1991年，济宁市在市郊区、曲阜市、兖州县、泗水县、邹县、嘉祥县、汶上县、梁山县8个县（市、区），建设瘦肉型猪、肉鸡、蛋鸡和牛羊商品养殖基地，推动了畜牧业快速发展。1992—1995年，市委、市政府将畜牧业作为振兴农村经济，发展高产、优质、高效农业的突破口，印发《关于利用秸秆资源大力发展草食家畜的意见》《关于搞好全市畜牧业开发工作的意见》。全市出现一批担当市场主体角色的生产群体，由自给性生产向商品性生产转变，率先进入市场经济行列。在政策和市场拉动下，调整优化产业结构，加快品种更新，发展规模养殖，初步形成东猪、中鸡、西牛羊、南水禽的产业格局。
1996—2000年，产业快速发展。1996年，市委、市政府召开全市发展区域特色农业现场经验交流会，实行一个产业一套班子、一套政策，全力重点突破。1998年，市委、市政府将农业产业化经营作为全市经济工作四项重点之一，培植龙头企业，扶持主导产业，发展合作经济组织，进一步推动了畜牧产业化快速发展。2000年，全市建成生产经营紧密型、半紧密型、松散型畜产品龙头加工企业50余家，初步形成龙头带基地、基地连农户的产加销一体化经济运行方式，促进了畜牧业增长方式转变，带动生产结构不断调整优化。随着市场经济发展和农业机械化程度提高，主要作为役用的牛、马、驴、骡等大牲畜转为肉用，存养数量减少；畜禽良种及畜牧科技加快更新组合，生产性能大幅提高，生猪出栏率达到140%。
2001—2010年，济宁市畜牧业向标准化发展。2001年，中国加入世界贸易组织，畜牧业逐步与世界经济接轨。国内畜禽及产品价格比国际市场低40%～80%，优势畜产品在国际市场上具有较强竞争力，发展空间广阔。但畜禽标准化生产、产品口味、产品深加工与国际市场差距较大。2002年，市政府印发《关于加快实施农业标准化建设的意见》，每年列支400万元，重点扶持农业标准化体系建设。2003年，市委、市政府印发《关于培育壮大五大产业体系加快推进农业产业化经营的意见》，将畜禽产业链作为五大产业之首，对经济薄弱县实行贴息贷款政策，重点扶持农业标准化龙头企业。2005年，市政府发布《济宁市扶持经济基础薄弱县种养业基地建设专项资金管理办法》，列支专项资金，重点用于经济基础薄弱县种养业基地建设，畜牧业标准化取得重大突破。至2010年，全市具有一定规模龙头企业发展到80余家，建设标准化养殖基地2000多处，辐射带动养殖专业户8.5万户、专业村1230个，年实现销售收入30亿元，出口创汇3000万美元。2010年年底，全市规模养殖场发展到5350处，规模养殖量占饲养总量的75%，畜牧产业吸纳农村富余劳动力30万人。