兽药生产
1991—1993年，济宁兽药生产处于起步阶段。济宁抗生素厂兽药分厂、曲阜兽药厂、济宁科兴兽药实验厂、泗水柘沟腐植酸钠厂、泗水泉林兽药厂等企业逐步发展。1993年，全市兽药生产企业10家，产值1亿元。1994—2000年，全市兽药生产进入快速发展时期，济宁辰龙兽药厂、兖州圣达兽药厂、邹城动物保健品厂、兖州新驿蚕药厂、济宁圣地宝药业有限公司、济宁华龙兽药有限公司、金乡兽药厂、济宁宁丰化工有限公司、梁山动物保健品厂、汶上兽药厂、洸府兽药厂等企业相继建成投产。2000—2005年，逐步实施兽药GMP，兽药行业不断规范。2000年，全市兽药生产企业23家、产值4亿元，出口创汇1.6亿元。济宁市鲁抗舍里乐药业有限公司盐霉素、泰乐菌素原料药车间通过农业部兽药GMP认证，是济宁市第一家通过国家兽药GMP认证的企业，也是山东省第一批通过认证的企业。2002年，济兴医化集团济宁兽药厂各类兽药剂型全部通过兽药GMP认证，是山东省第一家剂型最全、全厂通过农业部兽药GMP认证的企业。2005年，全市兽药GMP企业10家，产值6亿元，出口创汇2亿元。2010年，全市兽药GMP企业16家，值16亿元。
兽药经营
1991年，全市兽药经营企业仅有200家，规模偏小、品种单一。1996年，个体私营经营企业逐步成为兽药经营主体。2005年，兽药经营企业500家，兽用生物制品经营企业14家，经营额4亿元。2010年，兽药经营企业315家，经营额1.7亿元。
产品研发
1994年，随着兽药GMP实施，粉针、水针开始使用联动线，水针制水从简单的树脂渗透逐步实现反渗透技术。2000年，全市兽药生物发酵原料药、粉针、水针/口服液、片剂/颗粒剂、消毒剂（固体/液体）、中药提取等剂型齐全，并实现标准化、自动化生产。鲁抗舍里乐公司、鲁抗动物药业先后研发安普霉素国家二类新兽药，硫酸粘菌素、头孢噻呋钠、泰妙菌素、泰乐菌素等国家三类新兽药，四类、五类新兽药也研发出新产品，取得了较好经济效益。济宁兽药研发走在全省前列。