林业行政
1991年后，济宁市林业部门以建设和培育稳定的森林资源系统、实现可持续经营为宗旨，以增加森林资源总量、提高森林资源质量、优化森林资源结构为目标，严格执法程序，抓好行政审批，及时查处各类林业行政案件，大力加强林权、林地、林木采伐、林木运输和经营加工管理，促进了生态济宁建设。1996年，省政府批复成立曲阜、微山、金乡、梁山、鱼台、汶上、中区7处木材检查站。2002年，市林业局根据市政府安排，将所有行政许可、行政服务、行政收费和年检事项统一集中到市行政审批服务中心林业窗口受理、办理，有效提高了行政审批效率和服务质量。
曲阜市石门山国家级森林公园景区 （2010年摄）
集体林权制度改革
1998年，济宁市开始推行集体林权制度改革。宜林荒山荒滩、沟路渠堤，通过拍卖、承包、租赁、股份制等多种形式，因地制宜、灵活多样地制定拍卖、承包方案，采取公开招标并签订合同，把林地使用权落实到经营农户，实现造林绿化和经营者利益紧密结合。2000年9月，市政府印发《关于开展林权登记发证工作的通知》，积极推进林木、林地确权发证工作。
2009年，市委、市政府印发《关于全面推进集体林权制度改革的意见》，全面启动济宁集体林权制度改革。2010年，基本完成明晰产权、明确经营主体的改革任务。通过深化林权改革，进一步明晰了集体林木所有权和林地使用权，放活了经营权，落实了处置权，确保了收益权，激发了林业经营者爱林、护林、造林积极性，林农从林业经营上得到实惠，村民收入增加，村集体经济得到发展，为济宁林业发展注入新的活力。