鲟鱼、湘云鲫、湘云鲤、翘咀红鲌、淡水鲨鱼、泰山赤鳞鱼、太阳鲈、天峡红鮰、瓦氏黄颡、勃氏雅罗鱼、宝石鲈、金鳟、太平洋鲑、哲罗鲑、漠斑牙鲆、梭鱼等；观赏鱼有锦鲤、金鲫等。甲壳类有河蟹、日本沼虾、克氏原螯虾、罗氏沼虾、南美白对虾、红螯螯虾等。其他品种有甲鱼、水蛭、大鲵、牛蛙、福寿螺等。
1991—1995年，全市养殖品种以草食性、滤食性品种为主，名优品种主要有罗非鱼、团头鲂、建鲤、方正鲫、虹鳟鱼、福寿螺、革胡子鲶、甲鱼、河蟹等。1995年，名优品种发展到18个、2万余亩。其中，甲鱼2000余亩、河蟹4235亩、银鱼增殖1万亩、罗氏沼虾40亩。全市过百万元的甲鱼场发展到12处，投资1万元以上的甲鱼养殖专业户达到500余户。微山县投资2万元以上的甲鱼养殖专业户达到300户。鱼台县稻田养蟹2000亩，产成蟹100吨。
1996—1998年，市委、市政府对“科技兴农十大工程”作出部署，市水产局组织实施名优高效渔业工程。1998年，全市名优高效品种养殖面积发展到30万亩，其中甲鱼4700亩、河蟹8.9万亩、乌鳢1.03万亩、银鱼增殖11万亩、青虾4410亩、彭泽鲫1.55万亩。鱼台县稻田养蟹达到3万亩，产蟹1530吨，产值2.1亿元。2001年，微山县被农业部特产之乡委员会命名为“中国乌鳢之乡”。鲁桥镇乌鳢养殖面积1.5万亩，是国内最大的乌鳢养殖基地和集散中心。
2003—2005年，市委、市政府着力培育农村五大产业体系，组织实施渔业产业化建设，涉及名优品种养殖面积占水产养殖面积的比重、无公害养殖面积、休闲渔业、规模养殖基地等四项指标。2005年，全市名优水产品养殖面积达到40.4万亩，占养殖总面积的57%；无公害养殖面积完成15万亩；休闲渔业落实783处，鱼池面积1.4万亩；规模养殖落实693处，养殖面积24万亩。主要名优水产品养殖面积：河蟹19万亩、乌鳢4.4万亩、鲫鱼6.9万亩、青虾2.3万亩、鳜鱼1.35万亩、泥鳅2575亩、甲鱼1110亩、罗非鱼1500亩。
2006—2010年，贯彻“以养为主，养殖、捕捞、加工并举”的方针，大力发展名优水产养殖，加大乌鳢、河蟹、龙虾、泥鳅、黄颡、青虾、鳜鱼、甲鱼等优良品种的养殖力度，形成四鼻鲤鱼、鳙鱼、鲟鱼、哲罗鲑、甲鱼等一大批地方特色明显的优势品种。
苗种生产
1991年，全市繁殖鱼苗3.25亿尾，其中人工孵化1.44亿尾，培育鱼种9757万尾，主要以青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼“四大家鱼”为主。1991—1993年，市水产良种场引进长江水系“四大家鱼”苗种进行培育，向全市提供后备亲鱼。1991年，梁山县水产局进行革胡子鲶越冬及繁殖试验获得成功。1991年10月至1992年4月，济宁市水产局利用50平方米温室，养殖越冬罗非鱼鱼种1500千克，1992年扩建鱼池70平方米，达到120平方米。1992年，曲阜县鱼种场实施雄性化罗非鱼制种试验。1994年，微山县特种水产养殖试验场引进并开展甲鱼繁育试验。1995年，梁山县水产站进行乌鳢人工繁殖和苗种培育技术试验获得成功。1996年，任城区淡水养殖试验场引进高背异育银鲫，进行繁育试验。1997年，微山县特种水产养殖试验场进行乌鳢繁育试验取得成功。1997—2005年，市名优水产品研究试验推广基地引进试养彭泽鲫、金鲫、锦鲤、乌鳢、美国大口胭脂鱼、斑点叉尾鮰等名优品种，并开展繁育试验。
1996年12月，曲阜市尼山水库人工孵化大银鱼卵1700万粒。1997年12月，济宁市、曲阜市技术人员在尼山水库繁育大银鱼发眼卵3500万粒。1998年，在济宁市、微山县两级技术人员指导下，鲁桥镇乌鳢人工繁育成功，孵化鱼苗1500万尾，培育乌仔1200万尾，促进的乌鳢养殖的规模发展。梁山县水产站进行黄鳝人工繁殖和苗种培育试验获得成功。2000年，全市苗种培育面积3.56万亩。
