湿地资源
1995—1999年，根据《山东省湿地资源调查实施方案》，对全市湿地资源进行了全面调查。调查结果显示，全市湿地资源总面积约24.64万公顷，占济宁市国土总面积的24.7%。其中，湖泊湿地16.24万公顷、河流湿地3.19万公顷、库塘湿地5191.31公顷、稻田湿地3.29万公顷、塌陷区湿地1.4万公顷。
微山湖湿地 （2007年7月摄）
湿地公园 2008年7月，市林业局印发《关于做好市级湿地公园发展建设的通知》，济宁市湿地公园建设启动。2008年11月，市林业局批准建立兖州兴隆、邹城北宿、邹城香城、梁山水泊、汶上莲花湖、鱼台张黄等6处市级湿地公园，总面积4386.2公顷。2008年12月，市林业局批准建立京杭大运河济宁入湖口市级湿地公园，面积1000公顷。2009年2月，兖州兴隆、鱼台鹿洼、汶上莲花湖、梁山水泊、邹城北宿、邹城香城等6处湿地公园晋升为省级湿地公园。2010年，5月，市林业局批准建立曲阜市孔子湖、曲阜市崇文湖、泗水县泗河源、鱼台县王庙镇旧城、汶上县大汶河等6处市级湿地公园，面积5717公顷；7月，制定《济宁市湿地保护规划（2011—2015）》，为全市湿地保护与发展作出科学规划；8月，济宁运河入湖口、曲阜市孔子湖、曲阜市崇文湖、泗水县泗河源、泗水县尹城、汶上县大汶河等6处湿地公园晋升为省级湿地公园，面积7157公顷。2010年，全市有市级以上湿地公园13处，面积1.27万公顷。 南四湖自然保护区 南四湖是淮河以北面积最大、保存较好、结构完整的淡水型湖泊，由微山湖、南阳湖、独山湖和昭阳湖组成，是中国十大淡水湖之一，也是山东省的“生态宝库”。南四湖动植物资源丰富，有藻类植物115属、维管束植物539种；各种脊椎动物321种、无脊椎动物731种。为加强对南四湖生物多样性保护，确保自然生态系统的良性循环，1996年，济宁市成立“南四湖市级自然保护区”。2003年，经山东省政府批准成为“南四湖省级自然保护区”。2004年3月，设立济宁市南四湖自然保护区管理局。2005年，市政府出台《济宁市南四湖自然保护区管理办法》，成立以市长为主任委员的“济宁市南四湖自然保护区管理委员会”；2010年，市财政局、市林业局、市南四湖自然保护区管理局联合发布《山东南四湖省级自然保护区湿地生态损失补偿管理办法》。
湿地公园 2008年7月，市林业局印发《关于做好市级湿地公园发展建设的通知》，济宁市湿地公园建设启动。2008年11月，市林业局批准建立兖州兴隆、邹城北宿、邹城香城、梁山水泊、汶上莲花湖、鱼台张黄等6处市级湿地公园，总面积4386.2公顷。2008年12月，市林业局批准建立京杭大运河济宁入湖口市级湿地公园，面积1000公顷。2009年2月，兖州兴隆、鱼台鹿洼、汶上莲花湖、梁山水泊、邹城北宿、邹城香城等6处湿地公园晋升为省级湿地公园。2010年，5月，市林业局批准建立曲阜市孔子湖、曲阜市崇文湖、泗水县泗河源、鱼台县王庙镇旧城、汶上县大汶河等6处市级湿地公园，面积5717公顷；7月，制定《济宁市湿地保护规划（2011—2015）》，为全市湿地保护与发展作出科学规划；8月，济宁运河入湖口、曲阜市孔子湖、曲阜市崇文湖、泗水县泗河源、泗水县尹城、汶上县大汶河等6处湿地公园晋升为省级湿地公园，面积7157公顷。2010年，全市有市级以上湿地公园13处，面积1.27万公顷。 南四湖自然保护区 南四湖是淮河以北面积最大、保存较好、结构完整的淡水型湖泊，由微山湖、南阳湖、独山湖和昭阳湖组成，是中国十大淡水湖之一，也是山东省的“生态宝库”。南四湖动植物资源丰富，有藻类植物115属、维管束植物539种；各种脊椎动物321种、无脊椎动物731种。为加强对南四湖生物多样性保护，确保自然生态系统的良性循环，1996年，济宁市成立“南四湖市级自然保护区”。2003年，经山东省政府批准成为“南四湖省级自然保护区”。2004年3月，设立济宁市南四湖自然保护区管理局。2005年，市政府出台《济宁市南四湖自然保护区管理办法》，成立以市长为主任委员的“济宁市南四湖自然保护区管理委员会”；2010年，市财政局、市林业局、市南四湖自然保护区管理局联合发布《山东南四湖省级自然保护区湿地生态损失补偿管理办法》。