2000—2005年，兖州市水产站先后引进纯种吉富品系尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和彩虹鲷，并利用尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼生产出奥尼全雄罗非鱼试验。2002年，微山县进行本地黄颡人工繁育成功，大幅度降低了养殖成本。2003年，曲阜市水产站实施完成麦穗鱼人工保护性繁育研究。2004—2005年，微山县特种水产养殖试验场成功开展水蛭繁育试验。2005年，泗水县虹鳟鱼良种场开展泰山赤鳞鱼、杂交条纹鲈繁育成功，汶上县东豪特种水产养殖场开展中华鳖苗种繁育，当年孵化鳖苗30万只。
2006—2010年，严格实施水产苗种生产许可制度，全市共发布许可证25本，涉及乌鳢、大闸蟹、青、草、鲢、鳙等14个品种，年繁育12亿尾，养殖面积1.1万亩。
国有鱼种场
1991年，全市有13处国营鱼种场，职工303人，鱼种池面积2212亩。13处国营鱼种场为市郊区淡水养殖试验场、兖州县淡水养殖试验场、曲阜市淡水养殖试验场、泗水县淡水养殖试验场、微山县淡水养殖试验场、微山县两城鱼种场、微山县薛河鱼种场、邹县淡水养殖试验场、鱼台县淡水养殖试验场、金乡县淡水养殖试验场、嘉祥县淡水养殖试验场、汶上县淡水养殖试验场、梁山县淡水养殖试验场。1993年后，国营鱼种场全部改制为企业后，生产经营出现困难。1996年，济宁市渔业局筹建市水产良种研究培训中心，1998年12月，更名为市名优水产品研究试验推广基地。基地位于济宁高新技术开发区柳行办事处南营驻地，占地45.8亩，建有高标准水泥护坡鱼池9个、15亩，综合培训办公楼1247平方米，越冬早繁温室773平方米，饲料加工厂房、生产管理房屋及完善的生产配套设施，固定资产800万元。2003年6月，根据济宁高新区统一规划，基地搬迁至高新区同济路中段。2006年，微山县特种水产养殖场被评为省级乌鳢原良种场。2009年7月，撤销名优水产品研究试验推广基地，12月，撤销水产良种物资管理站。2010年，全市有省级原良种繁育场3处，养殖面积2020亩，年生产良种4.3亿尾（只）。
微山湖渔场 （2005年7月摄）
示范基地和科技示范园建设
1998年，任城区接庄镇渔场被命名为山东省科技示范园。2001年，微山县特种水产养殖试验场、泗水县虹鳟鱼良种场、梁山县水产科技示范园被省海洋与渔业厅命名为名优水产品养殖示范基地。2002年，微山县特种水产养殖试验场被命名为“全省渔业标准化示范基地”“全国农业科普示范基地”。2002年6月，济宁市名优水产品研究试验推广基地被列为省海洋与渔业厅“渔业示范园养殖技术示范园”。2005年，全市建立乡级以上渔业科技示范园30处，其中县级以上科技示范园14处。2007年，围绕集约化养殖发展，微山县、泗水县、汶上县等支持个人创办、协会领办、企业联办集约化、工厂化水产品养殖项目，把集约化养殖作为产业化扶持的重点大力培育。微山县泥鳅集约化养殖基地规模进一步扩大，从500多亩扩大到1000多亩，年产泥鳅1.5万吨。汶上东豪甲鱼场进一步扩建，从200多亩增加到400亩，年产优质甲鱼100多吨。全市集约化水产品养殖面积发展到5000亩，养殖品种从泥鳅、甲鱼、虹鳟等11个品种增加到16个，引进哲罗鲑、淡水黑鲷等新品种。
2010年，全市网围养殖面积达到21.3万亩，网箱养殖面积4.1万亩，池塘设施化集约养殖面积5000余亩，建立国家级健康养殖示范区12处，省级健康养殖示范区19处，省级渔业示范园5处；建立300亩以上规模化养殖基地100处，主养品种20余种，其中特种水产养殖试验场1处，养殖面积1250亩。
养殖类型
1991年，全市养殖面积21.99万亩。其中，池塘9.23万亩、水库6.26万亩、湖泊4.79万亩、河沟1.55万亩、其他1760亩。放养鱼种8932万尾，创历史最高水平，其中，大规格鱼种占38%。1991—1992年，开展以中低产鱼塘开发为主要内容的基地生产建设。1991年，全市完成基地面积2.69万亩。其中，示范基地5441亩、养殖基地2.14万亩，平均亩产325公斤；低产变中产52399亩，平均亩产258.1公斤；中产变高产1.05万亩，平均亩产416公斤；小水库精养高产7053亩，平均亩产96.69公斤。基地的示范作用，带动养殖生产迅速发展，全市养殖产量创历史最高水平。1992年，全市中低产鱼塘开发完成40932亩，平均亩产331.3公斤。其中，部里安排的完成2.02万亩，平均亩产407.7公斤；省局安排的完成2.14万亩，平均亩产384.8公斤。
1993—1996年，重点搞好湖区、库区、涝洼区、煤田塌陷区、稻区、家庭庭院区“六区”开发。至1996年，全市池塘养殖面积达到20.4万亩，“三网”养鱼发展到2.91万亩，其中网围2.13万亩、网拦4785亩、网箱3008亩。全市水库精养网箱达到1633只、4.1万平方米；水库投放银鱼卵470万粒，增殖水面3.33万亩。全市涝洼区开挖改造鱼池6.13万亩，其中新挖千亩连片鱼池22处。煤田塌陷区发展网箱200余只、5000平方米；投放银鱼卵80万粒，增殖面积2000亩。鱼台县稻田养蟹达到5025亩，其中200亩以上连片达到12处。全市庭院养鱼发展到4万户、1944亩。
1997—1998年，实施“三区两带”（即湖区、稻区、库区、沿湖及沿黄高效渔业经济带）发展战略。1998年，全市开发改造涝洼地3.1万亩，其中新挖鱼池1.5万亩、台田1.6万亩。全市6种类型水产品商品基地由1997年的62处发展到66处，其中在千亩以上“上粮下渔”基地46处。2006—2010年，针对湖泊、采煤塌陷水域、池塘、库区等不同水域，因地制宜，分类指导，大力发展生态养殖、健康养殖、循环渔业、高效集约化养殖等科学养殖模式。2010年，全市养殖面积达到69.9万亩。其中，池塘40.7万亩、水库4.7万亩、湖泊21.9万亩、河沟1.2万亩、其他1.5万亩。水产品养殖量29.46万吨。
人工增殖放流
济宁市开展人工增殖放流的主要有鲢鱼、鳙鱼、河蟹、草鱼、团头鲂、鲫鱼、大银鱼、小银鱼、乌鳢、黄颡、微山湖鲤鱼等品种。增殖水域有南四湖、水库、采煤塌陷水域等。1990—1991年，市财政投入资金6万元，从温州瓯江购蟹苗100余公斤，在微山韩庄、鱼台、任城3地进行放流。1993年12月，济宁市水产局首次从天津市水产研究所引进大银鱼受精卵60万粒，投放到邹城市北宿镇西故村和兖州市兴隆庄采煤塌陷大水面中开展大银鱼增殖试验。1995年，水库投放银鱼卵80万粒。1996年，水库投放银鱼卵470万粒，增殖水面3.33万亩；采煤塌陷区投放银鱼卵80万粒，增殖面积2000亩。1997年，增殖银鱼5.2万亩，产成鱼95吨。微山县向南四湖和欢城采煤塌陷水面投放大银鱼卵500万粒、四大家鱼鱼种200万尾。当年，银鱼资源生长迅猛，形成可捕种群，年产量达百余吨。1996—1998年，先后在尼山水库、邹城市西故采煤塌陷地、兖州市兴隆庄采煤塌陷地、泗水县西头水库等地开展大银鱼人工繁殖，并在全市范围内推广。之后，大银鱼产量呈周期性变化。1999年4月8日，微山县在微山岛以南水域放流草、鲂、鲤、鲫、鳙鱼鱼种50万尾、1.35万公斤。2001年3月20日，微山县向南四湖放流增殖50余万尾。2002年投放鱼种15吨、120万尾。2003年，市政府投入3000万元，引水1.1亿方进行生态补水，恢复渔业资源；2004年投入30万元，投放鱼种200万尾。2005年10月31日，省淡水渔业资源增殖放流（南四湖区）启动仪式在微山县隆重举行，全年投放鲢鱼、鳙鱼、草鱼鱼种和河蟹、扣蟹等苗种总计660万尾。2005—2010年，省、市、县累计投资1290万元，每年开展两次人工增殖放流活动，累计投放青、草、鲢、鳙、鲫、鲂、中华绒螯蟹、翘嘴红鲌、黄颡等优质水产苗种6100余万尾。通过连续开展增殖放流活动，南四湖生态链得到一定程度恢复，大型经济鱼类比例逐年上升，湖区渔民捕捞产量稳定，捕捞收入逐年增加。
南四湖湖区渔业增殖放流场景 （2010年摄）
养殖典型和渔业组织
1994—1997年，全市开展渔业“三强一星”（强县、强乡、强村、水产明星户）活动。“强县”标准是水产品产量万吨以上，渔业产值亿元，微山、鱼台、任城、梁山、邹城5个县（市、区）实现渔业强县；“强乡”标准是水产品产量千吨以上，渔业产值千万元，全市28个乡镇实现了渔业强乡；“强村”标准是水产品产量百吨以上，渔业产值百万元，全市73个村实现渔业强村；“水产明星户”标准是水产品产量10吨以上，或者渔业产值10万元、利润3万元，全市125户成为水产明星户。
2004年，为加强对渔业养殖大户的帮助和指导，市渔业局组织各县（市、区）对养殖面积在30亩以上的105户养殖大户进行全面调查，建档立案，实行规范化管理。2005年，市政府对梁山、鱼台、微山、汶上、嘉祥、金乡、泗水等7个经济薄弱县，实行每新建扩建的连片100亩以上渔业规模养殖基地，每亩补贴1000元的政策。市渔业局经过筛选，完成22个渔业规模基地开发项目，争取市财政扶持资金200余万元。全市新挖池塘7000余亩。2007年，全市新发展各种渔业协会6个，新成立渔业合作社1个，组建松散型渔业联合体20多个，促进了渔业养殖、加工、经营。微山县湖产加工厂建立合作组织，以企业为龙头，组织100余户渔民发展渔业养殖，签订最低回收价合同，形成企业、养殖户利益共享机制。鱼台县成立渔业协会，在组织经营、信息服务等方面发挥了重要作用。2010年，全市共有渔民专业合作社67个，社员2989人，养殖总面积14.87万亩，年产量6.69万吨。
微山县工厂化渔业养殖场 （2010年9月摄）
南四湖池塘养殖 （2007年8月摄）
无公害水产品
2003年，微山县特种水产养殖试验场取得省海洋与渔业厅无公害产地认定，所生产的乌鳢、克氏螯虾取得农业部的无公害产品认证。2004年，市渔业局组织制定《济宁市无公害水产品管理办法（试行）》，有6处渔业企业和养殖大户获得无公害产地认定，认定面积达1.01万亩，乌鳢等14个品种获得了无公害产品认证。2004年，按照《山东省水产品药物残留专项整治实施方案》的要求，在全市设置20个监控点，开展水产品饲料、药物残留专项治理活动，对养殖产品进行“从鱼池到餐桌”全过程控制。通过抽样检测，全市乌鳢养殖达到无公害水产品要求。2007年，进一步规范养殖基地和渔药经营、水产品加工、营销行为，开展为期4个月的水产品质量安全专项整治活动。2008年，在重点养殖场点、规模养殖基地、无公害（有机、绿色）产地、标准化示范基地等建立登记制度，部分基地实行质量追溯制度。2010年，全市已认证无公害产地88处、绿色水产品产地1处、有机水产品产地4处，认证无公害水产品249个、绿色水产品1个、有机水产品8个。无公害产地面积16.75万亩，占养殖总面积的24.3%。